Python 染色体_专题 - Python中文网

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关于染色体相关联的Python项目和问题：

以特定概率对整数列表进行变异

我有以下整数列表： [[0, 2, 3, 1, 3, 2, 0, 1], [0, 3, 2, 1, 2, 3, 0, 1], [1, 2, 3, 0, 3, 2, 1, 0], [2, 1, 3 ...

2024-05-13 已阅读: n次

尝试根据列表字典中的值类型（int或str）打印键

我正在学习访问字典键值和列表理解。我的任务要求我： "Use a while loop that prints only variant names located in chromosomes th ...

2024-05-13 已阅读: n次

PyBrain的遗传算法示例/教程？

我最近开始使用pyBrain进行一些机器学习研究。我对g as和ANNs都很感兴趣——尽管pyBrain主页将GA列为库的特性之一，但pyBrain文档中似乎没有关于GA编程的任何内容（例如染色体选择 ...

2024-05-13 已阅读: n次

具有不同长度的另一个数据帧的子集数据帧

我有一个相互作用的染色体对的数据帧，用染色体（chr）和位置（pos）表示，如下所示： >>>import pandas as pd >>>df1 chr1 ...

2024-05-13 已阅读: n次

遗传算法无序变长染色体交叉策略？

我正在研究一种遗传算法。染色体不是有序的-这意味着它们在成员中出现的顺序并不影响成员的得分。染色体的数目也是不固定的。一个成员可能有1个染色体，另一个可能有100多个。在我在Python工作，染色体 ...

2024-05-13 已阅读: n次

从FASTA-fi中提取基因定位

我正试图用BioPython从fasta文件中提取基因位置，但是函数location不起作用。我想避免使用regex，因为这个函数必须处理不同的文件，而且所有文件的头都略有不同。你知道吗标题如下所示 ...

2024-05-13 已阅读: n次

Python中的适应度比例选择（轮盘赌选择）

我有一个对象（染色体）列表，其中有一个属性适应度（染色体适应度介于0和1之间）给定一个这样的对象列表，我如何实现一个函数，该函数返回一个染色体，其被选中的几率与其适应度成正比？也就是说，适应度为0. ...

2024-05-13 已阅读: n次

匹配每个lin的元素

我有一个函数的给定输入文件的规则列表。如果在给定的文件中有任何违反，我希望程序返回错误消息并退出。在文件中的每个基因都应该在同一条染色体上因此，对于以下线路：邮编：001003443 chr ...

2024-05-13 已阅读: n次

如何改变数百个基因组中的染色体名称？

我有一百个基因组和.bed文件。我想更改每个基因组的染色体名称（出现在第一列），用物种ID（3个字符）加上MscanX程序的序列号来比较同线区域当前的bed文件有多种格式。。。染色体数目也不同例如 ...

2024-05-13 已阅读: n次

fi中不同元素的Python索引

我有样品输入文件.txt地址： chr15 74436458 74466677 pi-1700016M24Rik.1 - chr17 79734018 79754230 ...

2024-05-13 已阅读: n次

基于重叠值将字典拆分为字典列表

我有一本带有染色体坐标的字典，如以下示例： First_dict = {Key1: ['chr10', 19010495, 19014590, 19014064], Key2: ['chr10', 1 ...

2024-05-13 已阅读: n次

在列表中调用“append”时会发生什么情况？

首先，我不知道这个问题最合适的题目是什么。竞争者：“如何在自定义类中实现list.append”。在我有一个class，叫做Individual。以下是课程的相关部分： from itertools ...

2024-05-13 已阅读: n次

seqseek

SeQueSo[！[构建状态]（https://travis-ci.org/23andme/seqseek.svg？branch=master）]（https://travis ci.org/23an ...

2024-05-13 已阅读: n次

chromosomer

参考辅助染色体组装工具此包Python名称：chromosomer 目前版本： chromosomer 0.1.3 最后维护时间： ...

