pyteomics 4.1.2

什么是化脓术？

pytecomics是python的轻量级和便捷工具的集合，这些工具有助于 处理各种蛋白质组学数据。pytecomics提供了越来越多的 有助于蛋白质组学数据分析中最常见任务的模块，如：

• 多肽基本理化性质的计算：
  • 质量和同位素分布
  • 电荷和π
  • 色谱保留时间
• 获取常见蛋白质组学数据：
  • MS或LC-MS数据
  • FASTA数据库
  • 搜索引擎输出
• 易于操作修饰肽和蛋白质的序列

该项目的目标是提供一个通用的，可靠的和 为广泛的蛋白质组学社区提供了一套有据可查的开放工具。 该项目的关键特性之一是python本身，一种开源语言 在科学编程中越来越流行。主要 该库的应用是可重复的统计数据分析和快速 软件原型。

支持的Python版本

pytecomics支持python 2.7和python 3.3+。

项目依赖关系

pytecomics使用以下python包：

• numpy
• matplotlib (used by pyteomics.pylab_aux)
• lxml (used by XML parsing modules)
• pandas (can be used with pyteomics.pepxml, pyteomics.tandem, pyteomics.mzid, pyteomics.auxiliary)
• sqlalchemy (used by pyteomics.mass.unimod)

所有依赖项都是可选的。

GNU/Linux

获取pytecomics的首选方法是通过pip Python package manager。 新安装的ubuntu系统的shell代码：

sudo apt-get install python-setuptools python-dev build-essential
sudo easy_install pip
sudo pip install lxml numpy matplotlib pyteomics

窗口

• Get pip，如果你还没有。

• 安装pytecomics及其依赖项：

  pip install lxml numpy matplotlib pyteomics