一把瑞士军刀，用于PDB文件。
pdb-tools的Python项目详细描述
PDB工具
一种瑞士军刀，用于操作和编辑PDB文件
正在寻找其他pdb工具？
harms实验室维护了一组工具，也称为pdbtools，它们执行
功能集略有不同你可以找到他们。
关于
操作pdb文件通常很痛苦。提取特定的链或集合 残基，重新编号残基，拆分或合并模型和链，或仅 确保文件符合pdb规范是任务的例子 这可以使用任何合适的解析库或图形界面来完成。这些， 然而，几乎总是需要1）脚本知识，2）时间，3）安装 一个或多个程序。
pdb-tools被设计成pdb格式的瑞士刀。他们没有
外部依赖，当然还有Python programming language。
它们是一组旧的fortran77程序的后代，这些程序具有
使用流的特殊优势，即一个脚本的输出
可以通过管道输送到另一个。既然fortran77也是一种痛苦，我把它们改写成
并添加了一些实用程序
剧本的理念很简单：一个剧本，一个任务。如果你想的话 做两件事，用管道把脚本连接起来。将接受对新脚本的请求 考虑一下-使用“问题”按钮或自己编写它们并创建 拉取请求。
安装说明
pdb-tools在pypi上可用，可以通过pip安装。这是
推荐的方法，因为它使更新/卸载变得相当简单：
pip install pdb-tools
如果你想安装最新的开发版本，它可能会给你新的 功能，但也有一些错误，请参见here。
我能拿他们怎么办？
这些工具的名称应该是不言而喻的他们的命令行界面 也是相当一致的。因此，这里有几个例子 开始时间：
下载结构
pdb_fetch 1brs > 1brs.pdb # 6 chains pdb_fetch -biounit 1brs > 1brs.pdb # 2 chains
对结构重新编号
pdb_reres -1 1ctf.pdb > 1ctf_renumbered.pdb
选择链
pdb_selchain -A 1brs.pdb > 1brs_A.pdb pdb_selchain -A,D 1brs.pdb > 1brs_AD.pdb
删除氢
pdb_delelem -H 1brs.pdb > 1brs_noH.pdb
选择骨干原子
pdb_selatom -CA,C,N,O 1brs.pdb > 1brs_bb.pdb
选择链，删除hettm，并生成有效的pdb文件
pdb_selchain -A,D 1brs.pdb | pdb_delhetatm | pdb_tidy > 1brs_AD_noHET.pdb
注意：在Windows上，这些工具将具有.exe扩展名
我不能用它们做什么？
涉及坐标或数值计算的操作通常不在
pdb-tools的作用域。使用一个合适的库，这样会更快
可扩展此外，虽然我们提供mmCIF<；->；PDB转换器，但我们不支持
大型mmcif文件，原子数超过99999个，或在单链中有9999个残基。
如果你在这样的分子上使用我们的工具，我们会抱怨的
引文
我们最终决定写一本小出版物来描述这些工具。如果你 在即将出版的项目中使用它们，请引用我们：
Rodrigues, J. P. G. L. M., Teixeira, J. M. C., Trellet, M. & Bonvin, A. M. J. J.
pdb-tools: a swiss army knife for molecular structures. bioRxiv (2018).
doi:10.1101/483305
如果使用支持bibtex的引用管理器，请使用此记录：
@article {Rodrigues483305,
author = {Rodrigues, Jo{\~a}o P.G.L.M. and Teixeira, Jo{\~a}o M.C. and Trellet, Mika{\"e}l and Bonvin, Alexandre M.J.J.},
title = {pdb-tools: a swiss army knife for molecular structures},
elocation-id = {483305},
year = {2018},
doi = {10.1101/483305},
publisher = {Cold Spring Harbor Laboratory},
abstract = {The pdb-tools are a collection of Python scripts for working with molecular structure data in the PDB format. They allow users to edit, convert, and validate PDB files, from the command-line, in a simple but efficient manner. The pdb-tools are implemented in Python, without any external dependencies, and are freely available under the open-source Apache License at https://github.com/haddocking/pdb-tools/ and on PyPI (https://pypi.org/project/pdb-tools/).},
URL = {https://www.biorxiv.org/content/early/2018/12/04/483305},
eprint = {https://www.biorxiv.org/content/early/2018/12/04/483305.full.pdf},
journal = {bioRxiv}
}
要求
pdb-tools应该在python 2.7+和python 3.x上运行。
和3.7。没有依赖关系。
从源安装
下载zip存档或使用git克隆存储库我们推荐git
方法，因为它使更新工具变得非常简单
# To download git clone https://github.com/haddocking/pdb-tools cd pdb-tools # To update git pull origin master # To install python setup.py install
贡献
如果您想为pdb-tools的开发做出贡献，请提供一个错误修复程序，
或者一个新的工具，阅读我们的CONTRIBUTING指令here。
许可证
pdb-tools是开源的，并在apache许可证2.0版下获得许可。
有关详细信息，请参见许可文件。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
