clubcpg是一个分析全基因组亚硫酸氢盐测序(wgbs)数据的软件包。

clubcpg的Python项目详细描述


clubcpg:基于聚类的cpg甲基化分析

Build StatusDocumentation StatusLanguage grade: Python

什么是clubcpg?

clubcpg是一个分析全基因组亚硫酸氢盐测序(wgbs)数据的软件包。这个工具包将每个染色体分成用户定义的小间隔,提取这些间隔内的所有wgb读取,基于身份对它们进行聚类,并编写一份包含所有已识别的cpg甲基化模式的最终使用报告。

我怎么用这个?

完整文档可在ReadTheDocs

要求

  • python>;=3.5
  • 在您的路径上安装samtools

安装

  • (可选,但强烈建议)创建新的python虚拟环境并激活该virualenv
  • 执行pip install clubcpg安装包。如果不存在需求,将自动安装。

救命啊!这不起作用。

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