用于将人类microrna疾病数据库(hmdd)转换为bel的包。
bio2bel-hmdd的Python项目详细描述
将人类microrna疾病数据库转换为bel
引文
李勇,邱丙,屠杰,等。hmdd v2.0:实验支持的人类microrna和疾病关联数据库。核酸研究2014;42(数据库问题):D1070-D1074。doi:10.1093/nar/gkt1023。
摘要
人类microrna疾病数据库(hmdd)是一个为人类microrna(mirna)和疾病关联提供实验支持证据的数据库。mirnas是一类重要的调控rna,主要在转录后水平上抑制基因表达。越来越多的研究表明,mirnas在各种重要的生物学过程中发挥着重要作用。由于其重要性,mirnas的功能失调与多种疾病有关。hmdd的第一个版本是在2007年12月构建的。hmdd v1.0中的每个条目都有四个用于注释的项;它们是mirna名称、疾病名称、引用pubmed id和支持原始论文中mirna关联的证据。在过去的五年中,我们更新了30多次hmdd。hmdd v2.0对人类mirna疾病关联数据进行了更详细和全面的注释,包括来自遗传学、表观遗传学、循环mirna和mirna靶点相互作用证据的mirna疾病关联数据。此外,在版本2中实现了“提交”功能。