肌肉多序列比对与Biopython？

Question

我刚刚学会了使用python（和Biopython），所以这个问题可能说明我缺乏经验。在

为了对文件中的序列执行MSA(法斯塔文件)，我使用以下代码：

from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
inp = 'FileA.fasta'
outp = 'FileB.fasta'
cline = MuscleCommandline(input=inp, out=outp)
cline()

我得到以下错误：

^{pr2}$

我知道这与可执行文件不在我的工作路径中有关。Biopython教程建议我更新路径以包括肌肉工具的位置，它为Windows提供了一个例子，但我不知道如何在MAC上实现这一点。在

请帮忙。在

谢谢。在

Answer 1

首先确保您知道您在哪里安装了muscle。例如，如果在以下位置安装了肌肉：

/usr/bin/muscle3.8.31_i86darwin64

然后您edit ^{}与：

^{pr2}$

每个条目用换行符分隔：

/usr/local/bin
/bin
/usr/sbin
/sbin

将适当的路径（在本例中/usr/bin）添加到列表中。用^{}保存

现在，确保muscle在您的路径上。试着跑

muscle -in FileA.fasta -out FileB.fasta

如果这是可行的，那么BioPython代码也应该起作用。在