pyopossum3 0.2

安装

安装包的最简单方法是通过easy_install或pip：

$ easy_install pyopossum3

依赖关系

• SQLAlchemy
• PyMySQL或任何其他SQLAlchemy-compatible MySQL connector。

用法

用法示例如下：

>>> from pyopossum3 import Opossum
>>> o = Opossum("mysql+pymysql://opossum_r:@opossum.cmmt.ubc.ca/oPOSSUM3_human")
>>> o.ConservedTfbs.query.first().gene
>>> o.ExternalGeneId.query.filter(o.ExternalGeneId.external_id.in_(['TSPAN6'])).filter(o.ExternalGeneId.gene.has(chr='X')).first().gene
... etc ...

第二行创建到负鼠服务器的连接，第三/第四行使用sqlalchemy语法查询conserved_tfbss和external_gene_ids表。

当然，对于繁重的分析，建议您建立自己的数据库副本。 有关如何下载数据的说明，请参见here。

您可以通过运行以下命令来了解数据库的结构：

>>> for cls in o.all_orm_classes:
>>>    print cls.query.first()

您可能应该关心的主表是ConservedTfbs，它包含每个基因附近的匹配项，并用匹配分数和保存级别进行注释。

使用ucscgenome包验证tfbs序列是否确实正确的示例：

>>> c = o.ConservedTfbs.query.filter(o.ConservedTfbs.strand==1).first()
>>> c.gene.chr, c.absolute_start, c.absolute_end, c.seq
('X', 99890235L, 99890253L, 'AGAAACATTGCATACTGC')
>>> from ucscgenome import Genome
>>> g = Genome('hg19')
>>> g['chrX'][99890235:99890253]
'AGAAACATTGCATACTGC'

注

此软件包的作者与负鼠工具的创建者和维护者无关。

另请参见

• 在github上报告问题并提交修复：https://github.com/konstantint/pyopossum3