Python mcmc_专题 - Python中文网

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关于mcmc 相关联的Python项目和问题：

在pym中定义多维随机变量的不同界限

我在定义多维随机变量的边界时遇到了一个问题。这里有一个假例子来解释我的问题。你知道吗如果我想在[0100]之间有一个三维离散的统一体 import pymc as mc from numpy im ...

2024-04-25 已阅读: n次

我应该重复打开/关闭文件还是将其打开一段时间（大约1周）？

我正在为马尔可夫链蒙特卡罗反演程序实现数据收集。然而，MCMC的运行可能需要一周或更长时间才能完成！在运行开始时打开文件是否更好： with h5py.File('my_data.hdf5', 'r+ ...

2024-04-25 已阅读: n次

PyMC2和PyMC3给出了不同的结果。。。？

我试图让一个简单的PyMC2模型在PyMC3中工作。我已经运行了模型，但是模型给出了非常不同的变量映射估计。这是我的PyMC2型号： import pymc theta = pymc.Normal(' ...

2024-04-25 已阅读: n次

为什么回火mcmc配合不好？

我尝试使用parallel-tempered mcmc将简单的直线y=mx+c类型与一些合成数据相匹配。我的目标是能够理解如何使用它，以便以后可以应用于一些更复杂的模型。我尝试的例子是一个简单的主持人 ...

2024-04-25 已阅读: n次

PyMC中的地图出现意外错误

我不明白为什么MAP会给出错误，因为MCMC在同一场景中工作正常？我在下面写代码的相关部分。你知道吗 tau = Uniform('tau', lower=0.01, upper=5, doc='t ...

2024-04-25 已阅读: n次

如何在tensorflowprobability中为HMC采样器提供自定义梯度？

我正在尝试使用内置的tensorflow概率HMC采样器从后验数据生成样本。根据documentation，似乎必须提供target_log_prob_fn后可调用的（可能未标准化）对数密度，tens ...

2024-04-25 已阅读: n次

如何使用GPflow从多个链中采样？

我最近开始使用gpflow构建GP模型。我用一个哈密顿蒙特卡罗方法，用一条单链对后面的物体进行采样我的目标是运行多个链并执行收敛诊断这是我为一条链设置的： num_burnin_steps = c ...

2024-04-25 已阅读: n次

开始使用PYMC进行线性回归

我想从这个例子开始： http://www.databozo.com/2014/01/17/Exploring_PyMC3.html 但是，当我精确地使用pymc2.3时，我得到了一个退出，并告知AP ...

2024-04-25 已阅读: n次

Bayesian协方差预测与PyMC

给出了一个贝叶斯估计矩阵，试图提供一些协方差矩阵。我大致上遵循了这个在线指南（link here）中提供的股票协方差示例，但是我有一个更简单的示例模型，我构建了这个模型。我从多元正态分布中得到了两个值 ...

2024-04-25 已阅读: n次

变化分布的蒙特卡罗模拟

我正在进行蒙特卡罗模拟实验，我发现了一个有趣的问题。假设我们使用正态分布生成随机值圣德夫=2，平均值=生成的最后一个值（马尔可夫过程），我们从值5开始，但每次生成大于9的值时，我们就开始使用第二个正态 ...

2024-04-25 已阅读: n次

如何修复“TypeError:hasattr（）：属性名必须是字符串”错误？

我有以下代码： import pymc as pm from matplotlib import pyplot as plt from pymc.Matplot import plot as mcpl ...

2024-04-25 已阅读: n次

python3.5pymc抑制进程显示

在python3.5中的pymc版本“2.3.6”上我正在尝试取消运行MCMC时给出的进度更新： observation = pymc.Poisson('obs', lambda_, value= ...

2024-04-25 已阅读: n次

cosmoHammer

一种用MCMC锤子估算宇宙参数的方法。图片：：https://badge.fury.io/py/cosmohammer.png：目标：http://badge.fury.io/py/cosmohamm ...

2024-04-25 已阅读: n次

pymcmc

马尔可夫链蒙特卡罗（MCMC）估计为贝叶斯分析中面临的复杂集成问题统计问题。MCMC算法的实现是，但是，代码密集且耗时。我们开发了一个 python包，称为pymcmc，有助于构造有助于大大降 ...

