原子操作工具包
atomman的Python项目详细描述
原子操作工具包
atomman:atomistic manipulation toolkit是一个python库，用于 创建、表示、操作和分析大规模原子 原子系统。包装的重点是方便快速设计 以及充分记录和易于适应的模拟开发 对于新的电位、配置等，本规范不要求 限制它可以在哪些系统上使用，即它应该在Linux、Mac和 Windows计算机。
功能：
- 允许对数百万个原子进行高效、快速的计算，每个原子都有 许多自由定义的每原子属性。
- 用于生成和分析晶体缺陷的内置工具，如 点缺陷、层错和位错。
- 直接从python调用lammp并立即检索结果数据 或lammps错误声明。
- 轻松地将系统转换为其他python原子表示，例如 作为ase.原子和pymatgen.结构。
- 可以读取和转储多种格式的晶体结构信息， 例如lammps数据和转储文件，以及poscar。
- 内置单位转换。
安装
从版本1.2开始，atomman包与python 2/3兼容。
最新版本可以使用pip安装：
pip install atomman
对于windows用户，建议使用anaconda分发版并使用 Conda在安装Numpy、Scipy、MatplotLib、Pandas和Cython之前 安装Atomman。
或者，所有代码和文档都可以从github下载。
- 稳定版本可在 https://github.com/usnistgov/atomman。
- 工作开发版本位于 https://github.com/lmhale99/atomman。
文档
atomman包的基于web的文档可在 https://www.ctcms.nist.gov/potentials/atomman。
文档的源代码可以在 github doc directory。 doc目录包含作为源structuredText的信息 文件和未格式化的HTML。如果您下载了一个副本，您可以查看html 离线版本
cd {atomman_path}/doc/html python -m http.server (for python 3) python -m SimpleHttpServer (for python 2)
然后，在web浏览器中打开localhost:8000。
文档由两个主要部分组成：
- tutorial jupyter笔记本：Online html version， Downloadable Notebook version。 以开头的教程。提供 各种能力。以.开头的教程。说得更详细些 中提到的工具可用的说明和列表选项 概述教程。
- 代码文档：Online html version。 这为包含的 函数和类。
必需的软件包
这是所需python包的列表
可选套餐
这是可以添加功能的附加python包的列表
- diffpy.Structure： CIF阅读器。从cif文件加载系统所必需的。
- ase： 与小系统相互作用的原子模拟环境 以及DFT计算。转换为/从ase.atoms对象所需的。
- pymatgen： 材料使用的python材料基因组学包 用于DFT计算的项目。转换为/从所需 pymatgen.结构对象。
- spglib： spglib空间组分析代码的python接口。斯格里布 可用于分析和确定原子系统的空间群。 转换为/从spglib.cell对象时必需。
- lammps：
lammps分子动力学模拟的python库接口
允许直接从python控制lammps会话的代码。
系统直接装载/卸载至/从lammps所需会话
标签：
- 代码
- 文档
- 版本
- github
- 工具包
- 系统
- html
- 原子
- lammps
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