Python rdkit_专题 - Python中文网

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关于rdkit 相关联的Python项目和问题：

将matplotlib图像插入pandas datafram

目的：我目前正在与rdkit合作，根据rdkit.Chem.Draw.SimilarityMaps为我的分子结构着色。现在，我想使用matplotlib imagesSimilarityMaps函数在 ...

2024-05-13 已阅读: n次

当我不想让Pandas将字符串转换为浮点数时，Pandas会尝试将其转换为浮点数

伙计们。我正在写一段代码，生成氨基酸序列。它有两个相同的循环-第一个循环工作正常，而另一个循环给出“ValueError:无法将字符串转换为浮点：“”。现在，我试着调试它，将所有内容都设置为字符串，但 ...

2024-05-13 已阅读: n次

我正在寻找一个python包，它可以应用'调整页面大小到绘图'到一个类似于Inkscap的svg文件

我有一个脚本，它使用rdkit创建化学分子的svg图形。我将在网络服务器上使用它们，因此，数字的大小确实很重要。当前输出是一个包含svg文件的字符串。我知道我可以使用Inkscape删除白色背景 ...

2024-05-13 已阅读: n次

Rdkit图纸隐藏（不删除）氢

我试图突出测试分子中的碳位置，同时隐藏隐含的氢。这出乎意料地复杂，因为我有两个复合问题，每个问题都有一个解决方案，但不兼容 from rdkit import Chem from rdkit.Chem ...

2024-05-13 已阅读: n次

Python名称错误（'XLMProphetNetTokenizer'未定义）

我正在做一个化学信息学项目，需要很多软件包才能完成。我在谷歌Colab工作 TLDR googlecolab抛出错误NameError: name 'XLMProphetNetTokenizer' i ...

2024-05-13 已阅读: n次

Python:rdkit库缺少许多函数

我最近在pycharm上安装了rdkit，首先使用anaconda环境，使用conda install-c rdkit rdkit安装rdkit，最后将安装的lib包文件夹转移到pycharm使用的a ...

2024-05-13 已阅读: n次

如何在python中从2D列表打印1到多个项目

我有一个2D列表对象fps，包含4个项目，对象的长度是2006（2006行，每行包含4个元素）。这个物体看起来像 ['0012', 'CCN[C@H]1CN', <rdkit.Chem.rdch ...

2024-05-13 已阅读: n次

使用RDKit计算sdf文件和结构微笑之间的Tanimoto相似性？

我正在使用RDKIt和Python3.7来计算sdf（每个结构的微笑）中的数据库与一个分子的相似性，其中我有微笑。我找到了一种方法，用下面的代码计算两个微笑之间的Tanimoto指数： import ...

2024-05-13 已阅读: n次

用DrawMorganBits找到一组独特的片段

我正在训练一个随机森林与scikit学习摩根指纹，想知道哪些结构基序是最重要的。为此，我想在x最重要的特性中绘制所有产生on位的片段。你知道吗我在新版本中找到了Draw.DrawMorganBits ...

2024-05-13 已阅读: n次

如何使用Python中的rdkit确定任何分子的石蜡CH3、CH2和CH基团的数量？

我试图使用Python中的rdkit包来确定任何分子中石蜡基的数量。首先，我开始确定石蜡CH3基团，我必须扩展到石蜡CH2和石蜡CH基团在MWE中，我试图通过一个匹配的子结构来确定这一点，该子结构无 ...

2024-05-13 已阅读: n次

微笑的化学表征

我想知道是否有可能用Python将SYBYL行表示法（SNL）转换成Smiles？你知道吗 N-甲基吡咯烷酮的示例： SNL = 'N[1](CH2CH2CH2C@1=O)CH3' SMI = 'CN ...

2024-05-13 已阅读: n次

如何解决代理配置中出现的错误？

我试图在ubuntu上安装Rdkit，但conda配置有问题。在我在桌面上重新安装了anaconda3和python3版本，并从一开始就安装了它。在当我运行命令时：conda create -c ...

2024-05-13 已阅读: n次

chembl_beaker

化学烧杯图片：：https://img.shields.io/pypi/v/chembl_beaker.svg：目标：https://pypi.python.org/pypi/chembl_beake ...

2024-05-13 已阅读: n次

qmflows

qmflows 有关教程和文档，请参见http://scm-nv.github.io/qmflows/。动机现代计算量子化学的研究依赖于一套计算方法进行计算的工具。计算的复杂性通常 ...

2024-05-13 已阅读: n次

Psikit

psikit:psi4和rdkit的薄包装库灵感来源于条目：Calculate HOMO and LUMO with Psi4 从conda安装rdkit和psi4 conda install -c ...

2024-05-13 已阅读: n次

chemviewer

#化学查看器 chemviewer是一个基于web的应用程序，用于查看表中的2d结构。 ##演示 http://chemviewer.zealseeker.com ##如何在本地使用 ###启动应用程 ...

2024-05-13 已阅读: n次

pyqsar

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++你好，派克萨尔！Tutorial => https://github.com/crong-k/pyqs ...

2024-05-13 已阅读: n次

nfp

神经指纹（nfp）用于分子结构端到端学习的Keras层基于keras、tensorflow和rdkit。研究中使用的源代码Message-passing neural networks for ...

2024-05-13 已阅读: n次

im-pipelines-utils-rdkit

im-pipelines-utils-rdkit模块是 Informatics Matters'计算管道，分布在我们的集装箱图像。实用程序模块在对应的rdkit分布 rdkit_utils依赖于 ...

2024-05-13 已阅读: n次

SyGMa

SyGMa是用于SystematicG生成潜在Metabolites的python库。它是对 Ridder, L., & Wagener, M. (2008) SyGMa: combinin ...

2024-05-13 已阅读: n次

ciipromol

#ciipromolciipro.rutgers.edu大纲-1。从一组微笑中获得cids*对每种化合物进行生物测定>2。将生物测定连接到生物配置文件中*消除基于活性物数量的生物测定*删除invivo ...

2024-05-13 已阅读: n次

rdkit

化学信息学的数据结构、算法和脚本。 ...

2024-05-13 已阅读: n次

Chorus

大合唱大合唱大合唱：大合唱是一个简单的化学结构建模工具包，是一个简单的化学结构建模工具包。<<<<<>```\anaconda进度。```conda升级-n根condaconda安装-n根conda构 ...

2024-05-13 已阅读: n次

pygamess

======pygamess=====>`pygamess`是python的gamess包装========================>pygamess` pygamess`是python的ga ...

2024-05-13 已阅读: n次