LSDMAP包
lsdmap的Python项目详细描述
lsdmap包用于计算局部标度扩散图。
>典型用法是调用"lsdmap"脚本：
lsdmap-f<；配置文件>；-c<；结构文件>；<；其他配置选项>；
>或使用mpi：
>配置的典型示例f配置的典型配置示例f配置的典型配置示例f配置的典型示例。是的ile是./examples/lsdmap/config.ini
结构文件应包含计算
lsdmap所需的所有配置。在执行脚本之后，应该已经生成了一个.ev和一个.eg文件，分别包含特征向量和特征值。
见论文W.Zheng，M.A.Rohrdanz，M.Maggioni和C.Clementi，J.Chem。phys.，2011，134，144109获取有关lsdmap如何工作的更多信息。
安装
----
pip安装如下：
pip安装lsdmap
首先，确保安装了numpy、scipy、mpi4py和cython
。如果没有，请从http://numpy.scipy.org/，
http://mpi4py.scipy.org/，http://cython.org/获取。编译/安装它们。
2.从主lsdmap分发目录运行此命令
（加上任何其他标志，例如--prefix或--user以指定
安装目录）：
python setup.py install
安装后，请确保安装
目录中的文件夹bin包含在路径中。它包含用于计算lsdmap的可执行文件"lsdmap"
。
可以在examples/lsdmap文件夹中运行测试。此文件夹包含结构文件aladip_1000.gro
，其中包含真空中丙氨酸二肽的1000个配置，以及应用于计算
lsdmap的配置文件（.ini）的示例。要测试程序，只需在这个文件夹中键入：
执行后，必须生成一个文件".ev"和一个文件".eg"。
它们分别包含fokker-planck运算符的特征向量和特征值。在文件".ev"中，第一列对应于第一个特征向量（最大特征值）的值
，第二列对应于第二个特征向量的值
，依此类推。第一行对应于
结构文件中给定的第一个配置的特征向量值，第二行对应于第二个配置，
等等。
lsdmap可以使用类似于以下命令的mpi来计算：
有关dm-d-md的介绍，请参阅论文
j.preto和c.clementi，phys。化学。化学。Phys.，2014，16，19181-19191.
除了lsdmap之外，dm-d-md还要求正确安装gromacs。
dm-d-md在通过以下命令安装lsdmap时会自动安装：
dm-d-md的典型用法是调用：
要使用dm-d-md，必须正确安装gromacs
，并且"grompp"和"mdrun"命令在串行使用中正常工作。如果没有，请访问http://www.gromacs.org/
testing
----
examples/d md md文件夹包含dm-d-md配置的示例
文件（dmdmdmd.ini）以及运行gromacs md模拟所需的文件
在（PYP）中。dm-d-md可以通过执行以下命令启动：
dmdmd-f dmdmd.ini
它结合了lsdmap和伞形取样、元动力学等技术，为探索大分子体系的构型空间和估算其自由能景观提供了最佳途径。其中偏置势是沿扩散图坐标的
系统自由能的局部估计。由于dmap坐标与md模拟的慢时间尺度相关，因此在不保留局部极小值的情况下，更容易探索配置空间中更宽的
区域。要运行
偏置md，需要适当的gromacs修改版本。要安装
，请参阅下面的安装段落。
从"dmaps"分支安装lsdmap包，即首先使用：
，然后使用
python setup.py install
注意，此版本的lsdmap需要共享的".so"python库。
在安装python期间通过在配置python时使用
选项--enable shared生成：
./configure--enable shared…
2。安装改进版（串行，简单精度）的Gromacs。
包可以使用以下命令进行git克隆：
git clone git://git.code.sf.net/p/dmaps-gromacs/code dmaps gromacs code
请注意，包中包含gromacs 4.6.1的修改版本。克隆后，
按照以下步骤安装包：
a.创建gromacs makefile。修改版的gromacs的配置应与标准版的gromacs 4.6类似，并禁用单精度、gpu和mpi选项。有关如何构建gromacs的更多信息，请参考
http://www.gromacs.org/documentation/installation_instructions_4.6
。在git克隆安装目录后，配置修改版gromacs的典型方法如下：
cd cmake build
cmake。-dgmx_build_own_fftw=on-dcmake_install_prefix=/path/to/local/directory-dgmx_gpu=off-dgmx_mpi=off
