从网站上搜集生物数据
bioscraping的Python项目详细描述
#生物废料
用python编程与远程数据库交互的web scraper 使用sqlite3对web数据进行本地缓存，以防止过多的web 交通。
到目前为止，已实现：
- [uniprot]（http://uniprot.org）由uniprot蛋白id（例如'q8bp71'）
- [公共医疗]（www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/）按PMID（例如“24213538”）分类
#安装
##python 2.7.x和3.x pip安装bioscraping
#测试
没有真正的单元测试，但是您可以使用 python test/not_a_real_test.py。
#用法
- 出版
来自Bioscraping Import PubMedClient
pubmed=pubmedclient（）
默认情况下，将编写名为.bioscraping.pubmed.sqlite.db的文件。使用pubmedclient（“：memory:”）存储内存中的数据。
pubmed.fetch(<PMID>)
返回pmid的带author和abstract的文本。
##uniprot
from bioscraping import UniprotClient
uniprot = UniprotClient()
默认情况下是编写名为的文件。bioscraping.uniprot.sqlite.db。使用uniprotclient（“：memory:”）进行内存数据存储。
uniprot.fetch(<Uniprot ID>)
返回从XML解析的数据字典。
#买家当心
uniprotclient有一个潜在的竞争条件，tempfile需要 在对并发进程安全之前实现。（请参阅待办事项）
欢迎加入QQ群-->： 979659372