2024-05-13 已阅读: n次

XYalign

广告和实质性影响变型呼叫。这里我们介绍xylalign，这是一个新的工具，它（1）在ngs数据中快速推断性染色体倍性，（2）基于推断的个体性染色体补体重新映射读取，（3）输出质量、深度和染色体上的等位 ...

2024-05-13 已阅读: n次

genomes

这个项目提供了对基因组集合的一些元数据的简单访问。您可以检索任何程序集的染色体列表。另外，你可以得到每个染色体碱基对的长度。完整文档可在以下网址获得： http://xapple.github.co ...

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fuma

fuma（fusion matcher）根据染色体位置和相应的注释基因匹配预测的融合事件（基因组和转录组）。是转录组（由用户提供）的组织构成了fuma考虑融合基因是否相同的基础。所提供的基因注释可以调 ...

2024-05-13 已阅读: n次

pararead

简化dna测序并行处理的python包通过跨染色体并行读取（bam或sam文件）。最好的学习更多的地方是 documentation。 ...

2024-05-13 已阅读: n次

pyvariantfilter

PyvariantFilter 通用的python包，用于根据继承模式过滤生殖系遗传变异。在您的数据集中找到常染色体显性、常染色体再接、x连锁再接、x连锁显性、从头和复合杂合子变体。通过应 ...

2024-05-13 已阅读: n次

hic-straw

吸管 straw允许对.hic文件进行编程访问。 .hic文件存储hi-c实验的接触矩阵和规范化和期望向量，以及头中的元数据。主要函数straw接受规范化、文件名或URL，染色体1（可选范围）、 ...

2024-05-13 已阅读: n次

msprime

Msprime是一个用于处理的联合模拟器和库基于树的遗传数据Msprime可以模拟成百上千条染色体的重组样本，并非常有效地处理产生的家谱使用tskit。如果你在工作中使用msprime，请引 ...

2024-05-13 已阅读: n次

Chromosome

染色体染色体是一种开源的进化算法体系结构。 [文档]： Documentation [用法]： Example 1 [出版物]： Information, Complexity and Life o ...

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bioinfo_tools

#bioinfo工具0.3.1*这些解析器仍在开发中，并且在不同的解析器之间使用不一致。\fasta parser``pythonfrom bioinfo廑tools.parsers.fasta im ...

2024-05-13 已阅读: n次

mask-plasmid

掩膜质粒：从组装好的基因组中创建一个快速床文件背景当用微生物基因组数据构建系统发生树时，必须尽可能接近克隆框架。识别克隆帧的一种常用技术是将读取映射到引用。基因组，然后过滤掉所有样本中不存 ...

2024-05-13 已阅读: n次

chromawizard

Chromawizard 1.2.0 创建m-fish图像核型的工具。安装下载或克隆chromawizard: cd chromawizard/Code git checkout v1.1. ...

2024-05-13 已阅读: n次

holdouts-generator

简单的python包，用于生成和缓存任意深度的随机和染色体保持。如何安装此软件包？像往常一样，只需使用pip: pip install holdouts_generator 测试覆盖率 ...

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annotate_regions

染色体拷贝数分布中区域标注的图形用户界面此包Python名称：annotate_regions 目前版本： annotate_regions 1. ...

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inheritance

孟德尔病遗传模型[构建状态]（https://travis-ci.org/brentp/heritance.svg？分支（=主）]（http://特拉维斯Ci.org/Brutp/继承） BR/>此模 ...

2024-05-13 已阅读: n次

clubcpg

clubcpg：基于聚类的cpg甲基化分析什么是clubcpg？ clubcpg是一个分析全基因组亚硫酸氢盐测序（wgbs）数据的软件包。这个工具包将每个染色体分成用户定义的小间隔，提取这些间 ...

2024-05-13 已阅读: n次

Python 染色体

关于染色体 相关联的Python项目和问题：

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