从给定的lammps轨迹自动生成神经网络的分子动力学（md）数据集的脚本。
mddatasetbuilder的Python项目详细描述
mddatasetbuilder
mddatasetbuilder是一个脚本，用于从给定的lammps轨迹自动构建神经网络的分子动力学（md）数据集。
作者：曾金哲
要求
- Python3.6-3.7
- python包： numpy， scikit-learn， ASE， GaussianRunner， tqdm， coloredlogs， lz4， pybase64
- 软件： Gaussian 16， DeePMD， OpenBabel
安装
git clone https://github.com/njzjz/mddatasetbuilder
cd mddatasetbuilder
pip install .
您可以测试reacnetgenerator是否正常运行：
python3 setup.py pytest
简单示例
应该准备一个LAMMPS bond file和一个LAMMPS dump file。
datasetbuilder -d dump.ch4 -b bonds.reaxc.ch4_new -a C H O -n ch4 -i 25然后可以计算生成的高斯文件：
qmcalc -d dataset_ch4_GJf/000 qmcalc -d dataset_ch4_GJf/001
接下来，准备deepmd数据并使用DeePMD-kit来训练模型。
preparedeepmd -p dataset_ch4_GJf -a C H O cd train && dp_train train.json
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