龙卷上瓶子里的RDKIT
chembl_beaker的Python项目详细描述
化学烧杯图片：：https://img.shields.io/pypi/v/chembl_beaker.svg
：目标：https://pypi.python.org/pypi/chembl_beaker/
：alt:最新版本
…图片：：https://img.shields.io/pypi/dm/chembl_beaker.svg
：目标：https://pypi.python.org/pypi/chembl_beaker/
：alt:downloads
图片：：https://img.shields.io/pypi/pyversions/chembl_beaker.svg
：目标：https://pypi.python.org/pypi/chembl_beaker/
：alt:支持的python版本
…图片：：https://img.shields.io/pypi/status/chembl_beaker.svg
：目标：https://pypi.python.org/pypi/chembl_beaker/
：alt:开发状态
…图片：：https://img.shields.io/pypi/l/chembl_beaker.svg
：目标：https://pypi.python.org/pypi/chembl_beaker/
：alt:license
。图片：：https://badge.waffle.io/chembl/chembl_beaker.png？label=ready&title=ready
：target:https://waffle.io/chembl/chembl嫒u烧杯
：alt:'准备好的故事'
什么是烧杯？
——
这是在"Chembl<；https://www.ebi.ac.uk/chembl/>；``uu group，`embl-ebi<；https://www.ebi.ac.uk/>；``uu，Cambridge，UK"开发的Chembl-u烧杯包。
这是"rdkit<；http://www.rdkit.org/>；`` uu和"osra<；http://cactus.nci.nih.gov/osra/>；"`_，其中公开了以下方法：
*`格式转换<；https://github.com/mnowotka/chembl_-beaker/blob/master/chembl_-beaker/beaker/core_-apps/conversions/views.py>；``ubr/>*`复合识别<；https://github.com/mnowotka/chembl_-beaker/blob/master/chembl_-beaker/beaker/core_-apps/osra/views.py>；`\br/>*`光栅图像（PNG）生成<；https://github.com/mnowotka/chembl廑u烧杯/blob/master/chembl廑u烧杯/beaker/core廑apps/rasterimages/views.py>；`\br/>*`矢量图像（SVG）生成<；https://github.com/mnowotka/chembl廑烧杯/blob/master/chembl廑烧杯/beaker/core廑apps/svgimages/views.py>；`
*`HTML5就绪的复合表示法<；https://github.com/mnowotka/chembl_-beaker/blob/master/chembl_-beaker/beaker/core_-apps/jsonimages/views.py>；`
*`fingerprints<；https://github.com/mnowotka/chembl_-beaker/blob/master/chembl_-beaker/beaker/core_-apps/fingerprints/views.py>；`
*`描述符<；https://github.com/mnowotka/chembl_u烧杯/blob/master/chembl_u烧杯/beaker/core_apps/descriptors/views.py>；`
*`环信息<；https://github.com/mnowotka/chembl_u烧杯/blob/master/chembl_烧杯/beaker/core_apps/ringinfo/views.py>；。`_
*`Maximum Common Substructure<；https://github.com/mnowotka/chembl廑u烧杯/blob/master/chembl廑u烧杯/beaker/core廑apps/mcs/views.py>；`\br/>*`smiliarity maps<；https://github.com/mnowotka/chembl廑烧杯/blob/master/chembl廑烧杯/beaker/core廑apps/similitymaps/views.py>；`\br/>*`chEMBL标准化过程<；https://wwwdev.ebi.ac.uk/chembl/extra/francis/standardiser/>；``由中和、断键、除盐和应用各种规则组成。
*`使用通用力场生成三维坐标<；https://github.com/mnowotka/chembl嫒烧杯/blob/master/chembl_u烧杯/烧杯/core_apps/d3coords/views.py>；` `*`各种其他计算（例如kekulisation）<；https://github.com/mnowotka/chembl_u烧杯/blob/master/chembl_u烧杯/烧杯/core_apps/calculations/views.py>；`*marvin 4 js compileant`webservices<；https://marvin4js.chemaxon.com/marvin4js-latest/docs/dev/webservices.html>；` `
hub.com/spore/specifications>；``文档化的Web服务器。这个特殊的实现将rdkit包装在"tornado"上的"bottle<；http://bottlepy.org/docs/dev/>；` ` ` ` ` `中，http://www.tornadoweb.org/en/stable/>；` ` ` ` ` ` ` ` `.
