定义一个计算氨基酸相对频率的函数

Question

我在计算给定DNA序列中的密码子频率。

例如：

sequence = 'ATGAAGAAA'
codons = ['ATG', 'AAG', 'AAA']

对于密码子中的XX：

frequency  = codons.count(XX)/(codons.count(XX)+codons.count(XX2)+codons.count(XX3))

请注意，XX2和XX3并不总是按顺序排列的。有些密码子可能有也可能没有多个密码子。

示例：赖氨酸有2个密码子，AAA和AAG

所以

AAA = codons.count('AAA')/(codons.count('AAA') + codons.count('AAG'))

我怎么能对名单上的每一个密码子都这么做？如何解释多个密码子？