有些机器可能需要附加选项才能使索环正常工作。再次，请参阅上面的gromacs网页了解更多信息。
b.在安装gromacs之前，请将dmap采样库链接到它。
在使用make或make install之前，您应该告诉gromacs，它应该考虑一个名为libdms的库。因此，在co授课。库
是在安装lsdmap包时创建的。首先，您应该找到这个特定库的位置。如果lsdmap的安装
正常，则对应的路径应为
/path/to/site packages/lsdmap/dmaps/critical/libdms.so，其中
path/to/site packages是安装了
lsdmap的python"site packages"文件夹的路径。然后，从先前git克隆的文件夹
dmaps gromacs代码开始，您应该编辑文件
src/kernel/cmakelists.txt。在该文件的第78行，应该修改
"set（libdms path/to/libdms.so）"中的"path/to/libdms.so"，使其与找到的库"libdms.so"的绝对路径相对应。通过键入（从
步骤a中创建的cmake build文件夹中）：
make install
testing
----
要运行扩散映射采样，请使用examples/dmaps
目录中的以下命令：
dmaps-f settings
解决方案。
如果扩散图采样完成，则应创建3个文件夹，
对应于DMAP采样过程的前三次迭代（在
文件设置中，默认为niters=3），称为iterx，其中x是迭代的
。
若要分析特定迭代的结果，请进入对应的
"iter"文件夹。在那里，您可以使用脚本phipsi.sh，该脚本位于父目录中，输入：
../phipsi.sh
，这将计算通常用于分析此处测试系统的结果的集合变量，丙氨酸二肽。在examples/dmaps/scripts文件夹中可以使用一组python脚本来绘制特定的图形。例如，
文件examples/dmaps/scripts/plotfephipsi.py可用于将自由能
作为运行
脚本phi psi.sh后计算的坐标phi和psi的函数，从同一"iter"文件夹，使用：
python../scripts/plotfephipsi.py
将绘制所需的图形。注意，它要求在本地主机上安装matplotlib和
densplot模块。前者可以从
http://matplotlib.org/下载，后者可以从https://github.com/jp43/densplot克隆
，并使用
python setup.py install以通常的方式安装
>典型用法是调用"lsdmap"脚本：
lsdmap-f<；配置文件>；-c<；结构文件>；<；其他配置选项>；
>或使用mpi：
>配置的典型示例f配置的典型配置示例f配置的典型配置示例f配置的典型示例。是的ile是./examples/lsdmap/config.ini
结构文件应包含计算
lsdmap所需的所有配置。在执行脚本之后，应该已经生成了一个.ev和一个.eg文件，分别包含特征向量和特征值。
见论文W.Zheng，M.A.Rohrdanz，M.Maggioni和C.Clementi，J.Chem。phys.，2011，134，144109获取有关lsdmap如何工作的更多信息。
安装
----
pip安装如下：
pip安装lsdmap
首先，确保安装了numpy、scipy、mpi4py和cython
。如果没有，请从http://numpy.scipy.org/，
http://mpi4py.scipy.org/，http://cython.org/获取。编译/安装它们。
2.从主lsdmap分发目录运行此命令
（加上任何其他标志，例如--prefix或--user以指定
安装目录）：
python setup.py install
安装后，请确保安装
目录中的文件夹bin包含在路径中。它包含用于计算lsdmap的可执行文件"lsdmap"
。
可以在examples/lsdmap文件夹中运行测试。此文件夹包含结构文件aladip_1000.gro
，其中包含真空中丙氨酸二肽的1000个配置，以及应用于计算
lsdmap的配置文件（.ini）的示例。要测试程序，只需在这个文件夹中键入：
执行后，必须生成一个文件".ev"和一个文件".eg"。
它们分别包含fokker-planck运算符的特征向量和特征值。在文件".ev"中，第一列对应于第一个特征向量（最大特征值）的值
，第二列对应于第二个特征向量的值
，依此类推。第一行对应于
结构文件中给定的第一个配置的特征向量值，第二行对应于第二个配置，
等等。
lsdmap可以使用类似于以下命令的mpi来计算：
有关dm-d-md的介绍，请参阅论文
j.preto和c.clementi，phys。化学。化学。Phys.，2014，16，19181-19191.
