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Python blastn
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最新问答
这个虫子快把我逼疯了。
脚本的错误输出：
>>>Run shell cmd "grep -vw ^# *.blastn | awk $1 != $2 > *matchfile* ...
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我正试图用NCBIWWW.biopython运行blastn。
我正在对给定的示例文件使用qblast函数。
我定义了一些方法，当我的fasta包含足够长的序列时，一切都像一个符咒。唯一失败的情况是当 ...
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我正在尝试将我的django项目从开发服务器移动到生产服务器。我几乎把所有的事情都解决了，只有一个例外。当我在终端中运行以下代码（使用python manage.py shell）时，它可以正常工作， ...
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我在excel中有一个csv文件，其中包含BLAST搜索的输出，格式如下：
# BLASTN 2.2.29+
# ...
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我看了看，找到了解决办法，试了试，得到了同样的结果。我尝试使用Popen.wait()、run()和call()。正如其他用户所建议的，我还尝试将命令作为字符串列表传递。没用。子流程调用没有给出错误， ...
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我正在使用GitHub的python脚本进行一些分析。为了运行脚本，我需要一些其他程序，这些程序也安装在我们的服务器上。我通过以下命令将软件与这些程序链接
ln -s /usr/local/ ...
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我试图看看shutil.which()是否能从NCBI的BLAST中找到blastn命令。在我的终端上运行which blastn会导致/usr/local/bin/blastn。但是，如果我执行sh ...
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我有下面两排
Tp1g00130_scaffold_1 blastn exon 20495 20602 . + .
Tp1g00130_scaffol ...
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我在用biopython做细菌株的爆炸搜索！然而！普通的blast搜索为我提供了所有的应变，但我只需要注释良好的应变（而不是普通查询附带的所有数据转储）。你知道吗
正常溶液：
blast的浏览器版本允 ...
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这是this question关于使用NamedTemporaryFile()的后续排序
我有一个函数可以创建并写入一个临时文件。然后我想在另一个函数中使用该文件，该函数调用使用该文件的终端命令（该程 ...
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最新项目
手动运行NCBI爆炸当然不是火箭科学，但是
与此相比，模块提供了几个好处：
为系统上的每个CPU自动运行一个BLAST进程；
比-num_threads选项获得更好的吞吐量
提供一个迭代器api，它 ...
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blastn_提取物
内部bfssi包 ...
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进行倒排分析
此包Python名称：reciprocalblast
目前版本： reciprocalblast 0.1.0
最后维护 ...
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