我正试图在HPC服务器上创建自己的conda python环境,但发生了一些非常奇怪的事情。
问题
在创建了一个新的conda环境之后,python似乎没有在这个环境中看到自己,并且使用基本环境。。。因此,我不能使用安装在新环境中的软件包,但我可以看到基本环境中的软件包。。。
以下是我所做的
我按如下方式安装我的环境:
$ conda create -n niml pip python=3.6.5
$ source activate niml
(niml) $ conda install -c conda-forge luigi
然后检查我安装的软件包:
(niml) $ conda list
我得到的是非常基本的环境:
# Name Version Build Channel
botocore 1.10.61 py_0 conda-forge
ca-certificates 2018.4.16 0 conda-forge
certifi 2018.4.16 py36_0 conda-forge
docutils 0.14 py36_0 conda-forge
jmespath 0.9.3 py_1 conda-forge
libedit 3.1.20170329 h6b74fdf_2
libffi 3.2.1 hd88cf55_4
libgcc-ng 7.2.0 hdf63c60_3
libstdcxx-ng 7.2.0 hdf63c60_3
lockfile 0.12.2 py_1 conda-forge
luigi 2.7.6 py36_0 conda-forge
ncurses 6.1 hf484d3e_0
openssl 1.0.2o 0 conda-forge
pip 10.0.1 py36_0
pyparsing 2.2.0 py_1 conda-forge
python 3.6.5 hc3d631a_2
python-daemon 2.1.2 py36_0
python-dateutil 2.7.3 py_0 conda-forge
readline 7.0 ha6073c6_4
setuptools 39.2.0 py36_0
six 1.11.0 py36_1 conda-forge
sqlite 3.24.0 h84994c4_0
tk 8.6.7 hc745277_3
tornado 4.5.3 py36_0 conda-forge
wheel 0.31.1 py36_0
xz 5.2.4 h14c3975_4
zlib 1.2.11 ha838bed_2
然后我尝试运行python并导入我安装的luigi
包,但它没有发现错误。
(niml) $ python
>>> import luigi
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
ModuleNotFoundError: No module named 'luigi'
我还尝试导入numpy
,它在基本环境中,而不是在新环境中,并且可以工作。
>>> import numpy
上面的方法有效,这意味着python
认为它在基本环境中运行。
我自己环境中的Python正在运行
我检查了正在执行的python,它确实是新环境中的python:
>>> import sys
>>> sys.executable
'~/.conda/envs/niml/bin/python'
也从命令行检查,它是环境中的python
可执行文件:
(niml) $ which python
~/.conda/envs/niml/bin/python
我在HPC上运行
我以前创造过几百次水蟒环境,从来没有遇到过这个问题。唯一不同的是,我使用的是一台HPC服务器,因此我不得不这样做:
module load python/anaconda3
这是唯一的区别,我看到从我通常的工作流程,可能是造成这个问题。。。
其他人以前见过这个问题并能解决它吗??
目前没有回答
相关问题 更多 >
编程相关推荐