除了lsdmap之外，dm-d-md还要求正确安装gromacs。
dm-d-md在通过以下命令安装lsdmap时会自动安装：
dm-d-md的典型用法是调用：
要使用dm-d-md，必须正确安装gromacs
，并且"grompp"和"mdrun"命令在串行使用中正常工作。如果没有，请访问http://www.gromacs.org/
testing
----
examples/d md md文件夹包含dm-d-md配置的示例
文件（dmdmdmd.ini）以及运行gromacs md模拟所需的文件
在（PYP）中。dm-d-md可以通过执行以下命令启动：
dmdmd-f dmdmd.ini
它结合了lsdmap和伞形取样、元动力学等技术，为探索大分子体系的构型空间和估算其自由能景观提供了最佳途径。其中偏置势是沿扩散图坐标的
系统自由能的局部估计。由于dmap坐标与md模拟的慢时间尺度相关，因此在不保留局部极小值的情况下，更容易探索配置空间中更宽的
区域。要运行
偏置md，需要适当的gromacs修改版本。要安装
，请参阅下面的安装段落。
从"dmaps"分支安装lsdmap包，即首先使用：
，然后使用
python setup.py install
注意，此版本的lsdmap需要共享的".so"python库。
在安装python期间通过在配置python时使用
选项--enable shared生成：
./configure--enable shared…
2。安装改进版（串行，简单精度）的Gromacs。
包可以使用以下命令进行git克隆：
git clone git://git.code.sf.net/p/dmaps-gromacs/code dmaps gromacs code
请注意，包中包含gromacs 4.6.1的修改版本。克隆后，
按照以下步骤安装包：
a.创建gromacs makefile。修改版的gromacs的配置应与标准版的gromacs 4.6类似，并禁用单精度、gpu和mpi选项。有关如何构建gromacs的更多信息，请参考
http://www.gromacs.org/documentation/installation_instructions_4.6
。在git克隆安装目录后，配置修改版gromacs的典型方法如下：
cd cmake build
cmake。-dgmx_build_own_fftw=on-dcmake_install_prefix=/path/to/local/directory-dgmx_gpu=off-dgmx_mpi=off
有些机器可能需要附加选项才能使索环正常工作。再次，请参阅上面的gromacs网页了解更多信息。
b.在安装gromacs之前，请将dmap采样库链接到它。
在使用make或make install之前，您应该告诉gromacs，它应该考虑一个名为libdms的库。因此，在co授课。库
是在安装lsdmap包时创建的。首先，您应该找到这个特定库的位置。如果lsdmap的安装
正常，则对应的路径应为
/path/to/site packages/lsdmap/dmaps/critical/libdms.so，其中
path/to/site packages是安装了
lsdmap的python"site packages"文件夹的路径。然后，从先前git克隆的文件夹
dmaps gromacs代码开始，您应该编辑文件
src/kernel/cmakelists.txt。在该文件的第78行，应该修改
"set（libdms path/to/libdms.so）"中的"path/to/libdms.so"，使其与找到的库"libdms.so"的绝对路径相对应。通过键入（从
步骤a中创建的cmake build文件夹中）：
make install
testing
----
要运行扩散映射采样，请使用examples/dmaps
目录中的以下命令：
dmaps-f settings
解决方案。
如果扩散图采样完成，则应创建3个文件夹，
对应于DMAP采样过程的前三次迭代（在
文件设置中，默认为niters=3），称为iterx，其中x是迭代的
。
若要分析特定迭代的结果，请进入对应的
"iter"文件夹。在那里，您可以使用脚本phipsi.sh，该脚本位于父目录中，输入：
../phipsi.sh
，这将计算通常用于分析此处测试系统的结果的集合变量，丙氨酸二肽。在examples/dmaps/scripts文件夹中可以使用一组python脚本来绘制特定的图形。例如，
文件examples/dmaps/scripts/plotfephipsi.py可用于将自由能
作为运行
脚本phi psi.sh后计算的坐标phi和psi的函数，从同一"iter"文件夹，使用：
python../scripts/plotfephipsi.py
将绘制所需的图形。注意，它要求在本地主机上安装matplotlib和
densplot模块。前者可以从
http://matplotlib.org/下载，后者可以从https://github.com/jp43/densplot克隆
，并使用
python setup.py install以通常的方式安装
欢迎加入QQ群-->： 979659372
