proScatter 0.0.2

用于可视化来自一个或多个实验的plink数据

作者：Katelyn McGary Shipper、Justin Jee和Ilya Shamovsky

依赖项

Proscatter使用python， numpy， bokeh，和 pandas

基本用途

要下载，请将所有3.py文件下载到同一目录中，或者 下载压缩文件夹（请参见右下角的按钮）

Proscatter的输入包括：

1. 包括所有蛋白质的氨基酸序列的fasta文件 正在考虑中。
2. 感兴趣的氨基酸列表（例如：k或cm）
3. 以.html格式打印输出

输出包括：

1. 包含所有链接及其列表的摘要文件（.txt） 频率
2. 散点图

示例

./proScatter.py examples/test.fasta examples/IdProTable_combine.html

功能

Proscatter支持多种功能，例如：

python proScatter.py test.fasta K test.html --scale--zoom=Prot1-Prot2--evalue=0.001

详情如下：

–缩放

缩放绘图和输出，以便只有感兴趣的氨基酸 考虑过的。轴以感兴趣的氨基酸为单位（例如：1 赖氨酸、第二赖氨酸等）

–缩放=prot1-prot2

只放大一个子块（prot1与prot2）。作为附加功能， 单击散点图中的任何点将打印 控制台上的那个点。

–evalue=

只考虑分数低于某个数字的链接。分数是 预计在第5列

usage: proScatter.py [-h] [-a AMINOACIDS] [-z ZOOM] [-s] [-e EVALUE] [-u]
                     [-o OUTPUT] [-v]
                     fasta_file plink

positional arguments:
  fasta_file            fasta file with protein sequences
  plink                 pLink output .html file

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -a AMINOACIDS, --aminoacids AMINOACIDS
                        cross-linkable aminoacids. Defaults to Lysine (K).
  -z ZOOM, --zoom ZOOM  Prot1-Prot2 only display subplot for proteins Prot1 vs
                        Prot2
  -s, --scale           scale both plot and outputs so that only amino acids
                        of interest are considered
  -e EVALUE, --evalue EVALUE
                        e-value cutoff
  -u, --unjoin          unjoin plot axes
  -o OUTPUT, --output OUTPUT
                        output file (HTML) name
  -v, --verbose         increase output verbosity