可视化样本丰度的差异排序特征和对数比
qurro的Python项目详细描述
qurro：定量秩/比观测值
< div >（发音为"churro"。）
Qurro将来自如下工具的输出可视化 鸣禽或 deicode。它显示了 功能排名（由类似工具产生的差异 鸣鸟，或由工具产生的组合双峰中的荷载 就像deicode——当按数字排序时，这些输入类型中的任何一个都提供 排名）旁边的图表显示 样本中选定特征的丰度。
qurro可以单独使用（作为一个python 3脚本，它生成
包含html/js/css可视化的文件夹）或
qiime2插件（生成qzv文件，可以是
在view.qiime2.org查看，或使用
qiime工具视图）。从qurro v0.3.0开始，qurro需要一个qiime 2
版本至少为2019.7。
Qurro应该与大多数现代Web浏览器一起工作。Firefox或Chrome是 推荐。
Qurro仍在开发中，因此向后不兼容的更改可能 发生。如果您有任何问题，请随时与开发团队联系 mfedarko@ucsd.edu
演示
有关 使用真实数据集的交互式演示。
屏幕截图：在红海的亚基因组数据中可视化kegg正交图
这种可视化（使用来自
本研究
由鸣禽产生的差异
可以在这里在线查看。
你可以安装Qur使用pip进行ro操作
使用qurro至少需要3.5的python版本。 示例元数据、要素元数据（如果传递）和要素差异（如果传递）中的列名中的某些字符将替换为类似的字符，或完全删除： 这是由于处理这些字符的一些下游问题造成的
在字段名中。请参见此问题
上下文。 如果您有一个gnps特性元数据文件（文件中的每一行都有一个
在qiime 2和deicode动画教程的风格中，有一个
起草电影教程（演示如何在qiime 2中使用qurro，以及
如何与生成的qurro可视化交互）可用
这里
本教程仍在进行中，请随时与我们联系
有任何悬而未决的问题（或任何改进建议
教程）。 使用qurro（在qiime 2的内部和外部）的示例如下
可在Qurro的示例Jupyter笔记本中找到，该笔记本位于
这里：安装和使用
pip install numpy
pip install qurro
临时警告
旧字符
新字符
：]）[（\'或"无 与元组学功能元数据集成
父质量和rtconsensus列），您可以传入-gnps
（--假定gnps特性元数据）命令行参数
使qurro理解元数据文件的独立脚本。请
注意，此功能是实验性的；此外，它还没有
在Qurro的qiime 2插件版本中提供。教程
"移动图片"教程
从命令行运行qurro
然后使用qurro可视化deicode的输出。deicode_example.ipynb
演示如何使用deicode
songbird_example.ipynb
演示如何使用Songbird，然后使用Qurro可视化Songbird的输出。引用Qurro
描述库罗的手稿正在准备中。同时，你可以引用 库罗源代码的doi（由zenodo提供）。见 此链接用于引文说明。
致谢
依赖关系
以下项目的代码文件分布在
qurro/support_file/vendor/。
有关这些软件项目的副本，请参见Dependency_licenses/目录
许可证（每个许可证都包含各自的版权声明）。
qurro的python代码需要以下软件项目 尽管它们不是与qurro一起分发的（并且 而是与Qurro一起安装。
测试依赖项
对于python测试/样式检查，qurro使用
pytest，
pytest-cov，
flake8，和
黑色。你还需要有时间2
安装用于运行大多数python测试（qiime 2版本应该位于
至少2019.7，因为featuredata[differential]类型被合并到
从本版本开始的q2类型）。
对于javascript测试/样式检查，qurro使用 摩卡，柴， 无头摩卡铬合金， 纽约市 以及更漂亮的
Qurro还使用travis ci codecov
数据源
位于qurro/tests/input/mackerel/中的测试数据从
此存储库中的qiime 2工件。这些数据来自Minich等人。2019年[1]。
位于qurro/tests/input/byrd/中的测试数据来自
此存储库。
反过来，这些数据来源于伯德等人2017年关于特应性的研究。
皮炎[2]。
测试数据位于 测试数据位于 最后，数据位于 Qurro的徽标是使用lalezar字体创建的。
另外，大声呼喊st.github.com/davideholds/7d2e0e1bc78f4ac59a123ddf8b74932d" rel="nofollow">此要点用于显示如何在github标记文件中居中放置图像（这比听起来更麻烦）。 库罗的设计灵感来自
皇帝和
q2皇帝，以及
deicode。大喊大叫
Yoshiki Vázquez Baeza，感谢他在计划这个项目时的帮助，以及
卡梅隆·马蒂诺花了一大堆的时间让代码处于可分发状态
（让它与qiime 2一起工作）。也要感谢杰米·莫顿，他写了
用于生成秩和样地的原始代码，并从中导出。 感谢奈特实验室的帮助命名工具：） [1]Minich，J.J.，Petrus，S.，Michael，J.D.，Michael，T.P.，Knight，R.，&；
艾伦，E.E.（2019）。时间、环境和生物
野生海鱼中粘膜微生物群的驱动因子。
正在审阅手稿。 [2]伯德，A.L.，德明，C.，卡西迪，S.K.，哈里森，O.J.，NG，W.I.，康兰，S.，…&；NISC比较排序程序。（2017）。儿童特应性皮炎的金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌菌株多样性。科学转化医学，9（397），eaal4651。 [3]汤普森，L.R.，威廉姆斯，G.J.，哈龙，M.F.，什叶派，A.，拉森，P.，
肖恩斯坦，J.，…&；Stingl，U.（2017年）。密集分布的亚基因组协变量
在红海取样的环境梯度。ISME日志，11（1），138。 [4]特里帕蒂，A.，梅尔尼克，A.V.，薛，J.，鲍尔森，O.，米汉，M.J.，汉弗莱，G.，…&；haddad，G.（2018年）。间歇性缺氧和高碳酸血症是阻塞性睡眠呼吸暂停的一个特征，改变肠道微生物和代谢组。系统，3（3），e00020-18。 [5]卡波拉索，J.G.，劳伯，C.L.，科斯特洛，E.K.，伯格里昂，D.，冈萨雷斯，A.，斯托姆堡，J.，…&；Gordon，J.I.（2011年）。人体微生物群的动态图像。基因组生物学，12（5），r50. 此工具的许可证是在scikit bio's许可证 欢迎加入QQ群-->： 979659372
qurro/tests/input/sleep\u apnea/
（并在示例"笔记本电脑/睡眠呼吸暂停/输入"）
来自本次qiita研究的qurro/tests/input/moving\u pictures/
来自于《qiime2移动图片教程》。
此文件夹中的ordination.qza文件是根据
对移动图片进行代码编写教程。
这些数据（无需解码排序）与Caporaso等人有关。2011年[5]。qurro/tests/input/red\u sea
（在示例笔记本/songbird\u red\u sea/input/中，显示在
上面的截图）来自Songbird的Github存储库
数据/redsea/
文件夹，并与
本文[3]。徽标
特别感谢
参考文献
许可证
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