分子/晶体结构优化剂
pybern的Python项目详细描述
berny-分子优化器
这个Python2/3软件包可以利用核梯度信息优化分子和晶体结构的总能量。
在每个步骤中，它都将能量和笛卡尔梯度作为输入，并返回一个新的结构估计。
该算法是多种技术的混合体，包括冗余内部坐标、迭代hessian估计、信赖域、线搜索和坐标加权，其主要灵感来自Gaussian程序中的优化器。
安装
使用Pip：
安装和更新pip install -U pyberny
示例
frombernyimportBerny,geomliboptimizer=Berny(geomlib.readfile('geom.xyz'))forgeominoptimizer:# get energy and gradients for geomoptimizer.send((energy,gradients))
链接
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