我正在做一个化学信息学项目,需要很多软件包才能完成。我在谷歌Colab工作
TLDR
googlecolab抛出错误NameError: name 'XLMProphetNetTokenizer' is not defined
,即使我用!pip install transformers
显式加载相关包
详细解释
要完成我的项目,我需要来自Acellera的RDKit
、Moleculekit
和NLP工具allennlp
等包。Google Colab似乎在加载化学信息包时遇到问题,所以我不得不使用conda进行安装。我对其余的包使用了!pip install
。代码如下:
# Installing RDKit
!wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh
!time bash ./Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!time conda install -q -y -c conda-forge rdkit
import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')
!apt-get install python-rdkit librdkit1 rdkit-data -qq
# Installing ProphetNet Packages (Needed for ElmoEmbedder)
!pip install transformers
# Installing Moleculekit
!pip install moleculekit
# Installing AllenNLP
!pip install allennlp
但是,当我调用from allennlp.commands.elmo import ElmoEmbedder
时,googlecolab抛出以下错误:NameError: name 'XLMProphetNetTokenizer' is not defined
查看下面的链接https://huggingface.co/transformers/master/model_doc/xlmprophetnet.html,似乎我应该能够使用!pip install transformers
加载relavent XLMProphetNetTokenizer
。我不知道为什么它仍然抛出错误。不管怎样,如果有任何帮助,我将不胜感激
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