分子动力学轨迹中蛋白质残基间电流的计算
curp的Python项目详细描述
curp允许计算蛋白质中能量或热量的剩余流和原子应力张量，给定通过分子动力学（md）获得的原子坐标和速度轨迹。能量流数据允许将剩余能量交换网络描绘成一个图形。
在生理条件下热波动的蛋白质分子中，紧密堆积的氨基酸残基通过热量和能量交换相互作用。利用基于“局部热导率”的理论模型对蛋白质中的非均匀热流进行了描述和表征。该模型显示了pdz域{a1}中的“隐藏动态变构”和fixl{a2}氧传感器域中的变构转变的特征。
官方网站和教程可以在http://www.comp-biophys.com/yamato-lab/curp.html找到。
安装
curp要求python2.7和numpy一起工作。python3的兼容性尚未实现。 您可以安装pythonhere，或anacondathere。
要安装curp，请运行
pip install Curp
或者你最喜欢的python包管理器，比如conda或pipenv。 您可以通过运行获取curp源代码
git clone https://gitlab.com/yamato97/current-calculations-for-proteins.git
然后，转到installed目录并使用
pip install .
开发
new branchs只能从development branch创建，但修补程序除外。同样的规则也适用于合并。然后将开发分支合并到master，请参见A successful Git branching model。
提交消息应遵循以下规则：
- Separate subject from body with a blank line
- Limit the subject line to 50 characters
- Capitalize the subject line
- Do not end the subject line with a period
- Use the imperative mood in the subject line
- Wrap the body at 72 characters
- Use the body to explain what and why vs. how
例如：
Derezz the master control program MCP turned out to be evil and had become intent on world domination. This commit throws Tron's disc into MCP (causing its deresolution) and turns it back into a chess game.
这些规则、示例和更多解释可以在chris beams的How to Write a Git Commit Message文章中找到。
新类和函数应该始终用docstring编写。docstring遵循numpydoc的规则，如numpydoc docstring guide所述。
测试单元使用nose，尽管测试尚未正确配置。
参考文献
| [1] | Ishikura, T.; Iwata, Y.; Hatano, T.; Yamato, T. Energy exchange network of inter-residue interactions within a thermally fluctuating protein molecule: A computational study. J. Comput. Chem.2015, 36:1709-1718 [CrossRef1] |
| [2] | Ota, T.; Yamato, T. Energy Exchange Network Model Demonstrates Protein Allosteric Transition: An Application to an Oxygen Sensor Protein. J. Phys. Chem. B2019, 123:768-775 [CrossRef2] |
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