在scipion框架中使用motioncorr程序的插件
scipion-em-motioncorr的Python项目详细描述
这个插件允许在scipion框架中使用motioncor2程序。
motioncor2是一个gpu加速程序,用于修正电子束引起的样品运动。它是由Shawn Zheng开发的。
安装
您需要使用2.0版本的scipion才能运行这些协议。要安装插件,有两个选项:
- 稳定版本
scipion installp -p scipion-em-motioncorr
开发人员版本
- 下载存储库
git clone https://github.com/scipion-em/scipion-em-motioncorr.git
- 安装
scipion installp -p path_to_scipion-em-motioncorr --devel
要检查安装,只需运行以下scipion测试:
scipion test motioncorr.tests.test_protocols_motioncor2.TestMotioncor2AlignMovies
支持的版本
1.1.0、1.2.1、1.2.3、1.2.6
协议
- 电影对齐
参考文献
- 郑尚全,帕洛夫卡,阿玛切,韦巴,郑一凡,阿嘉德。motioncor2:用于改进低温电子显微镜的光束诱导运动的各向异性校正。《自然方法》第14卷,第331-332页(2017年)。