将tir-phmm模型映射到基因组序列，以注释螨虫和完整的dna转座子。
tirmite的Python项目详细描述
[！[许可证：mit]（https://img.shields.io/badge/license mit yellow.svg）（https://opensource.org/licenses/mit）
<；p align="center">；
<；img src="docs/tirmite_hexlogo.jpg"width="350"height="350"title="tirmite_hex">；
<；p>；
tirmite
末端反向重复
家族（tir-phmms）到基因组序列的隐马尔可夫模型，用于注释螨类和具有可变内部序列组成的完整
dna转座子。
*[安装tirmite]（安装tirmite）
*[示例用法]（示例用法）
*[标准选项]（标准选项）
*[自定义DNA矩阵]（自定义DNA矩阵）
*[附加工具]（附加工具）
*[tsplit]（tsplit）
*[tsplit算法概述]（tsplit算法概述）
*[tsplit选项和用法]（tsplit选项和用法）
*[issues]（issues）
*[license]（license）
*[logo]（logo）
tir家族的全基因组注释。这些可以由用户提供，也可以从定向为5'外缘-->；3'内缘的对齐TIR构建。
生成三类输出：
1。写入fasta的所有重要tir命中序列（每个查询hmm）。
2。由成对tir组成的候选元素被写入fasta（每个查询hmm）。
3。候选元素的基因组注释和可选的tir hits
（成对和不成对）作为单个gff3文件写入。
使用带有tir-phmm的nhmmer基因组。导入低于*--maxeval*阈值的所有点击。
3。对于每个重要的TIR匹配，确定候选合作伙伴，其中：
*在同一序列上。
*HIT处于互补方向。
*距离是<；=*--maxDist*
*HIT长度是>；=模型长度\*--mincov*
4。按正链点击下游和负链点击上游的距离排列候选伙伴。
5。两人互击最佳候选球。
6。对于未配对的点击，找到第一个未配对的候选合作伙伴并检查互惠性。
7。如果第一个未配对的候选项是非互惠的，则检查二阶互惠（是当前候选项互惠的出站顶级候选项）。
8。重复步骤6-7，直到所有tir配对或没有新配对的迭代次数超过*--stablereps*
重复预测的tes
*[pymumer]（https://pypi.python.org/pypi/pymumer）版本>；=0.10.3带Nucmer包装选项*--diagfactor*
*[mummer]（http://mummer.sourceforge.net/）
*[blast+]（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/latest/）（可选）
安装选项：
python包。
`` bash
%git克隆https://github.com/adamtranto/tirmite.git&；cd tirmite&；pip install-e.
```
install from pypi.
```bash
%pip install tirmite
`````
``install from bioconda.
``bash
%conda install-c bioconda tirmite
````
``bash
`打印版本号并退出。
%tirmite--版本
tirmite 1.1.1
rval<；=10000，点击hmm模型的cover>；40%len），
并编写gff3注释文件。
``bash
%tirmite--基因组目标。fasta--hmm file tir a.hmm--gffout tir目标中的元素。gff3--maxdist 10000--mincov 0.4
```
`查看程序最常用的选项：
```
tirmite[-h]--基因组[--hmmdir-hmmdir][--hmmfile-hmmfile]
[--alndir-alndir][--alnfile-alnfile]
[--alnformat{clustal，fasta，nexus，phylip，斯德哥尔摩}]
[--stablereps stablereps]
[--outdir outdir][--prefix prefix][--nopairing]
[--gffout gffout][--reporttir{none，all，paired，未配对}]
[--keeptemp][-v][--cores cores][--maxeval maxeval]
[--maxdist maxdist][--nobias][--matrix matrix]
[--mincov mincov][--hmmpress hmmpress][--nhmmer nhmmer]
[--hmmbuild hmmbuild]
help:
-h，--帮助显示此帮助消息并退出。
输入选项：
--将使用HMM查询的目标基因组的基因组路径。
注意：序列名称必须唯一。
（必需）
--HMMDir包含预先准备的tir phmm的目录。
--指向单个tir phmm文件的hmmfile路径。
与"--hmmdir"不兼容。
--指向目录的alndir路径，该目录只包含要转换为hmm的tir对齐。
--alnfile提供要转换为hmm的单个tir对齐。
与"--alndir"不兼容。与"--alndir"或"--alnfile"一起提供的格式对齐都采用此格式。
选项=["clustal"、"fasta"、"nexus"、"phylip"、"stockholm"]
配对启发：
--stablereps数当未找到其他配对且剩余未配对命中时，重复配对过程的次数>；0.