它在哪里使用？
——
"烧杯"中使用"烧杯"；即："项目"，但也可以作为独立的Web服务器使用。也可以用作"马尔文"的Web服务后端；马尔文和马尔文；它公开了与webservice规范兼容的方法<；https://marvinjs demo.chemaxon.com/latest/docs/dev/webservice s.html>；`.
为此，需要配置marvin sketcher实例：
：
marvin.sketcher instance=new marvin.sketch（"sketch"）；
marvin.sketcherInstance.setServices（getDefaultServices（{
'clean2Dws'：<；烧杯清洁网络服务的URL>；，
'molconvertws'：<；烧杯molexport网络服务的URL>；，
"stereoinfows"：<；烧杯cipstereonfo的URL>；
）；
l
——
烧杯安装在mychembl虚拟机（当前版本19）上，因此如果您想了解如何为apache部署它，或者在笔记本电脑或局域网上使用它，而不必安装rdkit和osra，您只需获取mychembl的副本即可。
最简单的方法是安装'vagrAnt<；https://www.vagrant up.com/>；``和类型：
vagrant init chembl/mychembl
vagrant up
rg/docs/dev/>；``u
*`tornado<；http://www.tornadorweb.org/en/stable/>；``u
>
其他依赖项
--
*`pycairo<；http://cairographics.org/pycairo/>；``` cairoffi<；http s://github.com/simonsapin/cairoffi>；`（用于'svg<；https://en.wikipedia.org/wiki/s可缩放矢量图形` `格式支持）
*`lxml<；http://lxml.de/>；` `（`mrv<；https://www.chemaxon.com/marvin/help/formats/mrv doc.html>；` `文件格式）
*`matplotlib<；http://matplotlib.org/>；` ` `（生成相似性映射）
*`standardiser<；https://github.com/flAtkinson/Standardiser>；``（烧杯标准化应用程序使用的分子标准化工具）
塔特和龙卷风。rdkit和osra必须分开安装。
当然可以从github克隆开发版本，但不能保证它能正常工作。
如果要使用"pip"安装github版本，请调用以下命令：
`"sudo pip install g it+https://github.com/mnowotka/chembl_u beaker.g它`
Mac用户的完整配方
——
所以我想测试它，我有一个Mac，我不知道什么是RDKit，Tornado和瓶子-我该如何开始？
首先，从https://xquartz.macosforge.org/landing/安装Xquartz，然后：：
brew install rdkit
导出rdbase=/usr/local/share/rdkit
export pythonpath=$pythonpath:/usr/local/lib/python2.7/site packages
export cflags=-qunused arguments
export cppflags=-qunused arguments
sudo-e pip install cairocffi
sudo-e pip install hellow
sudo-e pip install lxml
sudopip install standardiser
sudo pip install chembl_烧杯
run_berker.py
或者，您可以使用"本文<；http://macinchem.org/reviews/cheminfo/cheminfomac.php>；``作为安装指南。
配置
--
存储在位于当前目录的"beaker.conf"文件中。运行烧杯时，可以使用`--config（-c）``参数指定
配置文件的位置。配置文件格式是标准的`*.ini`。
烧杯是与名为"beaker.conf.sample`"的示例配置文件一起分发。
**debug**-在调试模式下运行瓶子服务器（true/false，默认值"true```）
**bottle_port**-瓶子服务器侦听连接的端口数（整数，默认值"8080`）
**bottle_host**-瓶子服务器的主机名（字符串，默认为"localhost"`）
***服务器中间件**-瓶子使用的网络中间件库（字符串，默认为"tornado"`）
**osra_binaries_location**-要用于复合识别的osra二进制文件的路径（字符串，默认为"`/usr/bin/osra``）
***启用CORS**-启用CORS插件并尊重下面的所有头设置（true/false，默认值``true`）
**access_control_allow_origin**-"access control allow origin"头的内容随每个响应发送（string，默认值``*`）
**access_control_allow_methods**-"访问控制允许方法"头的内容随每个响应发送（字符串，默认值"get，post，put，options`）
**installed_apps**-安装在烧杯中的应用程序，默认值为[
"chembl_-beaker.bee"
"chembl_-beaker.bee"aker.core_apps.conversions"，
"chembl_烧杯.烧杯.核心_apps.descriptors"，
"chembl_烧杯.烧杯.核心_apps.fingerprints"，
"chembl_烧杯.烧杯.核心_apps.marvin"，
"chembl_烧杯.烧杯.核心_apps.mcs"，
"chembl_烧杯.烧杯.核心_apps.osra"，
"chembl_bea烧杯。烧杯。核心烧杯应用程序。光栅图像"，
"chembl_u烧杯。烧杯。核心应用程序。环信息"，
"chembl_u烧杯。烧杯。核心应用程序。系统"，
"chembl_u烧杯。烧杯。核心应用程序。jsonimages"，
"chembl_u烧杯。烧杯。核心应用程序。自动文档"，
]
要使用烧杯，请键入"run撸beaker"`
如果要在生产环境中运行烧杯，请阅读下面的部分。
from bottle import debug
import json
from chembl_烧杯。烧杯导入应用程序，配置，加载插件，加载应用程序
conf_path="[配置路径。文件]"
config.load_config（conf_path）
loadapps（apps）
debug（true）
就这样！有关详细信息，请参阅"本文档"<；http://flask.pocoo.org/docs/deploying/mod_wsgi/>；` ` `.
