QIIME请求(here)关于它作为输入接收的fasta文件:
The file is a FASTA file, with sequences in the single line format. That is, sequences are not broken up into multiple lines of a particular length, but instead the entire sequence occupies a single line.
Bio.SeqIO.write
当然跟在format recommendations后面,并且每80个bps拆分一个序列。
我可以写我自己的作家来写那些“单行线”的fasta——但我的问题是,我是否错过了让SeqIO
这样做的方法。在
BioPython的
SeqIO
模块使用FastaIO
子模块以FASTA格式读写。在FastaIO.FastaWriter
类可以每行输出不同数量的字符,但接口的这一部分不会通过SeqIO
公开。您需要直接使用FastaIO
。在所以不要使用:
使用:
^{pr2}$或者
相关问题 更多 >
编程相关推荐