我有以下代码:
import pymc as pm
from matplotlib import pyplot as plt
from pymc.Matplot import plot as mcplot
import numpy as np
from matplotlib import rc
res = [18.752, 12.450, 11.832]
v = pm.Uniform('v', 0, 20)
errors = pm.Uniform('errors', 0, 100, size = 3)
taus = 1/(errors ** 2)
mydist = pm.Normal('mydist', mu = v, tau = taus, value = res, observed = True)
model=pm.Model([mydist, errors, taus, v, res])
mcmc=pm.MCMC(model) # This is line 19 where the TypeError originates
mcmc.sample(20000,10000)
mcplot(mcmc.trace('mydist'))
由于某些原因它不起作用,我得到了“TypeError:hasattr():attribute name must be string”错误,跟踪如下:
^{pr2}$如何使其工作并输出“mydist”?在
编辑:我一开始无意中贴错了踪迹。在
编辑2:这一切一定是因为res没有名字,因为它是一个数组,但我不知道如何给它赋值,所以它能让它工作。在
您只需将
res
定义为numpy数组:然后您将得到一个错误
mcmc.trace('mydist')
,因为mydist
是观察数据,因此没有采样。你可能需要绘制其他变量。。。在我必须承认,我不熟悉pymc,但将其更改为以下内容至少可以使应用程序运行:
这似乎是因为您将所有内容包装在一个模型中,该模型是
ObjectContainer
的扩展,但是由于您向它传递了一个列表,MCMCfile_items
in容器.py试图使用replace
将列表中的索引4
分配给某个对象,但是由于Model
是一个ObjectContainer
,它在它的__dict__
中分配了一个键4
,这导致了你得到的奇怪的TypeError
。移除包装Model
导致MCMC
正确使用ListContainer
。在现在,模型.py在line 543上,其中可观察的随机性没有存储在数据库中-表达式是},否则最后一行将抛出
for object in self.stochastics | self.deterministics:
,但我怀疑它也应该包括self.observable_stochastics
,所以我需要将observable
改为{KeyError
。在我对pymc不太熟悉,无法确定它是实际的还是bug还是期望的行为,所以我把它留给您提交一个关于它的issue。在
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