PIP可安装的停靠应用程序

pinda的Python项目详细描述


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PIP可安装的停靠应用程序

pinda设计用于交付具有相同用户界面的软件包的停靠版本。 如果以传统方式安装软件包,则尽可能提供什么。

例如,要安装Gromacs 2019版:

% pinda install gromacs 2019

安装完成后,您将在路径中找到“gmx”命令。

安装:

通过PIP最简单:

% pip install pinda

用法:

查看通过pinda提供的软件包列表:

% pinda list
  ambertools 16         AmberTools version 16
  ambertools 18         AmberTools version 18
* gromacs    2019       Gromacs version 2019
  gromacs    2019-cuda  Gromacs version 2019 with CUDA support
* obabel     2.4.1      Open Babel version 2.4.1
  vina       1.1.2      AutoDock Vina and selected AutoDock Tools
%

已安装的软件包用星号标出。

安装软件包:

% pinda install ambertools 18
%

卸载软件包:

% pinda uninstall obabel 2.4.1
%

有关软件包的详细信息:

% pinda info ambertools 18

AmberTools version 18

This pinda distribution provides the following commands:

    "sander"      : the Amber/Ambertools "sander" command
    "amber-shell" : drops you into a bash shell from which all other
                    AmberTools commands are accessible (e.g. tleap).

For full license and usage information, please visit http://ambermd.org

%

限制:

您需要在计算机上安装Docker。应用程序的容器化版本可以 只有“see”文件位于从中调用的命令目录或其子目录中,例如:

% gmx mdrun -s bpti.tpr # This is fine
% gmx mdrun -s ../bpti.tpr # This won't work

作者:

查理·劳顿charles.laughton@nottingham.ac.uk

许可证:

BSD 3条款

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