（默认值=0）
输出和管理：
--outdir所有输出文件都将写入此目录。
--gffout gff3注释文件名。
--用于在gff中报告tir的reporttir选项注释文件。
选项=[none，'all'，'paired'，'unpaired']
（默认值='all'）
--将前缀添加到此运行中检测到的所有TIR和成对元素。
在对许多基因组运行相同的tir-phmm时很有用。
（默认值=无）
--不播放如果设置，仅报告tir-phmm命中。不要尝试配对。
（默认值=false）
--如果设置了keeptemp，则不要删除临时文件目录。
（默认值=false）
-v，--verbose将syscall reporting设置为verbose。
hmmer选项：
--cores设置HMMER软件可用的核心数。
（默认值=1）
--有效命中允许的最大E值。
（默认值=0.001）
--TIR之间允许的最大距离考虑有效配对的候选人。
--nobias关闭nhmmer中分数的偏差校正。
（默认值=假）
--矩阵使用nhmmer中的自定义dna替换矩阵。
--mincov最小有效点击长度作为模型长度的比例。
（默认值=0.5）
非标准hmmer路径：
--hmmpress如果不在路径中，则设置hmmpress的位置。
--nhmmer如果不在路径中，则设置nhmmer的位置。
--hmmbuild如果不在路径中，则设置hmmbuild的位置。
`````
标准NCBI-BLAST矩阵（如NUC.4.4）兼容。（见：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrix/nuc.4）
tsplit算法概述
1.排除所有对角线/自匹配项
2。如果tsplit tir：只保留对向股上的对线（反向重复）
3。保留5'匹配开始于元素start
的x基内，3'匹配结束于元素end
4的x基内的对。排除重叠的对齐对（潜在SSR）
5。如果多个候选者仍然选择具有最大内部片段
（即最接近元素末端）的对齐对
分割段将写入*tir_split_te-splitter_output.fasta*，后缀"_i"表示
内部段或"_tir"表示外部段。tir的长度必须至少为10bp，并共享80%
标识，并且出现在输入元素每端的10bp内。此外，合成的
螨虫将由左、右tir连接而成，内部片段
切除。
`` bash
%tsplit tir-i dna-transposons.fasta-p tir_split
```
tsplit options
run`tsplit tir--help`查看程序最常用的
选项：
```
用法：tsplit tir[-h]-i infile[-p前缀][-d outdir]
[-splitmode{all，split，internal，external，无}]
[--makemites][--keeptemp][-v][-m maxdist]
[--minid minid][--minterm minterm][--minseed minseed]
[--diagfactor diagfactor][--method{blastn，nummer}
help:
-h，-help显示此帮助消息并退出。
输入：
-i，-填充包含完整元素的multifasta。
（必需）
输出：
-p，--在所有输出文件前面加上以该字符串开头的前缀。（默认值：[infie basename]）
-d，--outdir将输出文件写入此目录。（默认值：cwd）
--如果设置了keeptemp，则在完成时不删除temp目录。
-v，--verbose（如果设置了verbose），则报告进度。
报告设置：
--splitmode选项：{all，split，internal，external，none}
all=报告输入序列以及内部和外部段。
拆分=拆分后报告内部和外部段。
内部=仅报告内部段。
外部=仅报告终端重复段。
无=仅报告合成螨虫（同时设置--makemites）。
（默认值：split）
--makemites实验功能：尝试通过连接
5'和3'tir从tir构建合成的mite序列。仅在"tsplit tir"模式下可用
对齐设置：
--方法选择对齐工具。注意：blastn在非常短的高身份trs上可能表现得更好，
而nucmer对小indel更健壮。
选项：{blastn，nucmer}
（默认值：numer）
--终端重复对之间的最小标识。就像漂浮一样。
（默认值：80.0）
--要考虑的终端重复的最小长度。
相当于numer"-mincluster"
（默认值：10）
-m，--maxDist终端重复候选者与输入元素末端之间的基数不能超过这么多。
注意：如果怀疑元素嵌套在某个侧翼序列中，请增加此值。
（默认值：10）
--要包含在最终匹配群集中的最大精确匹配的最小长度。
相当于numer"-minmatch"。
（默认值：5）
--用于在nummer内对匹配进行聚类的diagfactor最大对角线差分因子，
即对角线差分/匹配间隔
（默认值为0.20）
注意：增加值以获得终端重复之间更大的索引公差。
```
tracker]（https://github.com/adamtranto/tirmite/issues）
<；p align="center">；
