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关于uniprot 相关联的Python项目和问题：
最新问答
现在我正在为我的生物信息学论文制作一个用于后处理的python代码表，为此我创建了一个表，其中包含蛋白质a、蛋白质B和uniprot身份证明人使用这个uniprot id，我必须确定哪个是蛋白质A和B ...
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我有一个目录，其中包含以下结构的文件
A2ML1_A8K2U0_MutationOutput.txt
A4GALT_Q9NPC4_MutationOutput.txt
A4GNT_Q9UNA3_Mut ...
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我有两个数据集。其中一个包含16169行乘5列，我想用相应的名称替换其中一列。这些对应的名字来自另一个数据集。你知道吗
例如：
UniProtID NAME
Q15173 PPP2R5B ...
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我被困在这条路，我需要用它来获得一些围棋条款。作为一个例子，我们可以看看这个webpage。我想从表的进程部分得到一个包含所有GO标识符的列表。我遇到的第一个问题是，表的“进程”、“函数”和“组件”部 ...
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我有一组文本文件，例如https://www.uniprot.org/uniprot/A0R4Q6.txt
我正在尝试编写一个函数，该函数将UniProt ID作为输入，然后以以下格式输出一个数据帧（ ...
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我试图通过BLAST解析几十个序列，使用生物。爆炸在Python2.7中使用NCBIWWW。一个或几个序列没有问题，但是NCBIWWW.qblast（）总是在大约5-7次迭代的BLAST搜索之后停止。 ...
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我有一个脚本，它获取查询id的列表文件，并从uniprot中提取有机体和序列，代码运行得很好，但是速度很慢。我想通过它处理大约400万个序列，但解析100个序列大约需要5分钟：
real 5m3 ...
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我有很长的蛋白质序列需要写入文件。在写入文件或打印时，它保留省略号（…）并截断字符串
[[SeqRecord(seq=Seq('MSDQDHSMDEMTAVVKIEKGVGGNNGGNGNGGGAFS ...
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我有一份数据清单，格式如下：
[(id\__1_, description, id\_type), (id\__2_, description, id\_type), ... , (id\__n_, ...
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这个link允许我从数据库中获取一个随机项。但是，我想使用Python自动检索项目。这是我的密码：
import sys
from urllib.parse import urlencode
from ...
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我试图在Flask中链接一个url，但找不到解决问题的方法。我的想法是根据我网页上给出的参数在UniProt中搜索一种蛋白质。例如：
@app.route('/http.html')
def http ...
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我在文件中有以下格式的数据：
<http://purl.uniprot.org/here> <http://purl.uniprot.org/here/unipot/pu ...
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最新项目
uniprot提供了一个命令行和python接口来访问
Uniprot数据库
可用服务：地图、检索
map使用uniprots将id列表从一种格式映射到另一种格式
映射API
Args:
qu ...
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将uniprot、hgnc和ensembl转录本id转换为entrez基因id。同时，将登录号转换为分类法id
此包Python名称：pyEntrezId
...
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ftpflow是一个python包，用于最佳地遍历非常大的ftp目录树。
下面是ftpflow遍历Uniprot生物信息学数据库的示例：
from FTPflow.runwalker import F ...
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用于在各种基因ID之间转换的工具。
安装
$ pip install gene_map
用法
$ gene_map --help
Usage: gene_map [OPTIONS]
M ...
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文档位于http://github.com/boscoh/uniprot ...
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genepidgin是一套帮助评估和分配基因产品名称的工具。有三个主要组件：
genepidgin *cleaner*
根据uniprot命名指南标准化基因名称
genepidgin *compar ...
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#uniprotmapper一个小程序包，用于通过uniprot的联机api运行映射请求。我们可以：```$pip install uniprotmapper```“format”：“tab”}myq ...
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使用biomart web服务的python api。
它将做什么：
显示biomart服务器的所有数据库
显示Biomart数据库的所有数据集
显示biomart数据集的属性和筛选器
以pyth ...
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uniprot_fasta_解析器
用纯python编写的uniprot fasta解析器。
开发设置
创建一个venv：
python -m venv venv
激活它：
source ...
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将UniProt转换为BEL
安装
bio2bel_uniprot可以通过PyPI轻松安装
您最喜欢的终端中的以下代码：
$ python3 -m pip install bio2bel_unipr ...
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将一组空格分隔的条目从一种格式映射到
另一个使用uniprots映射api
Args:
query: to be mapped
f: from ACC | P_ENTREZGENEID ...
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支持的数据库
pyuniprot
使用
sqlalchemy
覆盖广泛的rdms
（关系数据库管理系统）。为了获得最佳性能，建议使用mys ...
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#生物废料
用python编程与远程数据库交互的web scraper
使用sqlite3对web数据进行本地缓存，以防止过多的web
交通。
到目前为止，已实现：
[uniprot]（http:/ ...
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蛋白质组
一个简单的python库，用于处理uniprot，universal protein resource。
安装
pip install proteo
用法
from proteo.unip ...
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gnu健康遗传学uniprot数据
此包Python名称：gnuhealth-genetics-uniprot
目前版本： gnuhealth-ge ...
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