2024-04-25 已阅读: n次

linfit

mcmc线性回归此包Python名称：linfit 目前版本： linfit 1.0.6 最后维护时间：May 1, 2017 ...

2024-04-25 已阅读: n次

MarkovEquClasses

该软件包提供了通过可逆mcmc从有向无环图的markov等价类的空间中采样，以及计算和探索这些类的大小的功能。示例： pip安装markovequclases 从MarkoveQuClasses导入 ...

2024-04-25 已阅读: n次

MetEvolSim

气象模拟致力于代谢浓度进化的python包 metevolsim是一个python包，提供了研究代谢浓度长期演变的数值工具。 MetEvolSim作为一个输入任何SBML代谢网络模型 ...

2024-04-25 已阅读: n次

cobmcmc

即将推出 ...

2024-04-25 已阅读: n次

exoplanet

系外行星 exoplanet是过境和/或径向速度观测 exoplanets和其他使用PyMC3的天文时间序列。pymc3是一种灵活高效的建 ...

2024-04-25 已阅读: n次

mcsample

mcsample: MCMC Sample low level python tools ...

2024-04-25 已阅读: n次

pcat

从元模型中抽取样本的跨维、分层和贝叶斯mcmc采样器此包Python名称：pcat 目前版本： pcat 0.1 最后维护时间：D ...

2024-04-25 已阅读: n次

mcmcAllotter

这是一个基于"An MCMC Based Course to Teaching Assistant Allocation", S. Kumar, S. Moothedath, P. Chaporkar ...

2024-04-25 已阅读: n次

bmcmc

用于贝叶斯数据分析的mcmc包 bmcmc是一个通用的mcmc包，应该是用于贝叶斯数据分析。IT 使用自适应方案自动调整提案分发。它也能处理层次贝叶斯模型吉布斯计划内的大都会。作者桑吉布 ...

2024-04-25 已阅读: n次

modefit

Simple minuit<->mcmc fitting tools. ...

2024-04-25 已阅读: n次

distributions

#分布 [！[生成状态]（https://travis-ci.org/posterior/distributions.svg?branch=master)](https://travis-ci.org ...

2024-04-25 已阅读: n次

pyGTC

什么是巨大的三角形confusogram？一个巨大的三角形Confusogram（GTC，又称三角形图）是一种显示蒙特卡罗-马尔可夫链（MCMC）抽样或类似抽样的结果分析。（有关MCMC分析的讨 ...

2024-04-25 已阅读: n次

bananaplots

从多个多维点数据集制作香蕉图的简单工具。这里的香蕉指的是数据集的两个特征投影轮廓的通常形状。请参见图库以查看图形化动机。我们想要一个工具来驱动matplotlib。声明的。用高斯混合模型对点的 ...

2024-04-25 已阅读: n次

emcee

仿射不变mcmc的python集成采样工具包 emcee是一个稳定的、经过良好测试的python仿射不变量的实现。马尔可夫链蒙特卡罗（MCMC）的集成采样器提出的 Goodman &a ...

2024-04-25 已阅读: n次

multichain_mcmc

一个基于pymc的多链mcmc算法的简单框架。 Contains working implementations of: DREAM/DREAM_ZS sampler : multichain_ ...

2024-04-25 已阅读: n次

prism

使用棱镜的模型色散；用于快速分析模型的mcmc的替代品 prism是一个纯python 3包，为mcmc分析科学模型提供了一种替代方法。 ...

2024-04-25 已阅读: n次

pyjags

pyjags为jags提供了一个python接口，jags是一个用于分析bayesian的程序采用马尔可夫链蒙特卡罗（mcmc）模拟的层次模型。许可证：gplv2 安装 pip install ...

2024-04-25 已阅读: n次

pymcmcstat

pymcmcstat pymcmcstat包是一个运行Markov-Chain-Monte Carlo（MCMC）模拟的Python程序。此软件包中包括使用不同的基于metropolis的采样技 ...

2024-04-25 已阅读: n次