量子化学计算自动化
qmflows的Python项目详细描述
qmflows
有关教程和文档，请参见http://scm-nv.github.io/qmflows/。
动机
现代计算量子化学的研究依赖于一套计算方法 进行计算的工具。计算的复杂性通常需要 上述工具之间的相互通信，这种通信通常是 通过尝试自动执行输入/输出操作的shell脚本，例如：启动 集群中的计算，读取结果输出并提供相关的 另一个程序的数值结果。这样的脚本很难维护和扩展， 需要重要的编程专业知识才能与他们合作。在那时是可取的 一套自动和可扩展的工具，允许在 异构硬件平台。
该库解决了计算化学工作流程的构建和高效执行问题。 这使得计算化学家能够在 一种简单的方式，专注于科学数据的解释，而不是单调乏味的工作提交 程序和手动数据处理。
说明
这个库由一组用python 3.5编写的模块组成 自动执行以下任务：
教程和示例
以jupyter-notebook形式编写的教程可从tutorial-qmflows获得。你可以 也可以直接访问更高级的examples。
安装
- 下载miniconda for python>；=3.5:miniconda（也可以安装完整的anaconda版本）。
- 根据installConda安装。
- 重新打开终端（或键入source ~/.bashrc）。
- 使用以下命令创建新的虚拟环境：
- conda create -n qmflows python=3.5
- 激活新的虚拟环境
- source activate qmflows
退出虚拟环境类型^ {tT4}$。
使用conda环境时，应安装以下软件包：
包安装
输入您的终端，
source activate qmflows
然后
pip install qmflows --upgrade
现在您可以使用qmflows。
最新稳定版本
如果您想直接从github安装最新的稳定版本 您可以使用以下命令：
pip install https://github.com/SCM-NV/qmflows/tarball/master#egg=qmflows
Notes:
- Once the libraries and the virtual environment are installed, you only need to type ^{tt3}$ each time that you want to use the software.
远程/氙气设置
qmflows支持在各种集群计算调度程序上运行作业 像泥浆和扭矩。你在笔记本电脑上编程和运行你的工作流，但是 作业在远程站点上运行。为此，您需要设置qmflows 本地和远程。此外，还需要添加一个bash脚本来加载 virtualenv启动了面条远程工作者。这个远程工作者充当 一个试点工作，从输入中读取工作描述并返回结果。如果 您定义了名为qmflows的远程virtualenv，下面是bash 脚本提供了您需要的信息：
#!/bin/bash # comment/uncomment lines that you need # If you need ADF, and it is available in a module module load adf/2016.102 # or if you installed it yourself # ADFHOME=${HOME}/.local/opt/adf # source ${ADFHOME}/bin/adfrc.sh # Point PLAMS to its place exportPLAMSDEFAULTS="${HOME}/.local/src/plams/utils/plams_defaults.py"# Go to the directory that contains this script cd"$(dirname "${BASH_SOURCE[0]}")"# Activate the VirtualEnv source activate qmflows # Start the remote worker python -m noodles.worker ${@:2}# Bye! source deactivate
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