python的gamess包装
pygamess的Python项目详细描述
======
=====
>`pygamess`是python的gamess包装
==
=
===
=
===
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=>pygamess` pygamess`是python的gamess包装
设置gamess\u主环境在您的.bashrc中：
>$export GAMESS\u HOME=/usr/local/GAMESS
基本用法
——
>单点计算与RDKit的单点计算
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
>；>从rdkit.chem-import-allchem中导入allchem
>>gt；m=chem.molofromsmolosmsmels（“cc”）
>>gt；m=chem.addhs（m）
>>gt；全化学嵌入分子（m）
>0
>>>0
>>>>>>>>>>>>全化学uffooptimimimimimimemoleule（m，maxiters=200）
>0
>0>br>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>g=g.run（m）
'-78.30251119999902000003'
>用rdkit优化计算
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
>>>>gt；从pygames导入游戏
>>>gt；从rdkit导入化学
>>>>gt；从rdkit.chem；从rdkit.chem导入化学；从rdkit.chem导入化学
>>>>>>>；m=Chem.MolofromMoloomsmelsmels（cc）
>>>gt；m=Chem.Addhs（m）
>>>gt；AllChem.Embe分子（m）
>0
>>>；gt>gt；AllChem.uffooptimimimimimimimimemoleule（m，maxiters=200）
>0
>>；g=gamess（）
>>>；g=gamess；
>>；g.run type（'优化’）
>>>；gt；gt>>>gt；优化运行（mol mol=g.run.run（mol=g.run.run（mol=g.run.run）
>；>；优化后的“总能量”值
'-78.3061796265999999'
>
>更改基础集
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~>
>>gt；来自rdkit import Chem的；来自rdkit import Chem的；来自rdkit import Chem的；来自rdkit import Chem的；来自rdkit.Chem.Chem import AllChem的；来自rdkit.Chem import AllChem的；来自rdkit.cheFromsmiles（“CC”）
>>gt>gt；m=Chem.addhs（m）
>>gt>gt>gt；AllChem.Embe分子（m）
>0
>>>gt>gt；AllChem.uffooptimimimimimemoleule（m，最大值=200）
>0
>>>0
>>>gt；g=gamesss（）
>>gt>gt>gt>gt>gt>gt>gt>gt>gt>gt>>>>>>G.Run（m.getprop（“总能量能量”）
>-78.30251190190740-78.30251190190190740-78.3025119051190740-78.3025119051190190740-78.302511900003'
>；>；G.G.Basisu集（“3-21G”）
{'g basis'：'N21'，'ngauss'：'3'}
>>gt>gt；G.run（m.getprop（“总能量”）
'-78.7904425525200002'
>>gt>gt；G.Basisg集（“6-31G”）
{'gbasis'：'N31'，'ngauss'：'6'}
>>gt>G.run（m.getpropp（“总能量”）
'>>'-gt；G.run（m.run（m.getprop（“总能量”）
'>>>'-gt>gt>gt>gt>gt；G.g.g.g.79.19402456899998英尺g.g.basis集（“6-31g*”）
{'gbasis'：'n31'，'ndfunc'：'1'，'ngauss'：'6'}
>>gt>gt；g.run（m.getprop（“总能量”）
'-79.22555216373399996'
>>gt>gt>gt；g.basis集（“6-31g**”）
{'gbasis'：'n31'，'ndfunc'：'1'，'npfunc'：'1'，'ngfunc''：'1'，'ngauss'：'6'>
>>'6'>
>>
>>；>；>；g.run（m）.GetProp（“总能量”）
'-79.235082450899995'
>或编辑游戏实例的属性：：
>；>；g.basis={'gbasis'：'sto'，'ngauss'：'3'}
>；>；molu sto3g=g.run（m）
>；>mol_sto3g.getprop（“总能量”）
'-78.302511907400003'
打印游戏输入
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
使用输入方法：：
>；g.input(mol)
History
-------
0.4.1.1 (2017-09-16)
~~~~~~~~~~~~~~~~~~
* Update Readme
0.4.1 (2017-09-16)
~~~~~~~~~~~~~~~~~~
* Bug fixed (coordinates problem)
0.4.0 (2017-09-13)
~~~~~~~~~~~~~~~~~~
* Change the backend library from openbabel to RDKit
0.3.0 （2012-03-31）
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*使用内部横档（默认值）
*添加基础设置方法（sto-3g、3-21g、6-31g、6-311g、6-31g*、6-31g**、am1、pm3、mndo）
*构造函数可以接受选项
*修正了错误（旋转多重性）
0.2.2（2012-03-30）
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*添加了费用设置
*方法名称已更改（gamess_input->；
>0.2.1（2012-03-23）0.2.1（2012-03-23）0.2.1（2012-03-23）
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~br/>
0.1.2
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~>
（2011-08-06）0.1.1（2011-08-08-06）
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~1（2011-6-25）
~