<；img src="docs/tirmite_hexlogo.jpg"width="350"height="350"title="tirmite_hex">；
<；p>；
tirmite
末端反向重复
家族（tir-phmms）到基因组序列的隐马尔可夫模型，用于注释螨类和具有可变内部序列组成的完整
dna转座子。
*[安装tirmite]（安装tirmite）
*[示例用法]（示例用法）
*[标准选项]（标准选项）
*[自定义DNA矩阵]（自定义DNA矩阵）
*[附加工具]（附加工具）
*[tsplit]（tsplit）
*[tsplit算法概述]（tsplit算法概述）
*[tsplit选项和用法]（tsplit选项和用法）
*[issues]（issues）
*[license]（license）
*[logo]（logo）
tir家族的全基因组注释。这些可以由用户提供，也可以从定向为5'外缘-->；3'内缘的对齐TIR构建。
生成三类输出：
1。写入fasta的所有重要tir命中序列（每个查询hmm）。
2。由成对tir组成的候选元素被写入fasta（每个查询hmm）。
3。候选元素的基因组注释和可选的tir hits
（成对和不成对）作为单个gff3文件写入。
使用带有tir-phmm的nhmmer基因组。导入低于*--maxeval*阈值的所有点击。
3。对于每个重要的TIR匹配，确定候选合作伙伴，其中：
*在同一序列上。
*HIT处于互补方向。
*距离是<；=*--maxDist*
*HIT长度是>；=模型长度\*--mincov*
4。按正链点击下游和负链点击上游的距离排列候选伙伴。
5。两人互击最佳候选球。
6。对于未配对的点击，找到第一个未配对的候选合作伙伴并检查互惠性。
7。如果第一个未配对的候选项是非互惠的，则检查二阶互惠（是当前候选项互惠的出站顶级候选项）。
8。重复步骤6-7，直到所有tir配对或没有新配对的迭代次数超过*--stablereps*
重复预测的tes
*[pymumer]（https://pypi.python.org/pypi/pymumer）版本>；=0.10.3带Nucmer包装选项*--diagfactor*
*[mummer]（http://mummer.sourceforge.net/）
*[blast+]（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/latest/）（可选）
安装选项：
python包。
`` bash
%git克隆https://github.com/adamtranto/tirmite.git&；cd tirmite&；pip install-e.
```
install from pypi.
```bash
%pip install tirmite
`````
``install from bioconda.
``bash
%conda install-c bioconda tirmite
````
``bash
`打印版本号并退出。
%tirmite--版本
tirmite 1.1.1
rval<；=10000，点击hmm模型的cover>；40%len），
并编写gff3注释文件。
``bash
%tirmite--基因组目标。fasta--hmm file tir a.hmm--gffout tir目标中的元素。gff3--maxdist 10000--mincov 0.4
```
`查看程序最常用的选项：
```
tirmite[-h]--基因组[--hmmdir-hmmdir][--hmmfile-hmmfile]
[--alndir-alndir][--alnfile-alnfile]
[--alnformat{clustal，fasta，nexus，phylip，斯德哥尔摩}]
[--stablereps stablereps]
[--outdir outdir][--prefix prefix][--nopairing]
[--gffout gffout][--reporttir{none，all，paired，未配对}]
[--keeptemp][-v][--cores cores][--maxeval maxeval]
[--maxdist maxdist][--nobias][--matrix matrix]
[--mincov mincov][--hmmpress hmmpress][--nhmmer nhmmer]
[--hmmbuild hmmbuild]
help:
-h，--帮助显示此帮助消息并退出。
输入选项：
--将使用HMM查询的目标基因组的基因组路径。
注意：序列名称必须唯一。
（必需）
--HMMDir包含预先准备的tir phmm的目录。
--指向单个tir phmm文件的hmmfile路径。
与"--hmmdir"不兼容。
--指向目录的alndir路径，该目录只包含要转换为hmm的tir对齐。
--alnfile提供要转换为hmm的单个tir对齐。
与"--alndir"不兼容。与"--alndir"或"--alnfile"一起提供的格式对齐都采用此格式。
选项=["clustal"、"fasta"、"nexus"、"phylip"、"stockholm"]
配对启发：
--stablereps数当未找到其他配对且剩余未配对命中时，重复配对过程的次数>；0.
