塔斯马尼亚魔鬼：一个软件包，用于从组学数据集中对基因活动进行分类，简化代谢网络，并可视化营养物质的估计表型通量
TASMANIAN-DEVIL的Python项目详细描述
#简介
我们通过改变网络和推导可视化的通量估计，开发了简化代谢分析的算法（塔斯马尼亚魔鬼）。这个软件包由四个独立的命令组成：基因活性测定、导入和简化基因组规模的代谢模型以降低网络复杂度、健壮的启发式模型构建和代谢通量预测以及来自参考网络的通量可视化。拓扑学。所有模块可以独立使用，也可以相互结合使用。塔斯马尼亚魔鬼有可能被使用Linux或MacOSX平台的广泛研究人员采用。有关各个模块的更多信息，请访问https://tlawrence3.github.io/tasmanian devil.
因此，塔斯马尼亚魔鬼需要Python2.7或Python3.6。目前，我们只支持并强烈建议使用Anaconda安装Tasmanian Devil。
*安装当前版本的Gurobi
*http://www.gurobi.com/downloads/gurobi optimizer
*获取Gurobi许可证（提供免费学术许可证）
*http://www.gurobi.com/downloads/licenses/license center
*install anaconda with python 2.7 or python 3.6:
*https://www.anaconda.com/download/
*在安装anaconda之后，打开一个终端窗口（我们将在安装过程的其余部分使用终端），然后运行以下命令设置其他通道：
``bash
conda config--添加通道默认值
conda config--添加通道conda forge
conda config--添加通道bioconda
conda config--添加通道http://conda.anaconda.org/gurobi
```
*创建并激活新的水蟒环境。请注意，每次您想使用塔斯马尼亚恶魔时都必须激活conda环境：
``bash
conda create-n tas python=3.6 scipy=0.19.1 gurobi glpk
source activate tas
````
*使用许可证密钥激活gurobi安装（通过gurobi的网站）使用下面的命令：
`` bash
grbketkey<；您的许可证密钥>；
```
*从github克隆塔斯马尼亚魔鬼并使用安装脚本安装：
```bash
git clone https://github.com/tlarrence3/tasmanian魔鬼
cd tasmanian魔鬼
python setup.py install
```
用法。以下是使用每个模块的测试示例和一般建议。
**模型模块**：
酵母代谢的最简单命令：
``bash
tas model test\u data/imm904\u nadcorrected\u mthfdi.xml\u e\
-s>；test\u imm904\u 1.txt
```
调整下限，gene2rxn映射，第一次尝试添加适应性以测试固定酵母代谢的生物量反应：
`` bash
tas model test\u data/imm904-nadcorrected\u 1127-mthfdi.xml\u e\
-l test\u data/ypd-lb.csv\
-g test\u data/imm904-nadcorrected\u 1127-mthfdi-genes\u genes2rxns.csv\
-a测试数据/imm904-nadcorrected-mthfdi-adaptation s-v1.csv\
-d测试数据/imm904-nadcorrected-mthfdi-u代谢物-dict.csv\
-s>；测试imm904-u 2.txt
````
检查反应不平衡的输出后，尝试第二次调整以纠正这些反应。<；br/>；
为较低的边界、gene2rxn映射进行调整，第二次尝试添加适应性以测试修复酵母代谢不平衡反应：
`` bash
tas model test\u data/imm904\u nadcorrected\u mthfdi.xml\u e\
-l test\u data/ypd\u lb.csv\
-g test\u data/imm904\u nadcorrected\u mthfdi\u genes2rxns.csv\
-a检验数据/imm904和修正数据/imm904和修正数据/imm904和修正代谢物/imm904和修正代谢物/imm904和检验结果。氮在吸附后仍然不平衡，迫使模型达到碳平衡。该算法将根据需要识别从生物量反应中去除的任何代谢物。
调整较低的界限、gene2rxn映射、添加修正以修复不平衡反应、考虑核苷转换和代谢物映射复合物，去除不含碳的代谢物，去除非活性反应和碳平衡酵母代谢模型：
`` bash
tas model test_data/imm904_nadcorrected_1127_mthfdi.xml_e\
-l test_data/ypd_lb.csv\
-g test_data/imm904_nadcorrected_1127_mthfdi_genes2rxns.csv\
-测试数据/imm904-nadcorrected-u 1127-mthfdi-u adaptations-v2.csv\