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>`pygamess`是python的gamess包装
==
=
===
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=
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=
=>pygamess` pygamess`是python的gamess包装
设置gamess\u主环境在您的.bashrc中：
>$export GAMESS\u HOME=/usr/local/GAMESS
基本用法
——
>单点计算与RDKit的单点计算
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
>；>从rdkit.chem-import-allchem中导入allchem
>>gt；m=chem.molofromsmolosmsmels（“cc”）
>>gt；m=chem.addhs（m）
>>gt；全化学嵌入分子（m）
>0
>>>0
>>>>>>>>>>>>全化学uffooptimimimimimimemoleule（m，maxiters=200）
>0
>0>br>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>g=g.run（m）
'-78.30251119999902000003'
>用rdkit优化计算
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
>>>>gt；从pygames导入游戏
>>>gt；从rdkit导入化学
>>>>gt；从rdkit.chem；从rdkit.chem导入化学；从rdkit.chem导入化学
>>>>>>>；m=Chem.MolofromMoloomsmelsmels（cc）
>>>gt；m=Chem.Addhs（m）
>>>gt；AllChem.Embe分子（m）
>0
>>>；gt>gt；AllChem.uffooptimimimimimimimimemoleule（m，maxiters=200）
>0
>>；g=gamess（）
>>>；g=gamess；
>>；g.run type（'优化’）
>>>；gt；gt>>>gt；优化运行（mol mol=g.run.run（mol=g.run.run（mol=g.run.run）
>；>；优化后的“总能量”值
'-78.3061796265999999'
>
>更改基础集
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~>
>>gt；来自rdkit import Chem的；来自rdkit import Chem的；来自rdkit import Chem的；来自rdkit import Chem的；来自rdkit.Chem.Chem import AllChem的；来自rdkit.Chem import AllChem的；来自rdkit.cheFromsmiles（“CC”）
>>gt>gt；m=Chem.addhs（m）
>>gt>gt>gt；AllChem.Embe分子（m）
>0
>>>gt>gt；AllChem.uffooptimimimimimemoleule（m，最大值=200）
>0
>>>0
>>>gt；g=gamesss（）
>>gt>gt>gt>gt>gt>gt>gt>gt>gt>gt>>>>>>G.Run（m.getprop（“总能量能量”）
>-78.30251190190740-78.30251190190190740-78.3025119051190740-78.3025119051190190740-78.302511900003'
>；>；G.G.Basisu集（“3-21G”）
{'g basis'：'N21'，'ngauss'：'3'}
>>gt>gt；G.run（m.getprop（“总能量”）
'-78.7904425525200002'
>>gt>gt；G.Basisg集（“6-31G”）
{'gbasis'：'N31'，'ngauss'：'6'}
>>gt>G.run（m.getpropp（“总能量”）
'>>'-gt；G.run（m.run（m.getprop（“总能量”）
'>>>'-gt>gt>gt>gt>gt；G.g.g.g.79.19402456899998英尺g.g.basis集（“6-31g*”）
{'gbasis'：'n31'，'ndfunc'：'1'，'ngauss'：'6'}
>>gt>gt；g.run（m.getprop（“总能量”）
'-79.22555216373399996'
>>gt>gt>gt；g.basis集（“6-31g**”）
{'gbasis'：'n31'，'ndfunc'：'1'，'npfunc'：'1'，'ngfunc''：'1'，'ngauss'：'6'>
>>'6'>
>>
>>；>；>；g.run（m）.GetProp（“总能量”）
'-79.235082450899995'
>或编辑游戏实例的属性：：
>；>；g.basis={'gbasis'：'sto'，'ngauss'：'3'}
>；>；molu sto3g=g.run（m）
>；>mol_sto3g.getprop（“总能量”）
'-78.302511907400003'
打印游戏输入
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
使用输入方法：：
>；g.input(mol)
History
-------
0.4.1.1 (2017-09-16)
~~~~~~~~~~~~~~~~~~
* Update Readme
0.4.1 (2017-09-16)
~~~~~~~~~~~~~~~~~~
* Bug fixed (coordinates problem)
0.4.0 (2017-09-13)
~~~~~~~~~~~~~~~~~~
* Change the backend library from openbabel to RDKit
0.3.0 （2012-03-31）
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*使用内部横档（默认值）
*添加基础设置方法（sto-3g、3-21g、6-31g、6-311g、6-31g*、6-31g**、am1、pm3、mndo）
*构造函数可以接受选项
*修正了错误（旋转多重性）
0.2.2（2012-03-30）
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*添加了费用设置
*方法名称已更改（gamess_input->；
>0.2.1（2012-03-23）0.2.1（2012-03-23）0.2.1（2012-03-23）
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~br/>
0.1.2
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（2011-08-06）0.1.1（2011-08-08-06）
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