在scipion框架中使用motioncorr程序的插件

scipion-em-motioncorr的Python项目详细描述


这个插件允许在scipion框架中使用motioncor2程序。

motioncor2是一个gpu加速程序,用于修正电子束引起的样品运动。它是由Shawn Zheng开发的。

build status

安装

您需要使用2.0版本的scipion才能运行这些协议。要安装插件,有两个选项:

  1. 稳定版本
scipion installp -p scipion-em-motioncorr
  1. 开发人员版本

    • 下载存储库
    git clone https://github.com/scipion-em/scipion-em-motioncorr.git
    
    • 安装
    scipion installp -p path_to_scipion-em-motioncorr --devel
    
将使用插件自动安装二进制二进制文件,但也可以链接现有的安装。 假定默认安装路径为software/em/motioncor2-1.2.6,如果要更改该路径,请将scipion.conf文件中的motioncor2\u home设置为安装motioncor2的文件夹。根据cuda版本的不同,您可能希望通过显式设置motioncor2变量将默认二进制文件从MotionCor2_1.2.6-Cuda80更改为其他二进制文件。如果需要使用不同于scipion安装期间使用的cuda(由cuda-lib定义),可以将motioncor2-cuda-lib变量添加到配置文件中。各种二进制文件可以从ucsf官方网站下载。

要检查安装,只需运行以下scipion测试:

scipion test motioncorr.tests.test_protocols_motioncor2.TestMotioncor2AlignMovies

支持的版本

1.1.0、1.2.1、1.2.3、1.2.6

协议

  • 电影对齐

参考文献

  1. 郑尚全,帕洛夫卡,阿玛切,韦巴,郑一凡,阿嘉德。motioncor2:用于改进低温电子显微镜的光束诱导运动的各向异性校正。《自然方法》第14卷,第331-332页(2017年)。

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