-m测试数据/150723-u imm904-nadcorrected-u 1127-mthfdi-u代谢物映射.csv\
-n测试数据/150723-u imm904-nadcorrected-u 1127-mthfdi-u核苷酸转换.csvtest_data/imm904_nadcorrected_1127_mthfdi_代谢产物_dict.csv\
-s-z-r>；test_imm904_4.txt
`````
人类代谢模型，包括核苷转换和代谢物映射复合物，去除不含碳的代谢物，去除非活性反应和碳平衡模型：
``bash
tas model test\u data/recon2.v04.xml\u e\
-m test\u data/150722\u recon2.v04\u democrosate\u mappings.csv\
-n test\u data/150721\u recon2.v04\u nuclosite\u conversions.csv\
-d test\u data/recon2\u democrosate\u carbon dict4.csv-S-Z-R>；2.txt检测法
`````
**基因模块**：
``` bash基因检测法数据/151012-gasch-gusuglucosch-glucosch.txt\
``` bash基因检测法数据/151012-m检测数据/lgmncmodimm904-ngmncmodimmodimm904-nadu 1127-mthfdi.mat-mat\
-o检测数据/151012-u葡萄糖0.25.csv-c
``````
**通量模块**：
``bash
助教多个并发进程的通量测试数据按所需顺序按间隔重复并发过程和修剪反应的重复：
`` bash
tas flux test_data/lgmncmodimm904_nadcorrected_1127_mthfdi.mat\
test_data/151012_乙醇_0.25.csv_e 2 2-c-b 0.2879\
-exrxns test_data/exrxns.csv\
-extrxns test_data/extrxns.csv\
-othertrrxns test_data/othertrrxns.csv
`````
**可视化模块**：
\
试验数据/代谢数据/u 151012葡萄糖/u 0.25μlgmncmodimm904μnadcorrectedμmthfdi glycolysisμpppμserineμalanineμ缩短\
1μe-c \
-c1试验数据/rxnscressified byexpressionμ151012μglucoseμ0.25μlgmncmodimm904μnadcorrectedμmthfdi.pkl \
-b1测试数据/freqbasedrxns_151012_葡萄糖_0.25_lgmncmodimm904_nadcorrected_1127_mthfdi.pkl
`````
比较两个条件
````bash
tas可视化测试数据/lgmncmodimm904_nadcorrected_1127_mthfdi.mat\
测试数据/151012_葡萄糖_0.25.csv\
试验数据/代谢数据/u 151012葡萄糖/u 0.25μlgmncmodimm904μnadcorrectedμmthfdi glycolysisμpppμserineμalanineμ缩短\
1μe-c \
-c1试验数据/rxnscressified byexpressionμ151012μglucoseμ0.25μlgmncmodimm904μnadcorrectedμmthfdi.pkl \
-b1测试数据/频率基DRXNS\U 151012\U葡萄糖/U 0.25\U lgmncmodimm904\U lgmncmodimm904\U lgmncmodimm904\U lgmncmodimm904\U lgmncmodimm904\U 151012\U乙醇/U乙醇/U 0.25\U lgmncmodimm904\U 1127\U mthfdi.pkl\
-B2测试数据/频率基DRXNS\U 151012\U乙醇/U 0.25\U lgmncmodimm904\U lgmncmodimm904\U lgmncmodimmm904.pkl\br/>-B2测试数据/频率基DRXNS/U葡萄糖/U 1510121.25\U乙醇/U乙醇/U U 1127_mthfdi.pkl公司\
-m2试验数据/lgmncmodimm904未校正的mThfdi.mat\
-g2试验数据/151012未校正的乙醇0.25.csv\
-f2试验数据/代谢产物0.151012未校正的mThfdi
```
我们通过改变网络和推导可视化的通量估计，开发了简化代谢分析的算法（塔斯马尼亚魔鬼）。这个软件包由四个独立的命令组成：基因活性测定、导入和简化基因组规模的代谢模型以降低网络复杂度、健壮的启发式模型构建和代谢通量预测以及来自参考网络的通量可视化。拓扑学。所有模块可以独立使用，也可以相互结合使用。塔斯马尼亚魔鬼有可能被使用Linux或MacOSX平台的广泛研究人员采用。有关各个模块的更多信息，请访问https://tlawrence3.github.io/tasmanian devil.
