生物.PDBmmcif2dict模块未调用我使用函数retrieve\u pdb\u filefrom获取了一个蛋白质的晶体结构生物.PDB. 默认格式已从PDB更改为PDBx/mmCif。我想从cif文件的头文件中提取蛋白质序列。这里面应该 ...2024-04-20 已阅读: n次
robocrysRoboCrystalLographer RoboCrystalGrapher是一种生成晶体文本描述的工具 结构。类似于现实生活中的晶体学家如何分析 结构,RoboCrystalGrapher ...2024-04-20 已阅读: n次
seekpath测试状态:branchmaster:;branchdevelopment: SeeK-path是一个python模块,用于获取和可视化 晶体结构的布里渊区。 k点标签的定义遵循晶体惯例,定义如下 并在 ...2024-04-20 已阅读: n次
bsym bsym是一个基本的python对称模块。它由描述配置向量空间、它们的对称操作和这些空间中对象的特定配置的核心类组成。该模块还包含一个用于处理^{}Structure对象的接口,以允许从对 ...2024-04-20 已阅读: n次
Sopranosoprano是由ccp为nmr开发和维护的python库。 结晶学作为帮助科学家研究结晶学和 用于生成、操作、运行计算和分析大型 晶体结构的数据集,特别注意 从头开始随机结构搜索, 或是装腔作势。( ...2024-04-20 已阅读: n次
diffpy.structure 扩散结构 晶体结构数据的存储和处理 structure包提供用于存储原子的对象 坐标、位移参数等晶体结构数据。 structure支持导入和导出 结构格式,如CIF、PDB和XYZ。它提供转换 ...2024-04-20 已阅读: n次
pybernberny-分子优化器 这个Python2/3软件包可以利用核梯度信息优化分子和晶体结构的总能量。 在每个步骤中,它都将能量和笛卡尔梯度作为输入,并返回一个新的结构估计。 该算法是多种技 ...2024-04-20 已阅读: n次
rabdamRabdam–识别MX结构中的特定辐射损伤 计算b损伤和b净指标的程序,以量化单个MX结构中存在的特定辐射损伤程度。适用于任何标准格式的PDB或MMCIF文件。 **注意:这些脚本正在开发中,并 ...2024-04-20 已阅读: n次
crystal-torture crystal_酷刑: crystal_torture是一个python、fortran和openmp晶体结构 分析模块。模块包含一组类,这些类启用: 要转换为网络分析图形的晶体结构 要检索的晶 ...2024-04-20 已阅读: n次
crystal-toolkit Crystal Toolkit是一个交互式的Web应用程序,允许您导入、查看、分析和转换晶体结构和分子。它也是一套现成的ui组件,用于使用plotly中的dash框架呈现材质项目数据。 ...2024-04-20 已阅读: n次