Python 同源_专题 - Python中文网

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关于同源相关联的Python项目和问题：

将散列从php的crypt（）移植到python

我想知道PHP的crypt()函数是否有一个python同源项，它以类似的方式执行，生成一个随机salt并将其嵌入保存的字符串中。在我有一个哈希密码表，这些密码是使用$5$字符串密钥创建的，用于设置 ...

2024-04-24 已阅读: n次

我如何从基因组中提取一个基于同源序列的序列？

我有一个序列，在一些物种中有同源物，这些同源物的分数。在以下是来自gff文件的示例记录： 4592637 Beutenbergia_cavernae_DSM_12333 TILL 70731 ...

2024-04-24 已阅读: n次

迭代BLAST寻找同源基因

我是编程新手，在过去的几周里，我一直在研究一个生物信息学问题，进展非常有限。在用一个大的同源基因序列来识别所有的同源基因（“1”=存在，“0”=不存在。有人告诉我，一个交互式的all vs all ...

2024-04-24 已阅读: n次

在excel中（使用Python或excel）：搜索单元格（字符串）的内容是否包含在其他单元格中（子字符串）

我在excel中有一列产品名称（大约40000个单元格，包含字符串）。对于每个单元格（A1），我想知道： -如果在列（A1到A40000）的一个或多个其他单元格中发现此单元格的内容（A1中的字符串：蛋 ...

2024-04-24 已阅读: n次

如何将Skulpt合并到Meteor.js webapp中？

Atmosphere.js缺少Skulpt包，因此我不确定如何继续。如果Meteor不支持Skulpt，有没有一种方法可以让用户在我的Meteor应用程序上键入并运行Python代码（如果有，你能提供 ...

2024-04-24 已阅读: n次

如何将python url类型转换为jquery对象，如文档。正文？

我正在尝试将其他网站（不在同一个域中）转换为带有html2canvas的图像。你知道吗由于同源策略，我需要在后端获取html（用python编码）。我得到的回答是这样的： response = ur ...

2024-04-24 已阅读: n次

决定折叠这棵树的截止点的算法？

我有一个Newick树，它是通过比较假定的DNA调控基序（PWMs或PSSMs）的位置权重矩阵（PWMs或PSSMs）的相似性（欧几里德距离）来构建的，这些模体是4-9bp长的DNA序列。在 iTol ...

2024-04-24 已阅读: n次

通过Python进行密码子对齐？

我有一对编码的DNA序列，我希望通过Python进行成对的密码子比对，我已经“完成了一半”。在目前为止。我用Biopython软件包从genbank中检索出一对同源DNA序列。在我把同源对翻译 ...

2024-04-24 已阅读: n次

从距离矩阵计算亲和矩阵

我用clustal omega得到了500个蛋白质序列的距离矩阵（它们彼此是同源的）。在我想用亲和力传播来聚类这些序列。在最初，因为我用手观察到距离矩阵只有0到1之间的值，0距离=100%恒等式， ...

2024-04-24 已阅读: n次

Python：如何生成幂律图

我已经安装了networkx和matplotlib包。如何根据度关联生成幂律图，即具有高或低同源度的图 ...

2024-04-24 已阅读: n次

WGD

WGDI Author Pengchuan Sun (sunpengchuan) Email sunpengchuan@gmail.com License BSD 说明 ...

2024-04-24 已阅读: n次

OrthoEvol

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2024-04-24 已阅读: n次

aiida-phtools

aiida phtools 用于持久性同源工具的aiida插件，用于分析纳米多孔材料。安装 git clone https://github.com/ltalirz/aiida-phtools . ...

2024-04-24 已阅读: n次

scythe

scythe，通过同源性评估选择保守的转录本，试图为来自两个或更多物种的每个一对一同源基因找到最佳匹配的转录本集。用法（gui）： scythe-gui.py 用法（命令行）： ###### ...

2024-04-24 已阅读: n次

spsim

spsim是一个python 3模块，它实现了一个拼写相似性度量用于识别跨语言的同源词，同时考虑拼写如前所述，每一种语言对所特有的差异在[Gomes2011]中。注意：在下面的示例中，$表示b ...

2024-04-24 已阅读: n次

Datasnakes

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reciprocal_smallest_distance

倒数最小距离（rsd）通过全局序列比对和最大似然进化距离估计来寻找成对的同源基因。此包Python名称：reciprocal_smallest_distance ...

2024-04-24 已阅读: n次

ripser

较厚的py py是python的一个精益持久同源包。以闪亮的C++ River软件包为核心计算引擎，Ripser.py为提供了直观的界面计算稀疏和稠密数据集的持久上同调，可视化持久 ...

2024-04-24 已阅读: n次

MHcut

mhcut mhcut是在dbsnp和clinvar中的删除操作上运行的（请参见脚本dbsnp clinvar文件夹中的命令）。可以通过mhcut浏览器在线查看结果。数据集也存放在figshare ...

2024-04-24 已阅读: n次

PyParanoid

pyparanoid是一组用于在大型微生物基因组数据库中识别同源群的脚本和函数。有关详细信息，请参见https://github.com/ryanmelnyk/PyParanoid。 ...

2024-04-24 已阅读: n次

pyCHom

chomp（计算同源项目）python扩展此包Python名称：pyCHom 目前版本： pyCHomP 0.4.3 最后维护时间 ...

2024-04-24 已阅读: n次

rdmcl

递归动态马尔可夫聚类一种识别同源序列中分层正交群的方法 "正形学"是一个用来描述"通过物种形成的同源性"的术语，现在这个概念被广 ...

2024-04-24 已阅读: n次

pydna

PYDATA 用许多零件和装配步骤规划遗传结构，如重组代谢途径通常很难正确记录。 pydna python包提供了克隆和组装的可读形式化描述 python中的策略，它还允许模拟和验证克隆策略。 py ...

2024-04-24 已阅读: n次

napa

蛋白质适应的网络分析 napa软件包进行蛋白质内残留协同进化网络的构建和分析。软件包支持两种输入类型：同源蛋白质序列（功能相关）的fasta比对（功能相关的）同源蛋白质序列和系统发育树集成 ...

2024-04-24 已阅读: n次

cognite-ml

此包的作者未提供项目说明 ...

2024-04-24 已阅读: n次

cognious

同源api python客户端此包Python名称：cognious 目前版本： cognious 1.2 最后维护时间：Nov ...

2024-04-24 已阅读: n次

Python 同源

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