gromacs-py 1.0.0.post4

扣环

gromacs_py是一个python库，允许简化使用gromacs md仿真软件。gromacs_py可以基于pdb文件构建topologie，创建模拟系统（box、add water和ions），并运行最小化、平衡和生产运行。 gromacs_py包装器的主要目标之一是自动化多系统md模拟的常规操作。

• 联机文档：

  https://gromacs-py.readthedocs.io

• 源代码存储库：

  https://github.com/samuelmurail/gromacs_py

主要特点：

• python脚本模拟：

  • 拓扑创建
  • 溶剂化
  • 离子插入
  • 能量最小化
  • 带位置限制的平衡
  • 产量
  • gpu加速

• 从原始开始的拓扑操作PDB：

  • 用apbs/pdb2pqr
  计算氨基酸质子化和pka
  • 位置约束文件.itp创建
  • 环状叶柄拓扑

• 坐标操作：

  • 更改原子名称、链、坐标，…
  • 将分子的n拷贝插入到flooding模拟系统中
  • 线性肽生成

• 高级模拟工具：

  • 运行时监视模拟
  • 如果满足条件，中断模拟

兼容性

• 支持的Gromacs版本：

  • 2019年*
  • 2018年*
  • 2017年
  • 2016年
  • 5.1
  • 5.0

• 支持的python版本：

  • 3.7*
  • 3.6*
  • 3.5*

• 支持的操作系统：

  • OSX*
  • Linux*

*在每次代码提交后测试。

快速安装

从github获取gromacs_py库。

git clone https://github.com/samuelmurail/gromacs_py.git
cd gromacs_py
./setup.py install --user

有关详细信息，请参见Installation。

教程

这是磷脂酶cγ1的sh3结构域的一个简短模拟例子。 使用七个连续步骤：

1. 使用create_top.py创建拓扑。
2. 使用minimize_pdb.py最小化结构。
3. 使用solvate_ions.py对系统进行溶剂化。
4. 使用minimize_pdb.py最小化系统。
5. 使用equi_3_step.py平衡系统。
6. 使用production.py运行生产。
7. 使用extend.py扩展生产运行。

# Create topologie
gromacs_py/create_top.py -f gromacs_py/test/input/1y0m.pdb  -o tmp/1y0m/top -vsite

# Minimize the protein structure
gromacs_py/minimize_pdb.py -f tmp/1y0m/top/1y0m_pdb2gmx_box.pdb -p tmp/1y0m/top/1y0m_pdb2gmx.top -o tmp/1y0m/em/  -n em_1y0m -nt 2# Add water and ions
gromacs_py/solvate_ions.py -f tmp/1y0m/em/em_1y0m_compact.pdb -p tmp/1y0m/top/1y0m_pdb2gmx.top -o tmp/1y0m_water_ions/top/  -n 1y0m_water_ions

# Minimize the system
gromacs_py/minimize_pdb.py -f tmp/1y0m_water_ions/top/1y0m_water_ions_water_ion.gro -p tmp/1y0m_water_ions/top/1y0m_water_ions_water_ion.top -o tmp/1y0m_water_ions/em/  -n em_1y0m

# Do three small equilibrations with postion contraints on heavy atoms (first), Carbon alpha (second) and low constraint on Carbon alpha (third)
gromacs_py/equi_3_step.py -f tmp/1y0m_water_ions/em/em_1y0m_compact.pdb -p tmp/1y0m_water_ions/top/1y0m_water_ions_water_ion.top -o tmp/1y0m_water_ions/  -n 1y0m -HA_time 0.1 -CA_time 0.1 -CA_LOW_time 0.1

# Small production run of 0.1 ns
gromacs_py/production.py -f tmp/1y0m_water_ions/02_equi_CA_LOW/equi_CA_LOW_1y0m.gro -p tmp/1y0m_water_ions/top/1y0m_water_ions_water_ion.top -o tmp/1y0m_water_ions/03_prod -n 1y0m -time 0.1

# Extension of the simulation
gromacs_py/extend.py -s tmp/1y0m_water_ions/03_prod/prod_1y0m.tpr -time 0.2

# Remove simulation files
rm -r ./tmp

或者只需使用一个命令来执行前面的所有命令：

gromacs_py/top_em_equi_3_step_prod.py -f gromacs_py/test/input/1y0m.pdb -o tmp/1y0m -vsite -HA_time 0.1 -CA_time 0.1 -CA_LOW_time 0.1 -prod_time 0.3

作者

• samuel murail，会议主席-Université Paris Diderot，CMPLI。

另请参阅参与此项目的contributors列表。

许可证

此项目是在gnu通用公共许可v2.0下授权的-有关详细信息，请参阅LICENSE文件。