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Python bio2bel
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最新项目
安装
bio2bel_pfam可以从
PyPI
在您喜爱的终端中使用以下代码：
$ python3 -m pip install bio2bel_pfam
或者来自GitHub上的最新代码，使用： ...
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将基因本体（go）转换为bel
安装
bio2bel_go可以通过PyPI轻松安装
您最喜爱的终端中的以下代码：
$ python3 -m pip install bio2bel_go
或者来自G ...
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将副作用资源（sider）转换为bel。
安装
bio2bel_sider可以通过PyPI轻松安装
您最喜爱的终端中的以下代码：
$ python3 -m pip install bio2bel_s ...
已阅读: n次
bio2bel是一个旨在将生物数据库和其他各种结构化知识源
在Biological Expression Language的统一框架中。
两个值得注意的地方：
How to make a Bio2B ...
已阅读: n次
一个集成的、可扩展的web应用程序，用于探索、分析和管理路径数据库。ComPath在https://compath.scai.fraunhofer.de/上公开提供
这个包将Bio2BEL路径包公开到 ...
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这个包通过包装其restful api，允许用kegg信息丰富bel网络。
此外，它还集成在ComPath environment中，用于路径数据库比较。
安装
bio2bel_kegg可以通过Py ...
已阅读: n次
此包允许使用msigdb信息丰富bel网络。
此外，它还集成在ComPath environment中，用于路径数据库比较。
安装
bio2bel_msig可以通过PyPI轻松安装
在您喜爱的终端中 ...
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这个软件包下载、解析和存储entrez基因和同源基因数据库，然后为
正在转换为贝尔。
安装
bio2bel_entrez可以通过PyPI轻松安装
您最喜爱的终端中的以下代码：
$ python3 - ...
已阅读: n次
这个包通过包装restful api，允许用wikipathways信息丰富bel网络。
此外，它还集成在ComPath environmentfor pathway数据库中
比较。
安装
bio2 ...
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将文本挖掘的mirna目标交互序列化为bel
安装
bio2bel_mirtarbase可以通过PyPI轻松安装
在您喜爱的终端中执行以下代码：
$ python3 -m pip install b ...
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将interpro蛋白家族、结构域和其他类转换为bel中的本体关系。
安装
bio2bel_interpro可以通过PyPI轻松安装
在您喜爱的终端中执行以下代码：
$ python3 -m pip ...
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Famplex的蛋白质复合物和家族结构。
安装
bio2bel_famplex可以从
PyPI
在您喜爱的终端中使用以下代码：
$ python3 -m pip install bio2bel_fa ...
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此存储库从expasy酶数据库下载并解析酶类
安装
bio2bel_expasy可以通过PyPI轻松安装
在您喜爱的终端中执行以下代码：
$ python3 -m pip install bio2b ...
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将DrugBank 5.0转换为BEL。
安装
bio2bel_drugbank可以通过PyPI轻松安装
您最喜爱的终端中的以下代码：
$ python3 -m pip install bio2be ...
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将人类microrna疾病数据库转换为bel
引文
李勇，邱丙，屠杰，等。hmdd v2.0：实验支持的人类microrna和疾病关联数据库。核酸研究2014；42（数据库问题）：D1070-D10 ...
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此软件包将创建：
hgnc bel命名空间
hgnc基因家族bel名称空间，
hgnc基因家族成员bel脚本
正畸bel脚本
安装
bio2bel_hgnc可以通过PyPI轻松安装
在您喜爱的终 ...
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将Zhou和Himmelstein生成的人类症状疾病网络转换为BEL
非常感谢daniel himmelstein在他的存储库中对这些数据进行预处理：https://github.com/dhimme ...
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将adeptus疾病差异基因表达特征转换为bel。
非常感谢Daniel Himmelstein对其存储库中的数据进行了预处理，地址为：
https://github.com/dhimmel/adep ...
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将网格层次结构转换为bel
安装
bio2bel_mesh可以通过PyPI轻松安装
在您喜爱的终端中执行以下代码：
$ python3 -m pip install bio2bel_mesh
或者 ...
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将UniProt转换为BEL
安装
bio2bel_uniprot可以通过PyPI轻松安装
您最喜欢的终端中的以下代码：
$ python3 -m pip install bio2bel_unipr ...
已阅读: n次
