在apach中使用子进程时出现“找不到命令”错误

Question

我正在尝试将我的django项目从开发服务器移动到生产服务器。我几乎把所有的事情都解决了，只有一个例外。当我在终端中运行以下代码（使用python manage.py shell）时，它可以正常工作，但是通过我的apache服务器（使用mod_gwsgi）运行它就不能正常运行了。在

我的代码：

    ...
    blastn_cline = NcbiblastnCommandline(query=filepath, db=db, evalue=0.1, outfmt=5, out=out, task="blastn-short", dust="no")
    process = subprocess.Popen(str(blastn_cline),shell=True,stdout = subprocess.PIPE, stderr = subprocess.PIPE)
    proc_out, proc_err = process.communicate()
    err_log = open('/Users/basehunt/logs/ncbi_error_log.log', 'a+')
    err_log.write("\n"+str(datetime.datetime.now())+": "+str(proc_err))
    err_log.close()
    ...

当我在运行终端后查看日志文件ncbi_error_log.log时，我得到（例如）：

^{pr2}$

所以没有错误。但是，当我运行我的apache服务器时，我得到：

2011-12-17 12:28:59.755323: /bin/sh: blastn: command not found

我试着广泛地寻找这个问题的解决方案，但找不到任何能解决问题的方法——尽管我希望我遗漏了一些显而易见的东西，以便我能迅速解决这个问题。在

附加信息：

• OS X雪豹

• python版本是2.7.2

• django 1.3

• 路径包含blastn的目录

如果您还想查看其他代码，请告诉我。在

已解决：

通过改变

process = subprocess.Popen(str(blastn_cline),shell=True,stdout = subprocess.PIPE, stderr = subprocess.PIPE)

到

process = subprocess.Popen('/Users/basehunt/BLAST/ncbi-blast-2.2.25+/bin/'+str(blastn_cline),shell=True,stdout = subprocess.PIPE, stderr = subprocess.PIPE)

为了绝对指向函数。非常感谢。在

Answer 1

当在Apache/mod wsgi下运行时，必须使用正在运行的程序的完整路径名，或者为此访问的任何文件。这是因为您的用户路径不是由Apache继承或使用的。进程的当前工作目录也可以是任何内容，因此也不能依赖于相对路径。在

因此，不要只使用'blastn'，使用'/some/path/blastn'，将'/some/path/'替换为程序所在的完整路径。在