PIP可安装的停靠应用程序
pinda的Python项目详细描述
品达
PIP可安装的停靠应用程序
pinda设计用于交付具有相同用户界面的软件包的停靠版本。 如果以传统方式安装软件包,则尽可能提供什么。
例如,要安装Gromacs 2019版:
% pinda install gromacs 2019
安装完成后,您将在路径中找到“gmx”命令。
安装:
通过PIP最简单:
% pip install pinda
用法:
查看通过pinda提供的软件包列表:
% pinda list
ambertools 16 AmberTools version 16
ambertools 18 AmberTools version 18
* gromacs 2019 Gromacs version 2019
gromacs 2019-cuda Gromacs version 2019 with CUDA support
* obabel 2.4.1 Open Babel version 2.4.1
vina 1.1.2 AutoDock Vina and selected AutoDock Tools
%
已安装的软件包用星号标出。
安装软件包:
% pinda install ambertools 18
%
卸载软件包:
% pinda uninstall obabel 2.4.1
%
有关软件包的详细信息:
% pinda info ambertools 18
AmberTools version 18
This pinda distribution provides the following commands:
"sander" : the Amber/Ambertools "sander" command
"amber-shell" : drops you into a bash shell from which all other
AmberTools commands are accessible (e.g. tleap).
For full license and usage information, please visit http://ambermd.org
%
限制:
您需要在计算机上安装Docker。应用程序的容器化版本可以 只有“see”文件位于从中调用的命令目录或其子目录中,例如:
% gmx mdrun -s bpti.tpr # This is fine
% gmx mdrun -s ../bpti.tpr # This won't work
作者:
查理·劳顿charles.laughton@nottingham.ac.uk
许可证:
BSD 3条款