clubcpg是一个分析全基因组亚硫酸氢盐测序(wgbs)数据的软件包。
clubcpg的Python项目详细描述
clubcpg:基于聚类的cpg甲基化分析
什么是clubcpg?
clubcpg是一个分析全基因组亚硫酸氢盐测序(wgbs)数据的软件包。这个工具包将每个染色体分成用户定义的小间隔,提取这些间隔内的所有wgb读取,基于身份对它们进行聚类,并编写一份包含所有已识别的cpg甲基化模式的最终使用报告。
我怎么用这个?
完整文档可在ReadTheDocs
要求
- python>;=3.5
- 在您的路径上安装samtools
安装
- (可选,但强烈建议)创建新的python虚拟环境并激活该virualenv
- 执行
pip install clubcpg
安装包。如果不存在需求,将自动安装。
救命啊!这不起作用。
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