几乎是哈迪温伯格测试
snphwe的Python项目详细描述
snphwe:hardy-weinberg平衡的精确检验
在python中重新实现hardy-weinberg均衡的精确snp检验 在Wigginton,Je,Cutler,DJ和Abecasis,GR(2005)中描述 hardy-weinberg平衡的精确检验。AJHG 76:887-893。
这个包只是一个python包装器 c implementation。
安装
安装snphwe最简单的方法是通过pip:
pip install snphwe
用法
在python环境中使用snphwe
fromsnphweimportsnphwehom1=10hets=500hom2=5000hwe_p=snphwe(hets,hom1,hom2)