从两个或多个物种中寻找一对一同源基因的最佳匹配转录集
scythe的Python项目详细描述
scythe，通过同源性评估选择保守的转录本，试图为来自两个或更多物种的每个一对一同源基因找到最佳匹配的转录本集。
用法（gui）：
scythe-gui.py
用法（命令行）：
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# scythe.py v0.1a1 #
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usage:
scythe.py -i DIR -g .grpFILE -d DELIMITER --cleanup
usage with configuration file:
scythe.py --config configuration.scy
general options:
-C, --config use configuration file instead of
command line parameters
-c, --cleanup remove temporary files when done
-h, --help prints this
-i, --in_dir=DIR folder w/ subfolders "fa" and "loc"
-o, --out_dir=DIR output directory [default:./]
-N, --num_cores=NUM number of processors to use [default 1]
algorithm options:
-R, --sl_ref find best matches to reference
-G, --sl_glob best scoring pair as seed
-M, --mx_sum optimize sum of pairwise scores
alignment options:
-O, --gap_open=FLOAT needleall gap opening cost [default 10]
-E, --gap_extend=FLOAT needleall gap extension cost
fasta options:
-d, --delim=STRING split fasta headers at STRING
-a, --asID=INT use INTth part of fasta header as transcript-ID
(default:0)
further help:
Please see documentation.
安装
镰刀需要python 3。您可能希望使用python 3建立一个虚拟环境，以便于包管理。 有关详细信息，请参阅文档。 （在虚拟环境中）通过安装镰刀
pip install scythe
要求
python模块
- 配置分析器
- mysql连接器python
pip install configparser pip install --allow-external mysql-connector-python mysql-connector-python
外部程序
- 针刺（6.3.1版；压花包装，http://emboss.sourceforge.net/）
欢迎加入QQ群-->： 979659372
