序列比对可视化生成的颜色方案
gecos的Python项目详细描述
多序列比对通常通过将 根据某种性质的符号。 例如，氨基酸的配色方案可以使用一种颜色 疏水性残基，带正电残基的另一种颜色 等等。 通常，这样的配色方案是由有经验的人手工创建的 他们知道氨基酸的特性， 所以他们可以把相同或相似的颜色分配给氨基酸 类似的性质。
gecos软件遵循不同的方法： 而不是看具体的，有时是主观的属性， 它使用另一个来源来估计符号的相似性： 代换矩阵本身。 相似的颜色分配给得分高的符号对，低的 得分对得到遥远的颜色-在一个完全自动的方式。 因此替换矩阵中两个符号的距离 对应于颜色方案中的感知差异。
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