我有很长的蛋白质序列需要写入文件。在写入文件或打印时,它保留省略号(…)并截断字符串
[[SeqRecord(seq=Seq('MSDQDHSMDEMTAVVKIEKGVGGNNGGNGNGGGAFSQARSSSTGSSSSTGGGGQ...NGF'), id='sp|P08047|SP1_HUMAN', name='sp|P08047|SP1_HUMAN', description='sp|P08047|SP1_HUMAN Transcription factor Sp1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=SP1 PE=1 SV=3', dbxrefs=[])],
在这里,在将其写入文件之前,我已将其键入字符串。也许这就是问题所在,但它必须是字符串格式才能写入文件
for idx,id in enumerate(ids):
baseUrl="http://www.uniprot.org/uniprot/"
currentUrl=baseUrl+id+".fasta"
response = r.post(currentUrl)
cData=''.join(response.text)
Seq=StringIO(cData)
pSeq=list(SeqIO.parse(Seq,'fasta'))
all_sequences.append(pSeq)
# write results in the file
f = open( 'oGlcNAo_sequences_.txt', 'a' )
f.write(str(pSeq))
sleep(0.05) # Time in second
if idx%100 ==0:
print("Working on ID: "+str(idx)+'--'+ id)
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