Python 残基_专题 - Python中文网

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关于残基相关联的Python项目和问题：

从单蛋白和特异性残基中提取13肽序列

我有一个单蛋白的列表，其中有一个相应的感兴趣的残基（例如Q7TQ48\u48S442）。我需要检索蛋白质序列中特定位点周围的+/-6残基（在本例中，我需要的序列是diaeaSEERQQE）。你能用 ...

2024-05-15 已阅读: n次

如何在python scikit-learn-random-fors中使用伪变量表示分类数据

我正在为scikit-learn的随机森林分类器生成特征向量。特征向量代表9个蛋白质氨基酸残基的名称。有20个可能的残留物名称。所以，我使用20个伪变量来表示一个留数名，对于9个留数，我有180个伪变 ...

2024-05-15 已阅读: n次

使用python从pdb文件中删除部件

我有一个pdb文件(输入.pdb)我想从文件中删除一些特定的部分，在没有这个部分的情况下写回去(输出.pdb), 例如，阅读(输入.pdb)从链H残基92移到链H残余物105，然后写入文件的其余部分( ...

2024-05-15 已阅读: n次

基于缩放有选择地显示Bokeh图中的文本

我正在用博凯绘制一些生物序列数据。图的一部分包括在x轴上方显示一些文本（氨基酸残基），与轴上的数字对齐。当用户放大时，他们就可以检查伴随数据的氨基酸序列（用单个字母表示）。然而，当缩小时，这些字母会合 ...

2024-05-15 已阅读: n次

文件中的字典只显示最后一个lin

我有一个994行7列的.txt文件。第二列得到了与第三列上的残基相互作用的蛋白质残基的名称。右边剩下的是分数（前两个不重要）。你知道吗我试图把它变成一个字典，第二列的元素作为键，其余的元素作为键值。 ...

2024-05-15 已阅读: n次

如何在matplotlib中复制gnuplot的伪3D图，以便随着时间的推移分配蛋白质的二级结构？

我试图用matplotlib复制一个在gnuplot中创建的绘图。gnuplot（下面）使用的绘图类型称为伪3D绘图。你知道吗这显示的是随着时间的推移，肽/蛋白质的每个残基的二级结构分配。所以，在 ...

2024-05-15 已阅读: n次

在Pym中如何表示残基之间的距离

使用this PDB file和以下PyMOL代码： cd /Users/foo/Desktop/ reinitialize load pdp_4gg6CD1_I.pdb as cartoon se ...

2024-05-15 已阅读: n次

Pymol:使用命令颜色特定链上的残留物命令

我不能只给Pymol中的一个特定链的残基着色。抱歉，这似乎是一个清晰的初学者问题。你知道吗到目前为止，我只能对所有链上具有特定值（例如141）的所有残留物着色。你知道吗 #I want to col ...

2024-05-15 已阅读: n次

如何绘制蛋白质二级结构图标

我试图在这个link中得到一个像图a一样的图形。我唯一不能成功的就是链接中图A顶部的图标。我不知道如何得到这些图标（阿尔法螺旋，贝塔表和线圈）。我使用的输入文件是here。输入文件的第一列（图的x轴） ...

2024-05-15 已阅读: n次

如何在pdb文件中添加链、残基和原子？

我想用OpenMM添加一个包含所有残基和每个残基一个碳α原子的链。这里可以使用实例的链接openMM documentation。目前，我的pdb文件pdb file中有一个链。以下是我尝试过的： ...

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在python中修改字符列表

我有一个创建序列文件的程序。你知道吗 input=['ARIMALTHNAEYSDSFTAL','ARIMFLTHNFEYSESFTAL','AHIMNPTENAEYHESFTAL','AHIMNPT ...

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蛋白质序列编码

我正在编写一个python程序来计算一组字符串（蛋白质序列）的变异残基和位置的数字编码，存储在fasta格式的文件中，每个蛋白质序列用逗号隔开。我想找出变异的位置和序列。在我的fasta文件如下： ...

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thoipap

Thoippy 跨膜同二聚体界面预测算法（thoipa）是一种用于蛋白质相互作用分析的机器学习方法。 Thoipa仅从进化序列信息预测TM同二聚体界面残基。 thoipa的设计是为了补充实验方法， ...

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proteinko

proteinko proteinko用于模拟蛋白质。 About Installation Usage 关于蛋白质是一系列氨基酸残基，每一个残基的特征是物理和化学性质。通过模拟单个氨基 ...

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privileged-residues

特权残基特权残基包含将残基放置在可添加到rif的目标蛋白质表面上的方法。免费软件：apache软件许可证2.0 文档：https://privileged-residues.readt ...

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shiftcrypt

安装 shiftcrypt只在linux机器上测试过。它可能需要额外的安装步骤才能在其他操作系统上工作。如果您需要支持，请联系gabriele.orlando@vub.be或wim.vranken@v ...

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gecos

多序列比对通常通过将根据某种性质的符号。例如，氨基酸的配色方案可以使用一种颜色疏水性残基，带正电残基的另一种颜色等等。通常，这样的配色方案是由有经验的人手工创建的他们知道氨基酸的特性，所 ...

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optimalprobes

优化探针是基于分子动力学模拟数据集预测光谱实验最佳选择的软件包。我们的设计方法基于以下两个标准：（1）光谱实验的一组理想残基对应捕捉蛋白质动力学中观察到的最慢构象变化过程，和（2）任何两组残基对应描 ...

2024-05-15 已阅读: n次

curp

curp允许计算蛋白质中能量或热量的剩余流和原子应力张量，给定通过分子动力学（md）获得的原子坐标和速度轨迹。能量流数据允许将剩余能量交换网络描绘成一个图形。在生理条件下热波动的蛋白质分子中，紧密堆 ...

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seqPlot

==>使用彩色框绘制多序列比对（MSA）的多序列比对（MSA）的绘图概览图。ා355; ţ355; ţţţţ355; 355; 355; 355; 355; 355;ţ355;ţţţţţţţţţ355 ...

2024-05-15 已阅读: n次

pdb-tools

PDB工具一种瑞士军刀，用于操作和编辑PDB文件正在寻找其他pdb工具？ harms实验室维护了一组工具，也称为pdbtools，它们执行功能集略有不同你可以找到他们。关于操作pd ...

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scafold

统计耦合分析方法的python实现。当前项目使用聚类方法来识别功能相关残基。分析结果通过直观互动的可视化效果，包括热图、3D散点图绘图和结构映射。 ...

2024-05-15 已阅读: n次

ssrviz

摘要同源蛋白质可分为蛋白质家族。一个家庭的成员有相似的结构和顺序。尽管它们固有的相似性，但同一家族的个体成员可以采用非常特殊的功能，从而进一步划分为亚家族。这些功能上的差异通常可以分配给特定的残基。 ...

2024-05-15 已阅读: n次

napa

蛋白质适应的网络分析 napa软件包进行蛋白质内残留协同进化网络的构建和分析。软件包支持两种输入类型：同源蛋白质序列（功能相关）的fasta比对（功能相关的）同源蛋白质序列和系统发育树集成 ...

2024-05-15 已阅读: n次

Python 残基

关于残基 相关联的Python项目和问题：

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