包含用于表示双链DNA的类和代码以及用于模拟DNA分子之间同源重组的功能。
pydna的Python项目详细描述
PYDATA
用许多零件和装配步骤规划遗传结构，如重组 代谢途径通常很难正确记录。
pydna python包提供了克隆和组装的可读形式化描述 python中的策略，它还允许模拟和验证克隆策略。 pydna可以作为分子生物学的可执行文档。
pydna提供了以下模拟：
- 限制消化
- 结扎
- PCR
- 底漆设计
- 吉布森组件
- 金门总成
- 同源重组 DNA凝胶电泳分析< < /LI>
实际上，任何亚克隆实验都可以用pydna来描述，它的执行效率 中间和最终产生的DNA分子的序列。 在pydna中表达的克隆策略是完全的，明确的，并且可以使其稳定。 pydna被设计成只对python有一些基本了解的生物学家可以理解。
pydna可以形式化地规划和共享克隆策略，特别适用于复杂的或组合的克隆策略。 DNA分子结构。
看看jupyter笔记本中的一些组装策略 格式此处
BMC生物信息学中有一篇介绍PyDNA的开放存取论文：
pydna可以非常紧密。下面的九行python模拟了重组质粒的构建。 DNA序列通过保证随时间稳定的登录号从GenBank下载。
from pydna.genbank import Genbank
gb = Genbank("myself@email.com") # Tell Genbank who you are!
gene = gb.nucleotide("X06997") # Kluyveromyces lactis LAC12 gene for lactose permease.
from pydna.parsers import parse_primers
primer_f,primer_r = parse_primers(''' >760_KlLAC12_rv (20-mer)
ttaaacagattctgcctctg
>759_KlLAC12_fw (19-mer)
aaatggcagatcattcgag ''')
from pydna.amplify import pcr
pcr_prod = pcr(primer_f,primer_r, gene)
vector = gb.nucleotide("AJ001614") # pCAPs cloning vector
from Bio.Restriction import EcoRV
lin_vector = vector.linearize(EcoRV)
rec_vec = ( lin_vector + pcr_prod ).looped()
pydna可以自动模拟w">子克隆使用 蟒蛇。这有助于生成教学示例。
请在Google组中发布消息 如果您有问题、疑问或意见，请联系Pydna。
欢迎反馈！
谁在使用pydna？
pyviko：一个自动化的python工具，用于在具有重叠基因的复杂病毒中设计基因敲除
文档
文档是使用sphinx构建的
在代码中，并显示在readthedocs
使用文档字符串格式。
在蟒蛇身上使用conda进行安装
安装和使用pydna的最好方法是使用 免费anaconda或minicondapython发行版。
Anaconda是一个大型下载（大约400 MB），而Miniconda是大约40-50 MB。
一旦安装了anaconda（或miniconda），conda包管理器就可以用来安装pydna。 PyDNA及其依赖项可从位于 anaconda.org
第一步是输入下面的命令，然后返回：
conda config --append channels BjornFJohansson
然后输入下面的命令并返回：
conda install pydna
这适用于Windows、MacOSX和Linux，并自动安装所有必需的和可选的依赖项（请参见下文）。
使用PIP安装
安装pydna的第二个最佳方法是使用pip 正式推荐的工具。
pip包含在最新的python版本中。
pip自动安装最低安装要求，但不安装可选要求（见下文）。 这可能无法直接在windows上运行，因为biopython无法直接安装。
Linux:
bjorn@bjorn-UL30A:~/pydna$ sudo pip install pydna
窗口：
您应该能够从windows终端pip安装pydna，因为biopython现在也可以与pip一起安装。
C:\> pip install pydna
默认情况下，python和pip不在路径上。您可以重新安装python并选择此选项，或者 pip的完整路径。根据python副本的安装位置，尝试以下操作：
C:\Python37\Scripts\pip install pydna
从源安装
如果从源安装，则需要单独安装所有依赖项（上面列出）。 从pypi站点或github下载一个源安装程序并解压缩该文件。 在中打开pydna源代码目录（包含setup.py文件） 终端和类型：
python setup.py install
源代码
Pydna是在github
最低安装要求
pydna目前是在python 3.6或3.7上开发的。1.0.0之前的pydna版本仅与python 2.7兼容。 下面的列表是安装pydna的最低要求。biopython有c扩展，但其他模块都是纯python。
可选要求
Pydna被设计用于Jupyter笔记本。如果ipython 安装了jupyter，其中导入了ipython笔记本作为模块 除其他外还支持。
如果安装了下面列出的模块，凝胶模拟功能是可用的。
Pydna Conda软件包安装上面列出的可选要求以及：
运行测试的要求
分析代码覆盖率的要求
自动测试
每次提交后，测试套装将自动运行：
- 使用codeship的ubuntu 14.04
- 使用Travisci的OSX-64
- 使用AppVeyorci的窗口
请参阅本页顶部的徽章。
自动生成
conda软件包构建在codeship（Linux）、travisci（MacOS）和appveyorci（Windows）上。 源代码setuptools包和控制盘是在linux上为所有系统构建的。 二进制设置工具包是为Windows和MacOSX构建的。
- conda软件包
- setuptools包
生成由git标记控制。像1.0.2A4这样的标记被认为是测试构建并上传到 testpypi并发送到带有"test"标签的anaconda.org。 这些仅用于测试成品包装，不用于此目的。
像1.0.3这样的标签被认为是最终构建，构建并上传到anaconda.org在"主"标签下 以及常规的pypi服务器。
更改日志
有关最近的更改，请参见更改日志。
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