因此，塔斯马尼亚魔鬼需要Python2.7或Python3.6。目前，我们只支持并强烈建议使用Anaconda安装Tasmanian Devil。
*安装当前版本的Gurobi
*http://www.gurobi.com/downloads/gurobi optimizer
*获取Gurobi许可证（提供免费学术许可证）
*http://www.gurobi.com/downloads/licenses/license center
*install anaconda with python 2.7 or python 3.6:
*https://www.anaconda.com/download/
*在安装anaconda之后，打开一个终端窗口（我们将在安装过程的其余部分使用终端），然后运行以下命令设置其他通道：
``bash
conda config--添加通道默认值
conda config--添加通道conda forge
conda config--添加通道bioconda
conda config--添加通道http://conda.anaconda.org/gurobi
```
*创建并激活新的水蟒环境。请注意，每次您想使用塔斯马尼亚恶魔时都必须激活conda环境：
``bash
conda create-n tas python=3.6 scipy=0.19.1 gurobi glpk
source activate tas
````
*使用许可证密钥激活gurobi安装（通过gurobi的网站）使用下面的命令：
`` bash
grbketkey<；您的许可证密钥>；
```
*从github克隆塔斯马尼亚魔鬼并使用安装脚本安装：
```bash
git clone https://github.com/tlarrence3/tasmanian魔鬼
cd tasmanian魔鬼
python setup.py install
```
用法。以下是使用每个模块的测试示例和一般建议。
**模型模块**：
酵母代谢的最简单命令：
``bash
tas model test\u data/imm904\u nadcorrected\u mthfdi.xml\u e\
-s>；test\u imm904\u 1.txt
```
调整下限，gene2rxn映射，第一次尝试添加适应性以测试固定酵母代谢的生物量反应：
`` bash
tas model test\u data/imm904-nadcorrected\u 1127-mthfdi.xml\u e\
-l test\u data/ypd-lb.csv\
-g test\u data/imm904-nadcorrected\u 1127-mthfdi-genes\u genes2rxns.csv\
-a测试数据/imm904-nadcorrected-mthfdi-adaptation s-v1.csv\
-d测试数据/imm904-nadcorrected-mthfdi-u代谢物-dict.csv\
-s>；测试imm904-u 2.txt
````
检查反应不平衡的输出后，尝试第二次调整以纠正这些反应。<；br/>；
为较低的边界、gene2rxn映射进行调整，第二次尝试添加适应性以测试修复酵母代谢不平衡反应：
`` bash
tas model test\u data/imm904\u nadcorrected\u mthfdi.xml\u e\
-l test\u data/ypd\u lb.csv\
-g test\u data/imm904\u nadcorrected\u mthfdi\u genes2rxns.csv\
-a检验数据/imm904和修正数据/imm904和修正数据/imm904和修正代谢物/imm904和修正代谢物/imm904和检验结果。氮在吸附后仍然不平衡，迫使模型达到碳平衡。该算法将根据需要识别从生物量反应中去除的任何代谢物。
调整较低的界限、gene2rxn映射、添加修正以修复不平衡反应、考虑核苷转换和代谢物映射复合物，去除不含碳的代谢物，去除非活性反应和碳平衡酵母代谢模型：
`` bash
tas model test_data/imm904_nadcorrected_1127_mthfdi.xml_e\
-l test_data/ypd_lb.csv\
-g test_data/imm904_nadcorrected_1127_mthfdi_genes2rxns.csv\
-测试数据/imm904-nadcorrected-u 1127-mthfdi-u adaptations-v2.csv\
-m测试数据/150723-u imm904-nadcorrected-u 1127-mthfdi-u代谢物映射.csv\
