Mapp 0.1.0

先决条件

您必须安装：

• python 2.7版
• MAPP program。
• 可选择下载fasta database （或者可以远程使用hmmer或blast程序）。
• 安装序列搜索程序。推荐使用HMMER。 或者可以下载BLAST。
• 安装多序列比对程序（推荐使用MAFFT）。
• 安装系统发育树构建程序（推荐使用FastTree）。
• 安装Biopython包（如果要使用文件转换工具）。

设置文件

对于mapp分析，需要设置文件（语法为python ConfigParser）。

设置文件包含命令和命令的输入/输出。 一个命令应该是一个基本的shell命令（不允许使用分号等）。

设置文件可以很容易地由另一个脚本创建，然后很容易运行 同时进行多重MAPP分析。

settings.conf所需的基本和最小结构是：

[commands]
#id used for name of analysis
id=
#sequence file in fasta format
sequence =
#output file from blast or hmmer program
blastout =
#file where programs store stats about sequence picking
blaststat =
# blast command to run
blast =
# input file for multiple sequence aligning program (same as blast output)
msain = %(blastout)s
# msa program output file
msaout =
# this command is executed before msa program is executed
# (it could be for blast output conversion and purifying)
beforemsa =
# msa program command
msa =
# tree program input file (converted msaout file to newick format)
treein =
# tree program output file
treeout =
# this command is executed before the tree program
beforetree =
# tree program command
tree =
# mapp program input msa file (in fasta format - could be the same as msaout value)
mappinmsa =
# mapp program input tree file (in newick format)
mappintree =
# mapp program output file
mappout =
# command before the mapp command (good for e.g. adjust tree to proper newick format)
# MAPP is really sensitive to proper file format
beforemapp =
# MAPP command itself
mapp = java -jar MAPP.jar -f %(mappinmsa)s -t %(mappintree)s -o %(mappout)s

python程序中的基本用法

基本python代码：

from mapp.core.analyzers import Analyzer
from mapp.core.parsers import SettingsParser
from mapp.core.exceptions import MappError

settings_file = 'settings.conf'

def main():
    try:
        mapp = Analyzer(SettingsParser(settings_file))
        mapp.exec_mapp()
    except MappError as e:
        print(e.header)
        print(e.description)

if __name__ == '__main__':
    main()

帮助程序文件

在mapp.utils包中，有一些文件可以用作独立脚本或模块。这个文件主要用于文件转换和净化。