Biopython是否有“排除未培养样本”和“从类型材料中排除序列”的论点?

2024-06-17 11:24:50 发布

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我在用biopython做细菌株的爆炸搜索!然而!普通的blast搜索为我提供了所有的应变,但我只需要注释良好的应变(而不是普通查询附带的所有数据转储)。你知道吗

正常溶液: blast的浏览器版本允许您通过勾选两个复选框来排除“未培养/环境样本序列”以及“限制类型材料中的序列”。你知道吗

有没有一种方法可以使用Biopython实现这些选项?你知道吗

基本上,我想知道是否有额外的参数,我可以使用,这将给我的效果浏览器版本使用复选框。你知道吗

#What I am Doing (and works)
from Bio.Blast import NCBIWWW
my_query = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", query_sequence)
#I want something like
from Bio.Blast import NCBIWWW
my_query = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", query_sequence, exclude = 'uncultured', limit_seqs_from_type_material = True)

Tags: fromimport版本my浏览器序列query复选框