所有可以用mod_wsgi部署在apache上的内容，都可以用uwsgi部署在nginx上，详细信息请参见http://fclef.wordpress.com/2013/01/12/bottle-virtualenv-uwsgi-nginx-installation-on-ubuNTU-12-04-1-LTS/>；` `.
文档
----
就像每一个用python编写的好软件一样，烧杯都是自文档的。运行烧杯时，打开浏览器并转到url：``烧杯根/docs`。您将看到从所有可用的web服务动态生成的实时文档，由beaker公开。您可以立即尝试它们并查看服务器返回的结果。每个webservice都应该有文档记录-文档也是从每个公开的webservice的docstring自动生成的，解释为标记。图片：：https://dl.dropboxusercontent.com/u/10967207/static/docs.png
：alt:docs截图
开发-编写自己的扩展
--
唯一需要的文件是"views.py"，您应该在其中定义botte"routes"。由于你的应用程序从技术上讲是一个python模块，因此也需要使用````uuuinit`.py``.
你应该将模块包装在``pip``包中，并通过``pypi``分发。这样一来，想要安装应用程序的用户必须通过"pip"安装并将其添加到"install"ed_apps``列表。
你可以发邮件给作者：mmmnow@gmail.com
：目标：https://pypi.python.org/pypi/chembl_beaker/
：alt:最新版本
…图片：：https://img.shields.io/pypi/dm/chembl_beaker.svg
：目标：https://pypi.python.org/pypi/chembl_beaker/
：alt:downloads
图片：：https://img.shields.io/pypi/pyversions/chembl_beaker.svg
：目标：https://pypi.python.org/pypi/chembl_beaker/
：alt:支持的python版本
…图片：：https://img.shields.io/pypi/status/chembl_beaker.svg
：目标：https://pypi.python.org/pypi/chembl_beaker/
：alt:开发状态
…图片：：https://img.shields.io/pypi/l/chembl_beaker.svg
：目标：https://pypi.python.org/pypi/chembl_beaker/
：alt:license
。图片：：https://badge.waffle.io/chembl/chembl_beaker.png？label=ready&title=ready
：target:https://waffle.io/chembl/chembl嫒u烧杯
：alt:'准备好的故事'
什么是烧杯？
——
这是在"Chembl<；https://www.ebi.ac.uk/chembl/>；``uu group，`embl-ebi<；https://www.ebi.ac.uk/>；``uu，Cambridge，UK"开发的Chembl-u烧杯包。
这是"rdkit<；http://www.rdkit.org/>；`` uu和"osra<；http://cactus.nci.nih.gov/osra/>；"`_，其中公开了以下方法：
*`格式转换<；https://github.com/mnowotka/chembl_-beaker/blob/master/chembl_-beaker/beaker/core_-apps/conversions/views.py>；``ubr/>*`复合识别<；https://github.com/mnowotka/chembl_-beaker/blob/master/chembl_-beaker/beaker/core_-apps/osra/views.py>；`\br/>*`光栅图像（PNG）生成<；https://github.com/mnowotka/chembl廑u烧杯/blob/master/chembl廑u烧杯/beaker/core廑apps/rasterimages/views.py>；`\br/>*`矢量图像（SVG）生成<；https://github.com/mnowotka/chembl廑烧杯/blob/master/chembl廑烧杯/beaker/core廑apps/svgimages/views.py>；`
*`HTML5就绪的复合表示法<；https://github.com/mnowotka/chembl_-beaker/blob/master/chembl_-beaker/beaker/core_-apps/jsonimages/views.py>；`
*`fingerprints<；https://github.com/mnowotka/chembl_-beaker/blob/master/chembl_-beaker/beaker/core_-apps/fingerprints/views.py>；`
*`描述符<；https://github.com/mnowotka/chembl_u烧杯/blob/master/chembl_u烧杯/beaker/core_apps/descriptors/views.py>；`
