uniprot.org/mapping的简单接口
uniprot_mapper的Python项目详细描述
将一组空格分隔的条目从一种格式映射到 另一个使用uniprots映射api
Args:
query: to be mapped
f: from ACC | P_ENTREZGENEID | ...
t: to ...
format: tab by default
Help:
for a list of all possible mappings visit
'http://www.uniprot.org/faq/28'
安装
来自pypi（推荐）
pip install uniprot_mapper
从源（Unix）独立
克隆git存储库
git clone https://github.com/jdrudolph/uniprot_mapper.git
使脚本可执行并将其添加到您的PATH：
chmod +x uniprot_mapper/uniprot_mapper/uniprot_mapper.py cd /usr/local/bin sudo ln -s /path/to/uniprot_mapper.py .
示例
独立
uniprot_mapper.py ACC P_ENTREZGENEID acc_file map_file
这将从acc_file和 将它们存储到map_file。
使用管道：
echo P31749 | uniprot_mapper.py ACC P_ENTREZGENEID
将结果打印到stdout，可以进一步重定向
在python脚本中
import uniprot_mapper as mapper
print mapper.map('P31749')
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