用于优化探测的python命令行应用程序。
optimalprobes的Python项目详细描述
优化探针是基于分子动力学模拟数据集预测光谱实验最佳选择的软件包。
我们的设计方法基于以下两个标准：（1）光谱实验的一组理想残基对应捕捉蛋白质动力学中观察到的最慢构象变化过程，和（2）任何两组残基对应描述正交构象变化过程，以最大化总体信息增益并减少探测残差对的数目。
安装
您可以使用pip：
pipinstalloptimalprobes
或者，您可以直接从github repo安装：
gitclonehttps://github.com/shuklagroup/optimalprobes.gitcdoptimalprobes&&gitcheckout0.1.0pythonsetup.pyinstall
依赖关系
- Python2.7.11
- 纽比1.10.4
- MDTRAJ 1.7.2
- MSMBuilder 3.4.0
- 鱼鹰1.0.0.dev0
引用
如果您在研究中使用最佳探针，请引用：
@article{optimalprobes,doi={10.1021/acs.jpcb.7b04785},url={https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.7b04785},year={2017},month={aug},publisher={AmericanChemicalSociety({ACS})},volume={121},number={42},pages={9761--9770},author={ShriyaaMittalandDiwakarShukla},title={PredictingOptimal{DEER}LabelPositionstoStudyProteinConformationalHeterogeneity},journal={TheJournalofPhysicalChemistryB}}
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