omero-mapr 0.3

用户编辑的地图注释

使用“关键字值”面板中的WebClient或Insight添加的映射批注 使用特定的“客户端”命名空间。因此，我们可以将omero.mapr配置为搜索 对于这些使用命名空间openmicroscopy.org/omero/client/mapAnnotation的注释。 例如，要搜索“主要抗体”或“次要抗体”值，可以添加：

$ bin/omero config append omero.web.mapr.config '{"menu": "antibody", "config":{"default":["Primary Antibody"], "all":["Primary Antibody", "Secondary Antibody"], "ns":["openmicroscopy.org/omero/client/mapAnnotation"], "label":"Antibody"}}'

我们可以在webclient页面的顶部添加一个“抗体”链接，将我们带到抗体搜索页面。 链接工具提示是“查找抗体值”。 viewname的格式应为maprindex_{menu}，其中{menu}是上一个配置中的menu值。

$ bin/omero config append omero.web.ui.top_links '["Antibodies", {"viewname": "maprindex_antibody"}, {"title": "Find Antibody values"}]'

重新启动Web后，我们现在可以搜索抗体：

我们还可以指定一个空键列表来搜索any值。

$ bin/omero config append omero.web.mapr.config '{"menu": "anyvalue", "config":{"default":["Any Value"], "all":[], "ns":["openmicroscopy.org/omero/client/mapAnnotation"], "label":"Any"}}'

# Top link
$ bin/omero config append omero.web.ui.top_links '["Any Value", {"viewname": "maprindex_anyvalue"}, {"title": "Find Any Value"}]'

重新启动Web后，我们现在可以搜索任何值，如“incenp”：

其他地图注释

在本例中，我们要搜索 用于命名空间openmicroscopy.org/mapr/gene的映射批注搜索 在Gene Symbol和Gene Identifier键下的属性。

$ bin/omero config append omero.web.mapr.config '{"menu": "gene","config": {"default": ["Gene Symbol"],"all": ["Gene Symbol", "Gene Identifier"],"ns": ["openmicroscopy.org/mapr/gene"],"label": "Gene"}}'

现在添加一个顶部链接Genes和工具提示Find Gene annotations，它将带我们进入gene搜索页面。query_string参数被添加到url中，使用"experimenter": -1 指定我们要搜索所有用户。

$ bin/omero config append omero.web.ui.top_links '["Genes", {"viewname": "maprindex_gene", "query_string": {"experimenter": -1}}, {"title": "Find Gene annotations"}]'

最后，我们可以将地图批注添加到屏幕中的图像->；板->；嗯 或项目->；数据集->；图像层次结构。 此代码使用omeroPython API来 添加与上述配置对应的地图注释：

key_value_data = [["Gene Identifier","ENSG00000117399"],
                  ["Gene Identifier URL", "http://www.ensembl.org/id/ENSG00000117399"],
                  ["Gene Symbol","CDC20"]]
map_ann = omero.gateway.MapAnnotationWrapper(conn)
map_ann.setValue(key_value_data)
map_ann.setNs("openmicroscopy.org/mapr/gene")
map_ann.save()
image = conn.getObject('Image', 2917)
image.linkAnnotation(map_ann)

现在像往常一样重新启动omero.web以使上述配置生效。 现在您应该可以浏览到Genes页面并搜索 CDC20或ENSG00000117399。

许可证

MAPR在AGPL下发布。

版权

2016年，开放显微镜环境