-n测试数据/150723-u imm904-nadcorrected-u 1127-mthfdi-u核苷酸转换.csvtest_data/imm904_nadcorrected_1127_mthfdi_代谢产物_dict.csv\
-s-z-r>；test_imm904_4.txt
`````
人类代谢模型，包括核苷转换和代谢物映射复合物，去除不含碳的代谢物，去除非活性反应和碳平衡模型：
``bash
tas model test\u data/recon2.v04.xml\u e\
-m test\u data/150722\u recon2.v04\u democrosate\u mappings.csv\
-n test\u data/150721\u recon2.v04\u nuclosite\u conversions.csv\
-d test\u data/recon2\u democrosate\u carbon dict4.csv-S-Z-R>；2.txt检测法
`````
**基因模块**：
``` bash基因检测法数据/151012-gasch-gusuglucosch-glucosch.txt\
``` bash基因检测法数据/151012-m检测数据/lgmncmodimm904-ngmncmodimmodimm904-nadu 1127-mthfdi.mat-mat\
-o检测数据/151012-u葡萄糖0.25.csv-c
``````
**通量模块**：
``bash
助教多个并发进程的通量测试数据按所需顺序按间隔重复并发过程和修剪反应的重复：
`` bash
tas flux test_data/lgmncmodimm904_nadcorrected_1127_mthfdi.mat\
test_data/151012_乙醇_0.25.csv_e 2 2-c-b 0.2879\
-exrxns test_data/exrxns.csv\
-extrxns test_data/extrxns.csv\
-othertrrxns test_data/othertrrxns.csv
`````
**可视化模块**：
\
试验数据/代谢数据/u 151012葡萄糖/u 0.25μlgmncmodimm904μnadcorrectedμmthfdi glycolysisμpppμserineμalanineμ缩短\
1μe-c \
-c1试验数据/rxnscressified byexpressionμ151012μglucoseμ0.25μlgmncmodimm904μnadcorrectedμmthfdi.pkl \
-b1测试数据/freqbasedrxns_151012_葡萄糖_0.25_lgmncmodimm904_nadcorrected_1127_mthfdi.pkl
`````
比较两个条件
````bash
tas可视化测试数据/lgmncmodimm904_nadcorrected_1127_mthfdi.mat\
测试数据/151012_葡萄糖_0.25.csv\
试验数据/代谢数据/u 151012葡萄糖/u 0.25μlgmncmodimm904μnadcorrectedμmthfdi glycolysisμpppμserineμalanineμ缩短\
1μe-c \
-c1试验数据/rxnscressified byexpressionμ151012μglucoseμ0.25μlgmncmodimm904μnadcorrectedμmthfdi.pkl \
-b1测试数据/频率基DRXNS\U 151012\U葡萄糖/U 0.25\U lgmncmodimm904\U lgmncmodimm904\U lgmncmodimm904\U lgmncmodimm904\U lgmncmodimm904\U 151012\U乙醇/U乙醇/U 0.25\U lgmncmodimm904\U 1127\U mthfdi.pkl\
-B2测试数据/频率基DRXNS\U 151012\U乙醇/U 0.25\U lgmncmodimm904\U lgmncmodimm904\U lgmncmodimmm904.pkl\br/>-B2测试数据/频率基DRXNS/U葡萄糖/U 1510121.25\U乙醇/U乙醇/U U 1127_mthfdi.pkl公司\
-m2试验数据/lgmncmodimm904未校正的mThfdi.mat\
-g2试验数据/151012未校正的乙醇0.25.csv\
-f2试验数据/代谢产物0.151012未校正的mThfdi
```
欢迎加入QQ群-->： 979659372
