将hgnc转换为bel的软件包
bio2bel-hgnc的Python项目详细描述
此软件包将创建:
- hgnc bel命名空间
- hgnc基因家族bel名称空间,
- hgnc基因家族成员bel脚本
- 正畸bel脚本
安装
bio2bel_hgnc可以通过PyPI轻松安装 在您喜爱的终端中执行以下代码:
$ python3 -m pip install bio2bel_hgnc
或者来自GitHub上的最新代码,使用:
$ python3 -m pip install git+https://github.com/bio2bel/hgnc.git@master
设置
hgnc可以从python repl或自动安装的命令行下载和填充 公用事业。
Python复制
>>>importbio2bel_hgnc>>>hgnc_manager=bio2bel_hgnc.Manager()>>>hgnc_manager.populate()
命令行实用程序
bio2bel_hgnc populate
引文
- 格雷卡,等人。genenames.org: the HGNC resources in 2015。核酸的 酸类研究2015年1月;43日(数据库问题):D1079-85
致谢
- 这个包裹在很大程度上依赖于Andrej Konotopez的包裹PyHGNC