临床变异意义的有针对性解释
picus的Python项目详细描述
##快速安装 *Linux和Mac
>；sudo pip3安装picus
- 窗口
>；pip安装picus
##示例使用
- picus示例
>；picus-i input.csv-o output.json
##证据收集过程
αpVS1 *在已知lof致病机制的基因中，pvs1为空变异（无义、移码、典型的±1或2个剪接位点、起始密码子、单外显子或多外显子缺失）。
####地位 *实施
####资源 *来自intervar的lof基因列表。https://raw.githubusercontent.com/barslmn/intervar/master/intervardb/pvs1.lof.genes.hg19 *空变量定义为高影响，由https://www.ensembl.org/info/genome/variation/predicted/predicted_data.html
####条件 *"基因符号"在lof基因列表中。 *"成绩单结果条款"影响很大。
####缺点 *lof基因列表只是预测性的，可能缺少一些实际的lof基因。 *不检查是否删除了multiexon。
αpS1 *与先前确定的致病性变体相同的氨基酸变化，而不考虑核苷酸变化。
####地位 *实施
####资源 *clinvar xml（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/）
####注释步骤 1。使用https://github.com/barslmn/clinvar" rel="nofollow">https://github.com/barslmn/clinvar解析clinvar数据。 2。样本数据和clinvar数据基于列"chr"和"pos"合并。 三。原始注释中增加了临床特征栏"alt"、"hgvsp"和"临床意义"。
####条件 1。"临床意义"是致病的。 2。样本"hgvsp"和后来添加的clinvar"hgvsp"变化是相同的。 三。样本"alt"和clinvar"alt"不同。
####缺点
αpS2 *对一个没有家族史的患者进行重新诊断（包括母性和亲子关系确认）。
####地位 *未选中
####资源
####条件
####缺点
αpS3 *良好的体外或体内功能研究支持对基因或基因产品的损害效应
####地位 *未选中
####资源
####条件
####缺点
αpS4 *与对照组相比，受影响个体中变异的患病率显著增加
####地位 *实施
####资源 *内部变量
####条件 1。"id"在id列表中。
####缺点 1。不知道源是如何生成的。
γ~（PM1） *位于突变热点和/或关键且已建立的功能域（如酶的活性位点），无良性变异
####地位 *已计划。
####资源
####条件
####缺点
γ~（PM2） *在外显子组测序项目、1000个基因组项目或外显子组聚集联合体中缺少对照组（或在隐性情况下为极低频率）（表6）
####地位 *实施
####资源 ＊VEP＜P／P＞
####条件 *"gnomad"小于0.001。
####缺点
γ~（PM3） *对于隐性疾病，检测到在带有致病性变体的反式中
####地位 *三人组计划
####资源
####条件
####缺点
γ~（PM4） *蛋白质长度的变化是由于非重复区域的帧内缺失/插入或停止丢失变体引起的
####地位 *实施
####资源 * VEP < P >
####条件 *"转录结果"是"inframe_插入"、"inframe_删除"或"stop_lost"。
####缺点 *不检查重复区域S.P/P>
γ~（PM5） *在氨基酸残基处出现新的错义变化，其中一种不同的错义变化被确定为致病性
####地位 *破碎。（°□°））
####资源 *clinvar xml（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/）
####注释步骤 1。使用https://github.com/barslmn/clinvar" rel="nofollow">https://github.com/barslmn/clinvar解析clinvar数据。 2。样本数据和CLINVAR数据HGVSP列解析到位置。 三。从clinvar数据中删除同义词更改。 4。在基于蛋白质变化位置的原始注释中添加了临床特征列"hgvsc"和"临床意义"。
####条件 1。"Gnomad"小于0.001。 2。"临床意义"是致病的。 三。"转录结果"是错义变体。 4。变量的"hgvsc"与clinvar项不匹配。
####缺点
γ~（PM6） *重新假设，但未确认亲子关系和母性
####地位 *三人组计划。
####资源
####条件
####缺点
">" *在一个已知致病基因的多个受影响家庭成员中与疾病共分离####地位 *计划在维斯塔之后。
####资源
####条件
####缺点
α~（pp2） *一种良性错义变异率低的基因中的错义变异，其中错义变异是疾病的常见机制
####地位 *实施
####资源 *内部变量
####条件 *"转录结果"是一个错义变体。 *"基因符号"在PP2基因列表中。
####缺点
γ~（pp3） *多个行计算证据支持对基因或基因产品的有害影响（保护、进化、剪接影响等）
####地位 *实施
####资源 * Vep
####条件 *"筛选分数"小于0.05 *"多酚评分"大于0.908
####缺点
γ~（pp4） *患者的表型或家族史对具有单一遗传病因的疾病具有高度特异性
####地位 *未选中。
####资源
####条件
####缺点
β~（pp5） *有信誉的消息人士最近报告说，变种是致病性的，但实验室没有证据进行独立评估
####地位 *实施。
####资源 *克林瓦尔
####条件 *"临床意义"是致病的。
####缺点
###良性
γ~（Ba1） *在外显子组测序项目、1000个基因组项目或外显子聚集联合体中等位基因频率为5%
####地位 *实施。
####资源 * Vep
####条件 *"次要等位基因频率"大于0.05
或
- "gnomad"大于0.05。
####缺点
β~（1）BS1 *等位基因频率高于疾病的预期值
####地位 *计划稍后进行。
####资源
####条件
####缺点
β~（2）BS2 *在健康成人个体中观察到隐性（纯合子）、显性（杂合子）或x连锁（半合子）疾病，预期在早期完全外显
####地位 *计划的
####资源 *内部变量
####条件
####缺点
α-BS3 *在体外或体内已经建立的功能研究表明，对蛋白质功能或剪接没有损害作用
####地位 *未选中。
####资源
####条件
####缺点
β~（bs4） *受影响家庭成员缺乏隔离
####地位 *未选中。
####资源
####条件
####缺点
αpB1 *一个基因中的错义变体，其主要截断变体已知会导致疾病
####地位 *实施。
< P >γ资源 *内部变量####条件 *"转录结果"是一个错义变体。 *"基因符号"在BP1基因列表中。
####缺点
α-BP2 *在完全渗透显性基因/疾病的致病性变体的反式中观察到，或在任何遗传模式的致病性变体的顺式中观察到
####地位 *三人组计划。
####资源
####条件
####缺点
α-BP3 *帧内删除/插入a重复区域无a已知功能
####地位 *未选中。
####资源
####条件
####缺点
α-BP4 *多行计算证据表明对基因或基因产物没有影响（保护作用、进化作用、剪接作用等）
####地位 *实施
####资源 ＊VEP＜P／P＞
####条件 *"筛选分数"大于或等于0.05 *"多酚评分"小于或等于0.446
####缺点
αpB5 *在一个具有疾病替代分子基础的病例中发现的变体
####地位 *未选中。
####资源
####条件
####缺点
αpB6 *有信誉的消息人士最近报告称，这种变异是良性的，但实验室没有证据进行独立评估
####地位 *实施
####资源 *克林瓦尔
####条件 *"临床意义"是良性的
####缺点
αpB7 *一种同义（沉默）变体，其剪接预测算法预测不会对剪接一致序列产生影响，也不会创建新的剪接位点，且核苷酸不高度保守
####地位 *计划的
####资源
####条件
####缺点
欢迎加入QQ群-->： 979659372
