从两个或多个物种中寻找一对一同源基因的最佳匹配转录集

scythe的Python项目详细描述


scythe,通过同源性评估选择保守的转录本,试图为来自两个或更多物种的每个一对一同源基因找到最佳匹配的转录本集。

用法(gui):

scythe-gui.py

用法(命令行):

   ######################################
   # scythe.py v0.1a1                   #
   ######################################
 usage:
    scythe.py -i DIR -g .grpFILE -d DELIMITER --cleanup

 usage with configuration file:
    scythe.py --config configuration.scy

 general options:
   -C, --config                     use configuration file instead of
                                    command line parameters
   -c, --cleanup                    remove temporary files when done
   -h, --help                       prints this
   -i, --in_dir=DIR                 folder w/ subfolders "fa" and "loc"

   -o, --out_dir=DIR                output directory [default:./]
   -N, --num_cores=NUM              number of processors to use [default 1]

algorithm options:
   -R, --sl_ref                     find best matches to reference
   -G, --sl_glob                    best scoring pair as seed
   -M, --mx_sum                     optimize sum of pairwise scores


 alignment options:
    -O, --gap_open=FLOAT           needleall gap opening cost [default 10]
    -E, --gap_extend=FLOAT         needleall gap extension cost

 fasta options:
   -d, --delim=STRING               split fasta headers at STRING
   -a, --asID=INT                   use INTth part of fasta header as transcript-ID
                                    (default:0)

 further help:
   Please see documentation.

安装

镰刀需要python 3。您可能希望使用python 3建立一个虚拟环境,以便于包管理。 有关详细信息,请参阅文档。 (在虚拟环境中)通过安装镰刀

pip install scythe

要求

python模块

  • 配置分析器
  • mysql连接器python
pip install configparser
pip install --allow-external mysql-connector-python mysql-connector-python

外部程序

欢迎加入QQ群-->: 979659372 Python中文网_新手群

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