*`环信息<；https://github.com/mnowotka/chembl_u烧杯/blob/master/chembl_烧杯/beaker/core_apps/ringinfo/views.py>；。`_
*`Maximum Common Substructure<；https://github.com/mnowotka/chembl廑u烧杯/blob/master/chembl廑u烧杯/beaker/core廑apps/mcs/views.py>；`\br/>*`smiliarity maps<；https://github.com/mnowotka/chembl廑烧杯/blob/master/chembl廑烧杯/beaker/core廑apps/similitymaps/views.py>；`\br/>*`chEMBL标准化过程<；https://wwwdev.ebi.ac.uk/chembl/extra/francis/standardiser/>；``由中和、断键、除盐和应用各种规则组成。
*`使用通用力场生成三维坐标<；https://github.com/mnowotka/chembl嫒烧杯/blob/master/chembl_u烧杯/烧杯/core_apps/d3coords/views.py>；` `*`各种其他计算（例如kekulisation）<；https://github.com/mnowotka/chembl_u烧杯/blob/master/chembl_u烧杯/烧杯/core_apps/calculations/views.py>；`*marvin 4 js compileant`webservices<；https://marvin4js.chemaxon.com/marvin4js-latest/docs/dev/webservices.html>；` `
hub.com/spore/specifications>；``文档化的Web服务器。这个特殊的实现将rdkit包装在"tornado"上的"bottle<；http://bottlepy.org/docs/dev/>；` ` ` ` ` `中，http://www.tornadoweb.org/en/stable/>；` ` ` ` ` ` ` ` `.
它在哪里使用？
——
"烧杯"中使用"烧杯"；即："项目"，但也可以作为独立的Web服务器使用。也可以用作"马尔文"的Web服务后端；马尔文和马尔文；它公开了与webservice规范兼容的方法<；https://marvinjs demo.chemaxon.com/latest/docs/dev/webservice s.html>；`.
为此，需要配置marvin sketcher实例：
：
marvin.sketcher instance=new marvin.sketch（"sketch"）；
marvin.sketcherInstance.setServices（getDefaultServices（{
'clean2Dws'：<；烧杯清洁网络服务的URL>；，
'molconvertws'：<；烧杯molexport网络服务的URL>；，
"stereoinfows"：<；烧杯cipstereonfo的URL>；
）；
l
——
烧杯安装在mychembl虚拟机（当前版本19）上，因此如果您想了解如何为apache部署它，或者在笔记本电脑或局域网上使用它，而不必安装rdkit和osra，您只需获取mychembl的副本即可。
最简单的方法是安装'vagrAnt<；https://www.vagrant up.com/>；``和类型：
vagrant init chembl/mychembl
vagrant up
rg/docs/dev/>；``u
*`tornado<；http://www.tornadorweb.org/en/stable/>；``u
>
其他依赖项
--
*`pycairo<；http://cairographics.org/pycairo/>；``` cairoffi<；http s://github.com/simonsapin/cairoffi>；`（用于'svg<；https://en.wikipedia.org/wiki/s可缩放矢量图形` `格式支持）
*`lxml<；http://lxml.de/>；` `（`mrv<；https://www.chemaxon.com/marvin/help/formats/mrv doc.html>；` `文件格式）
*`matplotlib<；http://matplotlib.org/>；` ` `（生成相似性映射）
*`standardiser<；https://github.com/flAtkinson/Standardiser>；``（烧杯标准化应用程序使用的分子标准化工具）
塔特和龙卷风。rdkit和osra必须分开安装。
当然可以从github克隆开发版本，但不能保证它能正常工作。
如果要使用"pip"安装github版本，请调用以下命令：
`"sudo pip install g it+https://github.com/mnowotka/chembl_u beaker.g它`
Mac用户的完整配方
——
所以我想测试它，我有一个Mac，我不知道什么是RDKit，Tornado和瓶子-我该如何开始？
首先，从https://xquartz.macosforge.org/landing/安装Xquartz，然后：：
brew install rdkit
导出rdbase=/usr/local/share/rdkit
