helixmc 0.9

helixmc

helixmc是一个monte carlo（mc）模拟dna/rna的软件包。 螺旋线使用基本对级别的模型，用python编码。Helixmc是 根据GPLv3许可证分发。

该项目由方建周于2013年撰写，由 斯坦福大学生物化学系Rhiju Das博士。

链接

• 源代码：https://github.com/fcchou/HelixMC
• HTML文档：http://helixmc.readthedocs.org/
• 斯坦福大学das实验室：http://daslab.stanford.edu

依赖性

构建软件所需的依赖项是python>；=2.7， NoMPy＆Gt；＝1.6，MatPultLIB & gt；＝1.1.0，以及一个工作C/C++编译器。

安装

最简单的安装方法是使用pip安装：

$ pip install helixmc

或者，可以从最新的github下载源代码 储存库。并使用setup.py安装

$ python setup.py build
$ sudo python setup.py install

不用setup.py安装，只需添加helixmc文件夹 进入系统的$PATH和$PYTHONPATH。在bash中，可以通过 将以下行添加到~/.bashrc：

export PATH=$PATH:<HelixMC Path>
export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:<HelixMC Path>

然后建立cython扩展。在helixmc/文件夹下，运行：

$ python _cython_build.py build_ext --inplace

请注意，这需要安装cython。否则你可以选择 若要生成C源文件，则不需要cython:

$ python _c_build.py build_ext --inplace