（默认值=0）
输出和管理：
--outdir所有输出文件都将写入此目录。
--gffout gff3注释文件名。
--用于在gff中报告tir的reporttir选项注释文件。
选项=[none，'all'，'paired'，'unpaired']
（默认值='all'）
--将前缀添加到此运行中检测到的所有TIR和成对元素。
在对许多基因组运行相同的tir-phmm时很有用。
（默认值=无）
--不播放如果设置，仅报告tir-phmm命中。不要尝试配对。
（默认值=false）
--如果设置了keeptemp，则不要删除临时文件目录。
（默认值=false）
-v，--verbose将syscall reporting设置为verbose。
hmmer选项：
--cores设置HMMER软件可用的核心数。
（默认值=1）
--有效命中允许的最大E值。
（默认值=0.001）
--TIR之间允许的最大距离考虑有效配对的候选人。
--nobias关闭nhmmer中分数的偏差校正。
（默认值=假）
--矩阵使用nhmmer中的自定义dna替换矩阵。
--mincov最小有效点击长度作为模型长度的比例。
（默认值=0.5）
非标准hmmer路径：
--hmmpress如果不在路径中，则设置hmmpress的位置。
--nhmmer如果不在路径中，则设置nhmmer的位置。
--hmmbuild如果不在路径中，则设置hmmbuild的位置。
`````
标准NCBI-BLAST矩阵（如NUC.4.4）兼容。（见：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrix/nuc.4）
tsplit算法概述
1.排除所有对角线/自匹配项
2。如果tsplit tir：只保留对向股上的对线（反向重复）
3。保留5'匹配开始于元素start
的x基内，3'匹配结束于元素end
4的x基内的对。排除重叠的对齐对（潜在SSR）
5。如果多个候选者仍然选择具有最大内部片段
（即最接近元素末端）的对齐对
分割段将写入*tir_split_te-splitter_output.fasta*，后缀"_i"表示
内部段或"_tir"表示外部段。tir的长度必须至少为10bp，并共享80%
标识，并且出现在输入元素每端的10bp内。此外，合成的
螨虫将由左、右tir连接而成，内部片段
切除。
`` bash
%tsplit tir-i dna-transposons.fasta-p tir_split
```
tsplit options
run`tsplit tir--help`查看程序最常用的
选项：
```
用法：tsplit tir[-h]-i infile[-p前缀][-d outdir]
[-splitmode{all，split，internal，external，无}]
[--makemites][--keeptemp][-v][-m maxdist]
[--minid minid][--minterm minterm][--minseed minseed]
[--diagfactor diagfactor][--method{blastn，nummer}
help:
-h，-help显示此帮助消息并退出。
输入：
-i，-填充包含完整元素的multifasta。
（必需）
输出：
-p，--在所有输出文件前面加上以该字符串开头的前缀。（默认值：[infie basename]）
-d，--outdir将输出文件写入此目录。（默认值：cwd）
--如果设置了keeptemp，则在完成时不删除temp目录。
-v，--verbose（如果设置了verbose），则报告进度。
报告设置：
--splitmode选项：{all，split，internal，external，none}
all=报告输入序列以及内部和外部段。
拆分=拆分后报告内部和外部段。
内部=仅报告内部段。
外部=仅报告终端重复段。
无=仅报告合成螨虫（同时设置--makemites）。
（默认值：split）
--makemites实验功能：尝试通过连接
5'和3'tir从tir构建合成的mite序列。仅在"tsplit tir"模式下可用
对齐设置：
--方法选择对齐工具。注意：blastn在非常短的高身份trs上可能表现得更好，
而nucmer对小indel更健壮。
选项：{blastn，nucmer}
（默认值：numer）
--终端重复对之间的最小标识。就像漂浮一样。
（默认值：80.0）
--要考虑的终端重复的最小长度。
相当于numer"-mincluster"
（默认值：10）
-m，--maxDist终端重复候选者与输入元素末端之间的基数不能超过这么多。
注意：如果怀疑元素嵌套在某个侧翼序列中，请增加此值。
（默认值：10）
--要包含在最终匹配群集中的最大精确匹配的最小长度。
相当于numer"-minmatch"。
（默认值：5）
--用于在nummer内对匹配进行聚类的diagfactor最大对角线差分因子，
即对角线差分/匹配间隔
（默认值为0.20）
注意：增加值以获得终端重复之间更大的索引公差。
```
tracker]（https://github.com/adamtranto/tirmite/issues）
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