export pythonpath=$pythonpath:/usr/local/lib/python2.7/site packages
export cflags=-qunused arguments
export cppflags=-qunused arguments
sudo-e pip install cairocffi
sudo-e pip install hellow
sudo-e pip install lxml
sudopip install standardiser
sudo pip install chembl_烧杯
run_berker.py
或者，您可以使用"本文<；http://macinchem.org/reviews/cheminfo/cheminfomac.php>；``作为安装指南。
配置
--
存储在位于当前目录的"beaker.conf"文件中。运行烧杯时，可以使用`--config（-c）``参数指定
配置文件的位置。配置文件格式是标准的`*.ini`。
烧杯是与名为"beaker.conf.sample`"的示例配置文件一起分发。
**debug**-在调试模式下运行瓶子服务器（true/false，默认值"true```）
**bottle_port**-瓶子服务器侦听连接的端口数（整数，默认值"8080`）
**bottle_host**-瓶子服务器的主机名（字符串，默认为"localhost"`）
***服务器中间件**-瓶子使用的网络中间件库（字符串，默认为"tornado"`）
**osra_binaries_location**-要用于复合识别的osra二进制文件的路径（字符串，默认为"`/usr/bin/osra``）
***启用CORS**-启用CORS插件并尊重下面的所有头设置（true/false，默认值``true`）
**access_control_allow_origin**-"access control allow origin"头的内容随每个响应发送（string，默认值``*`）
**access_control_allow_methods**-"访问控制允许方法"头的内容随每个响应发送（字符串，默认值"get，post，put，options`）
**installed_apps**-安装在烧杯中的应用程序，默认值为[
"chembl_-beaker.bee"
"chembl_-beaker.bee"aker.core_apps.conversions"，
"chembl_烧杯.烧杯.核心_apps.descriptors"，
"chembl_烧杯.烧杯.核心_apps.fingerprints"，
"chembl_烧杯.烧杯.核心_apps.marvin"，
"chembl_烧杯.烧杯.核心_apps.mcs"，
"chembl_烧杯.烧杯.核心_apps.osra"，
"chembl_bea烧杯。烧杯。核心烧杯应用程序。光栅图像"，
"chembl_u烧杯。烧杯。核心应用程序。环信息"，
"chembl_u烧杯。烧杯。核心应用程序。系统"，
"chembl_u烧杯。烧杯。核心应用程序。jsonimages"，
"chembl_u烧杯。烧杯。核心应用程序。自动文档"，
]
要使用烧杯，请键入"run撸beaker"`
如果要在生产环境中运行烧杯，请阅读下面的部分。
from bottle import debug
import json
from chembl_烧杯。烧杯导入应用程序，配置，加载插件，加载应用程序
conf_path="[配置路径。文件]"
config.load_config（conf_path）
loadapps（apps）
debug（true）
就这样！有关详细信息，请参阅"本文档"<；http://flask.pocoo.org/docs/deploying/mod_wsgi/>；` ` `.
所有可以用mod_wsgi部署在apache上的内容，都可以用uwsgi部署在nginx上，详细信息请参见http://fclef.wordpress.com/2013/01/12/bottle-virtualenv-uwsgi-nginx-installation-on-ubuNTU-12-04-1-LTS/>；` `.
文档
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就像每一个用python编写的好软件一样，烧杯都是自文档的。运行烧杯时，打开浏览器并转到url：``烧杯根/docs`。您将看到从所有可用的web服务动态生成的实时文档，由beaker公开。您可以立即尝试它们并查看服务器返回的结果。每个webservice都应该有文档记录-文档也是从每个公开的webservice的docstring自动生成的，解释为标记。图片：：https://dl.dropboxusercontent.com/u/10967207/static/docs.png
：alt:docs截图
开发-编写自己的扩展
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唯一需要的文件是"views.py"，您应该在其中定义botte"routes"。由于你的应用程序从技术上讲是一个python模块，因此也需要使用````uuuinit`.py``.
你应该将模块包装在``pip``包中，并通过``pypi``分发。这样一来，想要安装应用程序的用户必须通过"pip"安装并将其添加到"install"ed_apps``列表。
你可以发邮件给作者：mmmnow@gmail.com
欢迎加入QQ群-->： 979659372
